3. Kết quả và thảo luận
3.4.6. Nấm Candida albicans, 6AKZ:PDB
Hình 3.23. Ligand cấu dạng bền đã liên kết với các tâm hoạt động trên protein đích
của nấm Candida albicans, 6AKZ:PDB.
Hình 3.24. Các tương tác giữa các amino acid cịn lại của protein của nấm Candida
41
Hình 3.25. Các tương tác quan trọng giữa ligand cấu dạng bền và protein của nấm
Candida albicans được trình bày trên một sơ đồ 2D.
Hình 3.26. Liên kết hydrogen hình thành giữa các amino acid Ser 431 của chuỗi A
của protein của nấm Candida albicans, 6KAZ:PDB và nguyên tử O nối đơn của nhĩm chức ester của ligand cấu dạng bền Cou-Br.
Cấu dạng bền của ligand Cou-Br sau khi tính tốn được chọn lựa là cấu dạng lần thứ 110/200 lần chạy. Trong hình 3.23 là cấu dạng bền của Cou-Br được nhúng vào trong receptor nấm Candida albicans, 6KAZ:PDB cho thấy liên kết này cĩ sự thay
42
Năng lượng Gibbs càng nhỏ thì hằng số ức chế Ki càng nhỏ, sự liên kết giữa ligand và receptor càng bền. Hình 3.24 cho thấy các amino acid hoạt động của protein của
nấm Candida albicans, 6KAZ:PDB, hình thành xung quanh ligand cấu dạng bền,
Cou-Br.
Hình 3.25 là các tương tác trong liên kết là tương tác Pi-Donor Hydrogen Bond, Pi-Anion, Pi-Sigma, Carbon Hydrogen Bond, Conventional Hydrogen Bond và van der Waals. Cho thấy cĩ thể nhận diện được vịng thơm thơng qua tương tác của
amino acid chuỗi A giữa ASP 427, THR 170 và GLN 171. Tiếp đến là tương tác
Conventional Hydrogen Bond của chuỗi A giữa SER 431 với vịng thơm, tương tác Pi-Sigma của chuỗi A giữa LYS 146 với nhĩm CH3-CH2-N. Như được chỉ ra trong Hình 3.26, 1 liên kết hydro liên kết từ amino acid cịn lại của protein đích với nhĩm chức năng của phối tử như A: SER431: OG - A:GLN171:O (2.6Å). Liên kết hydro
đĩ được hình thành với các nguyên tử hydro của hydroxy phenolic. Các tương tác
hydrogen giữa amino acid SER 431 của chuỗi A liên kết với nhĩm phenyl, với độ
dài nối hydrogen ngắn (2.69Å) cho thấy liên kết này càng bền. Tĩm lại, phối tử
Cou-Br cĩ khả năng ức chế sự phát triển của nấm Cadidan albicans vì xác định tốt
các nhĩm chức năng (thơng qua liên kết hydro, liên kết halogen) và các tương tác
van der Waals khác liên kết yếu với thành tế bào. Vậy ligand Cou-Br được chọn
thuốc phân phối tiềm năng.