- Kiểm toỏn Nhà nước là cơ quan mới, chưa cú tổ chức tiền lệ ở nước ta. Địa vị phỏp lý của Kiểm toỏn Nhà nước và Tổng Kiểm toỏn Nhà nước chưa được quy định trong Đạo luật cơ bản (Hiến phỏp) như hầu hết cỏc nước trờn thế giới (do Kiểm toỏn Nhà nước thành lập năm 1994 khi Hiến phỏp hiện hành được Quốc hội thụng qua năm 1992; đồng thời lần sửa đổi, bổ sung Hiến phỏp năm 2002 chỉ đặt ra đối với những vấn đề hết sức cần thiết và đó rừ). Đõy là
bất cập lớn nhất hiện nay của Kiểm toỏn Nhà nước.
- Do chưa được quy định trong Hiến phỏp nờn hiện nay cũn tỡnh trạng khụng tương thớch giữa Luật Tổ chức quốc hội, Luật Tổ chức chớnh phủ với Luật Kiểm toỏn nhà nước (chẳng hạn Luật Kiểm toỏn nhà nước nờu rừ Kiểm toỏn Nhà nước là cơ quan chuyờn mụn do Quốc hội thành lập, Tổng Kiểm toỏn Nhà nước do Quốc hội bầu theo đề nghị của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội sau khi cú sự thống nhất của Thủ tướng chớnh phủ, nhưng cả Luật Tổ chức quốc hội, Luật Tổ chức chớnh phủ khụng đề cập đến quy định này). Mặt khỏc, việc quy định cỏc vấn đề khỏc của Kiểm toỏn Nhà nước trong cỏc luật cú liờn quan (Luật ban hành văn bản quy phạm phỏp luật, Luật Cỏn bộ, cụng chức...) là rất khú khăn. Hệ thống luật phỏp quy định về chức năng, nhiệm vụ, mối quan hệ giữa cỏc cơ quan thanh tra, kiểm tra tài chớnh với Kiểm toỏn Nhà nước và cỏc loại hỡnh kiểm tra khỏc của nhà nước chưa được phõn định một cỏch hợp lý và rừ ràng, nhất là Luật Tổ chức quốc hội, Luật Tổ chức chớnh phủ...chưa tương thớch với Luật Kiểm toỏn nhà nước. Bờn cạnh đú, việc chưa cú chế tài đối với cỏc đơn vị khụng thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toỏn cũng ảnh hưởng khụng nhỏ đến hiệu lực kiểm toỏn.