Cơng ty vận tải ô tô số 3 được thành lập tháng 3 năm 1983 trên cơ sở sáp nhập 3 xí nghiệp.
- Xí nghiệp vận tải hàng hố q cảnh C1 - Xí nghiệp vận tải ơ tơ số 2
- Xí nghiệp vận tải ơ tơ số 20
Lý do sáp nhập 3 xí nghiệp vận chuyển hàng hố trong cùng một khu vực. xí nghiệp vận tải hàng hoá quá cảnh C1 vận chuyển hàng hoá cho Bắc Lào, xí nghiệp vận tải ơ tơ số 2 và xí nghiệp vận tải ơ tơ số 20 vận chuyển hàng hố cho tuyến Tây Bắc chủ yếu phục vụ cho hai tỉnh Sơn La và Lai châu cho nên 3 xí nghiệp này được sáp nhập và trở thành Công ty vận tải ô tô số 3.
Nhiệm vụ chủ yếu là vận chuyển hàng hoá phục vụ các tỉnh Tây Bắc và Bắc Lào. Là một doanh nghiệp Nhà nước trong suốt thời kỳ bao cấp đảm nhận toàn bộ khối lượng hàng hoá cho Sơn La và Lai Châu, tuyến Bắc Lào.Từ khi Nhà nước chuyển đổi cơ chế cơng ty vẫn giữ được vai trị chủ đạo trên tuyến Tây Bắc và Bắc Lào phục vụ kinh tế miền núi ngày càng phát triển.
Là một doanh nghiệp vận tải hàng hố quốc doanh có số phương tiện và lao động lớn của Bộ Giao thơng vận tải vì vậy khi chuyển sang cơ chế thị trường Cơng ty gặp khơng ít khó khăn, lao động q lớn gâng 2000 người mang nặng tư tưởng bao cấp, phương tiện vận tai trên 600 xe toàn bộ là xe zil 130 dùng nhiên liệu xăng, xe cũ nát, hiệu qảu kinh tế thấp. Tuyến hoạt động chủ yếu là đèo dốc, khí hậu khắc nghiệt. Hàng hố từ tập trung khối lượng lớn chuyển sang phân tán và giảm mạnh, hình thái hoạt động từ phục vận chuyển phục vụ nhiệm vụ chính trị chuyển sanh hạch tốn kinh doanh vì vạy đặt Cơng ty vào một tình thế cực kỳ khó khăn. từ năm 1990 Nhà nứoc giao vốn kinh doanh cho Cơng ty do đó bắt buộc Cơng ty phải tính tốn theo cơ chế thị trường hiện nay. Là một doanh nghiệp Nhà nước Công ty vừa phải quán triệt đường lối mới của Đảng là chuyển sang nền kinh tế thị trường, vừa phải tiếp tục vận chuyển hàng hoá phục vụ các tỉnh miền núi theo tinh thần nghị quyết 22 của Bộ chính trị, nghị quyết 72 của Thủ tướng chính phủ vì vậy qua trình đổi mới diễn ra khá phức tạp trên nhiều lĩnh vực kinh tế xã hội. Để tồn tại và phát triển trong nền kinh thị trường Công ty đã tiến nhiều hành biện pháp đồng bộ như kiện toàn tổ chức, sắp xếp lại lao động cho phù hợp với yêu cầu của sản xuất kinh doanh, thực hiện chương trình hiện đại hố nhằm nâng cao năng lực vận chuyển, hạ giá thành sản phẩm đủ sức cạnh tranh trong nền kinh tế hàng hoá nhiều thành phần, xây dựng phương án sản xuất kinh doanh nhằm tự chủ trong sản xuất , bảo toàn và phát triển vốn Nhà nước giao, triển khai cac hình thức khốn theo tinh thần chỉ thị 36/VT của Bộ Giao
thơng vận tải áp dụng nhiều hình thức huy động vốn của cán bộ cơng nhân viên để giải quyết những khó khăn về vốn và gắn người lao động với kết qủ sản xuất kinh doanh, đa dạng hoá sản phẩm như xuất nhập khẩu, dịch vụ nhà nghỉ, dào tạo cáp bằng lái xe, dich vụ du lịch lữ hành, sữa chữa, cải hốn đóng mới phương tiện vạn tải… nhằm tạo việc làm và thu nhập cho người lao động vì vạy trong quá trình đổi mới Cơng ty đã cơ bản chuyển từ cơ chế quản lý bao cấp sanh nền kinh tế thị trường có sự quản lý của Nhà nước theo định hướng xã hội chủ nghĩa.