triển hệ thống tổ chức bộ mỏy theo mụ hỡnh quản lý tập trung thống nhất; phỏt triển cỏc đơn vị Kiểm toỏn Nhà nước chuyờn ngành và khu vực theo hướng chuyờn quản, chuyờn mụn húa đối tượng kiểm toỏn theo ngành hẹp. Để đưa ra được cỏc giải phỏp cụ thể thực hiện cải cỏch tổ chức bộ mỏy, Kiểm toỏn Nhà nước đó tiến hành kiểm tra, đỏnh giỏ việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của cỏc đơn vị trực thuộc, sự phự hợp về cơ cấu tổ chức, nhõn sự, năng lực, trỡnh độ cỏn bộ, cụng chức, kiểm toỏn viờn. Trong đú, chỳ trọng nghiờn cứu chức năng, nhiệm vụ của cỏc đơn vị trực thuộc để phõn cụng nhiệm vụ phự hợp, theo hướng chuyờn sõu về cỏc lĩnh vực hoặc cỏc ngành cú tớnh chất đặc thự đối với hoạt động kiểm toỏn và cú tớnh đến việc luõn chuyển nhiệm vụ kiểm toỏn trong trung hạn từ 3-5 năm, thực hiện tỏi cơ cấu cỏc phũng thuộc cỏc Kiểm toỏn Nhà nước chuyờn ngành và khu vực để gắn kết và phối hợp được tổ chức cỏc phũng với cỏc Đoàn kiểm toỏn nhà nước.
Kiểm toỏn Nhà nước thực hiện phõn cấp mạnh về tổ chức hoạt động, phõn giao chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và trỏch nhiệm rừ ràng, đảm bảo sự chủ động, đồng bộ về chế độ trỏch nhiệm của từng cấp quản lý bảo đảm dõn chủ và nõng cao trỏch nhiệm của mỗi đơn vị; nõng cao tớnh chủ động sỏng tạo, và đề cao trỏch nhiệm của thủ trưởng đơn vị và của từng cụng chức, gắn quyền hạn với trỏch nhiệm nhưng phải bảo đảm sự lónh đạo điều hành tập trung thống nhất trong toàn ngành.
Năm 2008, thực hiện Nghị quyết số 1123/NQ-UBTVQH11 ngày 28/5/2007 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về thành lập 04 Kiểm toỏn Nhà nước khu vực, Kiểm toỏn Nhà nước tập trung thực hiện ổn định tổ chức bộ mỏy, xõy dựng quy chế tổ chức, quy chế làm việc và quy chế chi tiờu của 04 Kiểm toỏn Nhà nước khu vực mới được thành lập. Bờn cạnh đú, Kiểm toỏn Nhà nước tập trung xõy dựng, phỏt triển Trung tõm Khoa học và Bồi dưỡng cỏn bộ trở thành Trung tõm nghiờn cứu khoa học cú uy tớn, chất lượng cao về kiểm toỏn và chuyển giao kết quả nghiờn cứu khoa học vận dụng vào thực tiễn; đào tạo, bồi dưỡng cỏn bộ trong Kiểm toỏn Nhà nước, kiểm toỏn viờn nội bộ theo quy
định của Luật Kiểm toỏn nhà nước, tổ chức đào tạo, bồi dưỡng cho cỏc tổ chức cỏ nhõn cú nhu cầu nhằm đỏp ứng được yờu cầu phỏt triển nguồn nhõn lực cả về số lượng và chất lượng cho xó hội núi chung và cho Kiểm toỏn Nhà nước núi riờng. Theo Chương trỡnh cải cỏch hành chớnh của Kiểm toỏn Nhà nước, về tổ chức bộ mỏy của Kiểm toỏn Nhà nước cũng cần được xem xột để xõy dựng đảm bảo tinh gọn, chuyờn sõu, trỏnh sự trựng lắp về chức năng, nhiệm vụ giữa cỏc đơn vị trực thuộc.