Nền tảng phỏp lý cho tổ chức và hoạt động của Kiểm toỏn Nhà nước chưa đầy đủ. Trước hết, cần hiểu phỏp chế trong tổ chức và hoạt động của bộ mỏy Nhà nước là sự phản ỏnh trật tự kỷ cương và quỏ trỡnh chấp hành phỏp luật trong thực tiễn đời sống kinh tế - xó hội. Đối với Kiểm toỏn Nhà nước, trật tự kỷ cương phỏp chế đú chớnh là hoạt động tuõn thủ phỏp luật của cơ quan và đội ngũ cỏn bộ, cụng chức của Kiểm toỏn Nhà nước. Trong mối liờn hệ đú, phỏp chế cú 2 điều kiện quan hệ chặt chẽ với nhau là phải cú hệ thống phỏp luật hoàn chỉnh, đồng bộ và sự tuõn thủ phỏp luật một cỏch triệt để, chớnh xỏc, nghiờm ngặt.
Trong khi đú, hệ thống phỏp luật bảo đảm cho tổ chức và hoạt động của Kiểm toỏn Nhà nước Việt Nam hiện nay vẫn cũn nhiều vấn đề cần nghiờn cứu, đú là:
- Tớnh phự hợp giữa địa vị phỏp lý với chức năng, nhiệm vụ của Kiểm toỏn Nhà nước trong tổ chức bộ mỏy Nhà nước.
- Chế độ trỏch nhiệm của cỏc đơn vị được kiểm toỏn và của Kiểm toỏn Nhà nước sau kiểm toỏn.
- Quản lý Nhà nước về việc thực thi cỏc kết luận và kiến nghị kiểm toỏn, việc giải quyết cỏc tranh chấp, bất đồng đối với thị trường…
Những cơ sơ phỏp lý đú hay núi một cỏch khỏc, hệ thống phỏp luật của Nhà nước về kiểm toỏn núi chung và về Kiểm toỏn Nhà nước núi riờng chưa đầy đủ và đồng bộ để can thiệp và điều chỉnh hết những yờu cầu và đũi hỏi đặt ra của thực tiễn.
Vị trớ của Kiểm toỏn Nhà nước liờn quan trực tiếp đến những nguyờn tắc về tổ chức và hoạt động của Nhà nước, cơ bản đảm bảo cho tớnh độc lập
của hoạt động kiểm toỏn, song địa vị phỏp lý của Kiểm toỏn Nhà nước cũn nhiều hạn chế nờn cú ảnh hưởng khụng nhỏ đến hiệu lực của cỏc kết luận, kiến nghị kiểm toỏn.
Hệ thống luật phỏp của nước ta núi chung và hệ thống cỏc văn bản quy phạm phỏp luật liờn quan đến lĩnh vực kế toỏn - tài chớnh - ngõn sỏch núi riờng chưa mang tớnh đồng bộ, tớnh hiệu quả và tớnh hiệu lực chưa cao. Một thực tế khụng thể phủ nhận là: hầu hết cỏc doanh nghiệp nhà nước được kiểm toỏn đều khụng chấp hành nghiờm chỉnh Luật Kế toỏn đó dẫn đến tỡnh trạng thất thoỏt ngõn sỏch, tài sản nhà nước ngày càng lớn và khỏ phổ biến. Điều này làm ảnh hưởng trực tiếp đến nền kinh tế đang trong quỏ trỡnh định hỡnh thể chế định hướng xó hội chủ nghĩa mà doanh nghiệp nhà nước giữ vai trũ chủ đạo.
Ngoài ra, Kiểm toỏn Nhà nước là một cơ quan cụng quyền (được quyền kiểm toỏn đối với cỏc lĩnh vực đặc biệt như: Quốc phũng, an ninh, ngoại giao, dự trữ quốc gia, kinh tế Đảng…) khụng thể khụng dẫn tới hiện tượng lạm dụng quyền lực nếu khụng cú những quy định về đạo đức nghề nghiệp của Kiểm toỏn viờn nhà nước, quy chế làm việc cho Kiểm toỏn viờn nhà nước, quy trỡnh kiểm tra, soỏt xột chất lượng kiểm toỏn và đạo đức nghề nghiệp….
Một vấn đề cũng rất cần được quan tõm là bỏo cỏo kết quả kiểm toỏn của hầu hết cỏc lĩnh vực chưa đồng nhất về nội dung và hệ thống cỏc chỉ tiờu phản ỏnh, chưa đầy đủ, đồng bộ và sỏt đỳng với yờu cầu, mục tiờu của nhiệm vụ kiểm toỏn, chưa phản ỏnh được những vấn đề cơ bản, trọng tõm, trọng điểm của tỡnh hỡnh quản lý, điều hành, sử dụng ngõn sỏch nhà nước của cỏc cấp, cỏc ngành. Nội dung của bỏo cỏo kiểm toỏn cũn dàn trải, nặng về mụ tả tỡnh hỡnh trong đú nhược điểm nổi bật là: Kết quả kiểm toỏn chỉ phản ỏnh ở tầm vi mụ mà chưa phản ỏnh, phõn tớch đỏnh giỏ được ở tầm vĩ mụ; bỏo cỏo kết quả kiểm toỏn của một bộ, ngành trung ương hoặc ngõn sỏch của một tỉnh,
cũn mang nặng tớnh liệt kờ số liệu, liệt kờ tỡnh hỡnh, liệt kờ những sai phạm chớnh sỏch, chế độ của cỏc đơn vị trực thuộc bộ, ngành và địa phương được kiểm toỏn, chưa cú kết luận đớch danh về trỏch nhiệm của cỏ nhõn và tập thể về những sai phạm đó phỏt hiện, từ đú chưa đưa ra được những kiến nghị mạnh mẽ, xem xột xử lý về trỏch nhiệm cỏ nhõn người đứng đầu, mặc dự trong cỏc quy định hiện nay của phỏp luật đều đó cú. Vỡ vậy, đõy cũng là những vấn đề cần được quan tõm để hoàn chỉnh nhằm nõng cao hiệu lực và hiệu quả của hoạt động kiểm toỏn.