Sau khi được bổ sung chức năng, nhiệm vụ và tổ chức theo Nghị định số 93/2003/NĐ-CP ngày 13/8/2003 của Chớnh phủ, đặc biệt là từ khi cú Luật Kiểm toỏn nhà nước năm 2005, Kiểm toỏn Nhà nước đó tăng cường kiểm toỏn cả về diện và chiều sõu, thực hiện đầy đủ cả 3 loại hỡnh kiểm toỏn: bỏo cỏo tài chớnh, tuõn thủ và hoạt động, chỳ trọng đỏnh giỏ tỡnh hỡnh thực hiện Luật Phũng, chống tham nhũng, Luật Thực hành tiết kiệm, chống lóng phớ; xỏc nhận cỏc chỉ tiờu chủ yếu về tổng thu, tổng chi, bội chi ngõn sỏch nhà nước để cung cấp thụng tin xỏc thực và đảm bảo chất lượng cho Chớnh phủ, Quốc hội trong việc xem xột, phờ chuẩn quyết toỏn ngõn sỏch nhà nước và quyết định dự toỏn ngõn sỏch nhà nước; cung cấp thụng tin cho Hội đồng nhõn dõn cỏc cấp phờ chuẩn quyết toỏn ngõn sỏch địa phương hàng năm; kiểm toỏn và xỏc nhận bỏo cỏo quyết toỏn vốn đầu tư của cỏc dự ỏn xõy dựng cơ bản, bỏo cỏo tài chớnh của cỏc doanh nghiệp, cỏc đơn vị, tổ chức kinh tế nhằm
cung cấp thụng tin khỏch quan, trung thực và nõng cao tớnh minh bạch trong quản lý ngõn sỏch, tiền và tài sản nhà nước. Thực hiện quy định của phỏp luật, nhất là Luật Phũng, chống tham nhũng và Luật Thực hành tiết kiệm, chống lóng phớ; Kiểm toỏn Nhà nước đó tăng cường kiểm toỏn tũn thủ, qua đú chỉ rừ sai phạm, địa chỉ sai phạm, trỏch nhiệm của cỏc tập thể, cỏ nhõn để xảy ra sai phạm, kiến nghị cụ thể với cỏc cơ quan liờn quan xử lý theo quy định của phỏp luật. Trong những năm gần đõy, nền kinh tế từng bước phỏt triển theo chiều sõu, chất lượng tăng trưởng được chỳ trọng, dựa trờn nền tảng kiểm toỏn bỏo cỏo tài chớnh, kiểm toỏn tũn thủ, Kiểm toỏn Nhà nước đó cú những tiến bộ mới trong kiểm toỏn hoạt động nhằm đỏnh giỏ tớnh kinh tế, hiệu lực và hiệu quả trong quản lý, sử dụng ngõn sỏch, tiền và tài sản nhà nước, trước hết là đối với cỏc dự ỏn đầu tư, chương trỡnh mục tiờu quốc gia. Năm 2008, 2009, trước diễn biến nhanh của nền kinh tế theo cả chiều thuận và khụng thuận, để hỗ trợ tăng cường kiểm soỏt, nõng cao hiệu lực, hiệu quả thực hiện cỏc chớnh sỏch tài khoỏ, chớnh sỏch tiền tệ trong giai đoạn chống lạm phỏt và giai đoạn kớch cầu, chống suy giảm kinh tế, Kiểm toỏn Nhà nước đó điều chỉnh mục tiờu, trọng tõm kiểm toỏn, đi sõu phõn tớch cỏc nguyờn nhõn lạm phỏt và đỏnh giỏ việc thực hiện trờn thực tế cỏc gúi giải phỏp của Chớnh phủ chống lạm phỏt, kớch cầu theo kết luận của Bộ Chớnh trị và Nghị quyết của Quốc hội.
Cựng với sự đa dạng cỏc loại hỡnh kiểm toỏn, cỏc phương thức kiểm toỏn quyết toỏn (hậu kiểm), bắt đầu từ năm 2006, thực hiện quy định của Luật Kiểm toỏn nhà nước, Kiểm toỏn Nhà nước đó thực hiện thẩm định và trỡnh bày ý kiến về dự toỏn ngõn sỏch nhà nước hàng năm Chớnh phủ trỡnh Quốc hội, đõy là hỡnh thức tiền kiểm trong lĩnh vực ngõn sỏch nhà nước. Phương thức kiểm toỏn chuyờn đề cũng được triển khai mở rộng nhằm đi sõu kiểm toỏn, giải đỏp cỏc vấn đề thực tiễn trong cụng tỏc quản lý ngõn sỏch, tiền và tài sản nhà nước đang được dư luận quan tõm và đó đề xuất được nhiều ý kiến cú giỏ trị để hoàn thiện hệ thống luật phỏp, chớnh sỏch, chế độ quản lý. Điển hỡnh là cỏc cuộc kiểm toỏn chuyờn đề quản lý và sử dụng ngõn sỏch chi cho
khoa học - cụng nghệ giai đoạn 2003 - 2006; chuyờn đề chi sự nghiệp mụi trường giai đoạn 2006 - 2008; chuyờn đề bự lỗ mặt hàng dầu giai đoạn 2006 - 2008; chuyờn đề quản lý và sử dụng phớ, lệ phớ giao thụng đường bộ hay chuyờn đề mua sắm, quản lý, sử dụng tài sản của cỏc ban quản lý dự ỏn của cỏc bộ, ngành và địa phương…
Trong thực tế hoạt động của Kiểm toỏn Nhà nước 15 năm qua, từ khi khảo sỏt để xõy dựng kế hoạch kiểm toỏn hàng năm, nếu gặp những đối tượng kiểm toỏn cú dấu hiệu vi phạm phỏp luật hoặc đang cú vấn đề mà cơ quan điều tra tiến hành xem xột thỡ thụng thường khụng đưa vào kế hoạch kiểm toỏn. Đó cú khụng ớt cỏn bộ đảng viờn cú trỏch nhiệm gửi đơn thư đến Kiểm toỏn Nhà nước phản ỏnh hoặc bỏo động tỡnh trạng vi phạm nghiờm trọng trong quản lý tài chớnh, tham ụ, tham nhũng. Tuy nhiờn, theo quy định của phỏp luật thỡ khụng thuộc trỏch nhiệm giải quyết của Kiểm toỏn Nhà nước. Trong trường hợp năm đú Kiểm toỏn Nhà nước cú thực hiện kiểm toỏn cỏc đơn vị cú đơn thư khiếu nại, tố cỏo thỡ lónh đạo Kiểm toỏn Nhà nước lưu ý cỏc đoàn trong việc xỏc định trọng yếu kiểm toỏn hoặc chuyển cho cơ quan chức năng giải quyết. Do đú, đó khụng kịp thời ngăn chặn mà vụ tỡnh để kẻ gian lợi dụng bũn rỳt tiền của Nhà nước. Nguyờn nhõn sõu sa của vấn đề là chỳng ta chưa cú quy định cụ thể về trỏch nhiệm chớnh cho cơ quan nào trong việc phỏt hiện, ngăn chặn mà khi xảy ra rồi cơ quan điều tra mới vào cuộc; bản thõn Kiểm toỏn Nhà nước cũng chưa thực hiện kiểm toỏn điều tra để cú kết luận cụ thể và kiến nghị xử lý đối với hành vi vi phạm phỏp luật hỡnh sự.