Dựa trên các tài liệu về docking phân tử, chúng tơi tiến hành xây dựng quy trình thực hiện mơ phỏng docking phân tử như sơ đồ hình 3.3. Để việc đánh giá hoạt tính sinh học của các dịng tế bào ung thư, nấm, khuẩn, enzyme, điển hình là đánh giá hoạt tính kháng viêm của dịng tế bào 4WCU được lấy từ ngân hàng dữ liệu Protein Data Banks cĩ kết quả cao, phải xác định được tâm hoạt tính trên đại phân tử của
receptor được thực hiện trên phần mềm Dicovery Studio 2021. Tối ưu hĩa năng lượng dựa trên phần mềm Avogadro. Đối với đại phân tử này, chúng tơi nhận thấy
cĩ 4 chuỗi A, B, C, D ứng với 4 tâm hoạt tính tương ứng A (X = 23.141, Y = -
1.448, Z = -6.589), B (X = 28.471, Y = -61.251, Z = -29.144), C (X =31.593, Y= 6.367, Z= -47,066) và D (X= 17.411, Y= -54.200, Z= -69.921). Qua thực hiện 6.367, Z= -47,066) và D (X= 17.411, Y= -54.200, Z= -69.921). Qua thực hiện docking với ligand Cou-Br, chúng tơi nhận thấy chỉ cĩ 1 tâm hoạt tính của ligand C là bền nhất vì nĩ cĩ giá trị năng lượng tự do G âm nhất nên tiến hành docking với
ligand đã tồn tại trong receptor 4WCU. Đối với các tế bào ung thư khác cũng tính
tốn tương tự như dịng tế bào 4WCU bằng phầm mềm AutodockTools, Discovery
Studio 2021. [48-49]
Cơng thức tính năng lượng tự do G như sau:
Gbind = HvdW + Hhbond + Helec + Sconf + Gdesolv [50]
Trong đĩ: HvdW: giá trị van der Waals Hhbond: liên kết hydro Helec: tĩnh điện của phối tử Sconf: giá trị entropy của phối tử
25 Đọc target từ
Autodock
Đọc ligand từ Autodock
File tham số gird để chạy autogrid4.exe
Chuẩn bị file tham số chạy docking.exe Thêm LK hydrogen phân cực Thêm điện tích Kollman Chọn protein mục tiêu Lưu file dạng: target.pdbqt Thêm các nguyên tử kiểu AD4 Thêm liên kết hydrogen phân cực Thêm điện tích Gasteiger Chọn ligand cho autodock Lưu file dạng: target.pdbqt Chọn và mở file ligand.pdbqt Đặt tham số tọa độ hộp lưới, khoảng cách tâm hộp
lưới, (X,Y,Z) Lưu file dạng: dock.gpf Chọn phân tử target.pdbqt Chọn ligand Xác nhận tham số ligand Chọn giải thuật gene Chọn giải thuật di truyền Lưu file dạng : dock.dpf Tập lệnh từ hệ điều hành DOS Kết quả trong file: *.txt Xây dựng kết quả bằng phần mềm: Discovery studio, Visualizer, Molegro Molecular
Viewer Tính lặp
Hình 2.3. Sơ đồ quy trình thực hiện mơ phỏng docking phân tử
Các bước chính trong docking phân tử [51]: Bước 1 – chuẩn bị protein: Trong bước này, cấu trúc 3D của thụ thể sẽ được tải xuống từ ngân hàng dữ liệu protein PDB (Protein data bank). Sau đĩ cấu trúc thu được nên được xử lý trước. Điều này
phải chấp nhận loại bỏ phân tử nước, ion, ổn định điện tích, …theo các thơng số cĩ sẵn. Bước 2 – dự đốn điểm tác động: Sau khi chuẩn bị protein, cần dự đốn điểm
tác động của protein. Các thụ thể (receptor) cĩ thể cĩ nhiều điểm tác động nhưng
cần lựa chọn một trong những điểm ưa thích nhất. Hầu hết các phân tử nước và các dị tố cần được loại bỏ nếu cĩ. Bước 3 – chuẩn bị phối tử: Phối tử cĩ thể được lấy từ nhiều cơ sở dữ liệu như ZINC, Pub chem hoặc cĩ thể phác họa bằng cơng cụ Chem draw. Bước 4 – Docking: Ligand được gắn với protein và các tương tác được phân
tích. Điểm số chức năng là điểm dựa trên cơ sở phức ligand tốt nhất được chọn.