Chất lượng kiểm toỏn của Kiểm toỏn Nhà nước hiện nay ngày càng cú tiến bộ hơn, đỏp ứng ngày càng tốt hơn yờu cầu của thực tiễn quản lý. Những kiến nghị của Kiểm toỏn Nhà nước ngày càng đa dạng, phong phỳ, sắc sảo và cú chất lượng hơn, được Chớnh phủ, Quốc hội, cỏc bộ, ngành, địa phương sử dụng ngày càng nhiều trong xem xột, phờ chuẩn dự toỏn và quyết toỏn ngõn sỏch, giỏm sỏt ngõn sỏch và thực hiện chớnh sỏch phỏp luật; trong quản lý và xõy dựng chớnh sỏch tài chớnh - ngõn sỏch; cỏc đơn vị được kiểm toỏn khắc phục những yếu kộm, bất cập, hoàn thiện hệ thống kiểm soỏt nội bộ. Số lượng kiểm
toỏn viờn tham gia mỗi cuộc kiểm toỏn giảm đi, thời gian kiểm toỏn rỳt ngắn nhưng chất lượng bỏo cỏo kiểm toỏn tăng lờn, thể hiện sự tiến bộ trong tổ chức thực hiện kiểm toỏn và chất lượng kiểm toỏn cũng như hiệu quả tổng thể của hoạt động Kiểm toỏn Nhà nước.
Thực hiện phương chõm “bản thõn kiểm toỏn phải được kiểm toỏn lại”, cụng tỏc quản lý, kiểm soỏt chất lượng kiểm toỏn và đạo đức nghề nghiệp của kiểm toỏn viờn được duy trỡ cú hiệu quả, với nhiều biện phỏp, hỡnh thức khỏc nhau xuyờn suốt quy trỡnh kiểm toỏn. Với việc thành lập cỏc đơn vị chuyờn trỏch về quản lý hoạt động kiểm toỏn, thẩm định bỏo cỏo kiểm toỏn, kiểm soỏt chất lượng kiểm toỏn như Vụ Chế độ và Kiểm soỏt chất lượng kiểm toỏn (2003); Vụ Tổng hợp, Vụ Phỏp chế (2006), kết hợp với cơ chế thành lập và hoạt động của cỏc Hội đồng cấp Vụ của cỏc Kiểm toỏn Nhà nước chuyờn ngành và khu vực trong thẩm định kế hoạch và bỏo cỏo kiểm toỏn, năng lực và hiệu quả kiểm soỏt chất lượng kiểm toỏn và quản lý đạo đức nghề nghiệp kiểm toỏn viờn được tăng cường rất đỏng kể. Hàng năm, Kiểm toỏn Nhà nước đều tổ chức thanh tra, kiểm tra việc thực hiện Quy chế tổ chức và hoạt động của Đoàn kiểm toỏn nhà nước, Quy tắc ứng xử của kiểm toỏn viờn cũng như hồ sơ kiểm toỏn trong khi thực hiện hoặc kết thỳc kiểm toỏn đó đưa vào lưu trữ; ban hành và kiểm tra việc thực hiện cỏc chỉ thị của Tổng Kiểm toỏn Nhà nước về tăng cường quản lý hoạt động kiểm toỏn, kiểm soỏt chất lượng kiểm toỏn, ghi chộp nhật ký, thu thập bằng chứng kiểm toỏn. Kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm soỏt chất lượng kiểm toỏn được cụng khai, cú tỏc dụng tốt trong chấn chỉnh kịp thời cỏc sai phạm, kịp thời biểu dương khen thưởng những nhõn tố tớch cực là một trong những vấn đề then chốt đảm bảo chất lượng kiểm toỏn, rỳt ngắn thời gian kiểm toỏn và trỏnh được cỏc sai phạm, khuyết điểm của kiểm toỏn viờn.