3. Kết quả và thảo luận
3.4.5. Ức chế enzyme α-glucosidase, 4J5T:PDB
37
Hình 3.18. Tương tác giữa cấu dạng bền nhất của ligand, Cou-Br với các vị trí hoạt
tính trên enzyme α-glucosidase, 4J5T:PDB.
Hình 3.19. Tương tác giữa các amino acid cịn lại của enzyme, 4J5T:PDB với các
38
Hình 3.20. Các tương tác quan trọng giữa ligand cấu dạng bền Cou-Br và các vị trí
hoạt động trên enzyme, 4J5T:PDB.
Hình 3.21. Các tương tác hydrogen giữa amino acid Val 446 của chuỗi A của
39
Hình 3.22. Bản đồ ligand trình bày các tương tác quan trọng, hydrogen (màu nâu),
lập thể (xanh nhạt), phủ lấp (các đường trịn màu tím) giữa ligand Cou-Br với enzyme, 4J5T:PDB
Cấu dạng bền của ligand Cou-Br sau khi tính tốn được chọn lựa là cấu dạng lần thứ 124/200 lần chạy. Trong hình 3.18 là cấu dạng bền của Cou-Br được nhúng vào trong receptor enzyme, 4J5T cho thấy liên kết này cĩ sự thay đổi năng lượng tự do Gibbs, G = -7.11 kcal/mol và hằng số ức chế Ki = 6.17 μM. Năng lượng Gibbs
càng nhỏ thì hằng số ức chế Ki càng nhỏ, sự liên kết giữa ligand và receptor càng bền. Hình 3.19 cho thấy các amino acid hoạt động của protein của enzyme, 4J5T:PDB hình thành xung quanh ligand cấu dạng bền, Cou-Br.
Hình 3.20 là các tương tác trong liên kết là tương tác Pi-Lone Pair, Alkyl, Pi-
Alkyl, Conventional Hydrogen Bond và van der Waals. Cho thấy các amino acid cĩ thể nhận diện được vịng thơm và nhĩm Alkyl thơng qua tương tác Alkyl của amino acid chuỗi A của LEU 364. Tiếp đến là tương tác Conventional Hydrogen Bond của chuỗi A giữa VAL 446 liên kết với O (nối đơi) và VAL 446 với nhĩm phenyl. Như
được chỉ ra trong Hình 3.21, hai liên kết hydro từ các amino acid cịn lại của
enzyme đích với các nhĩm chức năng của phối tử như A:VAL446:N -: Cou-Br:O (2.92 Å), A:VAL446:N -: Cou-Br:O (2.96 Å). Các liên kết hydro đĩ được hình
thành với các nguyên tử hydro của hydroxy phenolic. Các tương tác hydrogen giữa amino acid VAL 446 của chuỗi A liên kết với nhĩm phenyl, với độ dài nối
40 hydrogen ngắn (2.92Å, 2.96Å) cho thấy liên kết này càng bền. Các liên kết hydro
đĩ là tương tác ưa nước (các vùng màu nâu trong hình 3.22). Các tương tác dư khác được xác định liên kết với thành tế bào. Cou-Br và enzyme, 4J5T là liên kết hydro, tương tác steric và xen phủ. Những tương tác đĩ đã thiết lập các tương tác ổn định
của phối tử được chỉ ra trong Hình 3.22. Liên kết hydro (màu nâu) được hình thành từ GLN 442 và VAL 446 đến phối tử cấu tạo bền nhất. Các tương tác steric đã cho thấy các vịng trịn màu tím trên các ngun tử của cấu hình, nhiều steric hiệu ứng
hơn, kích thước của các vịng trịn màu tím càng lớn, như trong Hình 3.22. Tĩm lại,
phối tử Cou-Br là thuốc phân phối tiềm năng vì nĩ xác định tốt các nhĩm chức
năng (thơng qua liên kết hydro, liên kết halogen) và các tương tác Van Der Waals khác liên kết yếu với thành tế bào.