Hoạt động kiểm tra của cơ quan Thuế nhằm kiểm tra tính đầy đủ, chính xác của các thơng tin, tài liệu trong hồ sơ thuế nhằm đánh giá sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế.
1.3.1. Kiểm tra tại trụ sở cơ quan Thuế
(Tờ khai thuế và các phụ lục của tờ khai theo quy định của pháp luật), đối chiếu với cơ sở dữ liệu của người nộp thuế và tài liệu có liên quan về người nộp thuế; đối chiếu số liệu giữa các tờ khai thuế các tháng trong năm, (4 Quý của năm) với hồ sơ quyết toán thuế năm để phân tích, đánh giá tính tuân thủ hoặc phát hiện các trường hợp sai lệch, không logic, khai chưa đầy đủ dẫn tới việc thiếu thuế hoặc rủi ro về trốn thuế, gian lận thuế [24].
1.3.2. Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế
Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế có hai nội dung là kiểm tra, đối chiếu số liệu tổng hợp và kiểm tra chi tiết trên sổ sách kế toán, chứng từ kế toán và việc hạch toán kế toán, việc lập hồ sơ chứng lý tại trụ sở người nộp thuế.
* Các nội dung kiểm tra đối chiếu số liệu tổng hợp gồm:
- Hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp: giấy chứng nhận đăng mã số doanh nghiệp, tình hình phát hành và đăng ký quản lý sử dụng hóa đơn; các hồ sơ khác nếu có liên quan đến các dự án của doanh nghiệp đang triển khai như quyết định phê duyệt dự án đầu tư, giấy phép xây dựng cơ bản, các giấy phép đối đối với các ngành nghề kinh doanh có điều kiện…
- Kiểm tra đối chiếu hồ sơ khai thuế do DN gửi tới cơ quan Thuế với thực tế xuất trình của doanh nghiệp: báo cáo quyết tốn tài chính năm; tờ khai thuế giá trị gia tăng, tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp và các tờ khai thuế, tờ khai quyết toán thuế khác liên quan đến nội dung ghi tại quyết định kiểm tra.
- Kiểm tra việc thực hiện chế độ kế toán: Các sổ cái, sổ kế toán chi tiết theo quy định của chế độ kế tốn mà Cơng ty đang thực hiện, đối chiếu số liệu tổng hợp giữa sổ chi tiết với bảng cân đối số phát sinh và bảng tổng kết tài sản.
Ngoài ra, tuỳ theo từng trường hợp cụ thể cần kiểm tra xem xét các tài liệu, hồ sơ liên quan khác: số thuế đầu kỳ trước chuyển sang, xác nhận của cơ quan Thuế, cơ quan Kho bạc Nhà nước về số nộp ngân sách trong kỳ, các tài liệu liên quan đến hoàn thuế, miễn giảm thuế...
* Kiểm tra chi tiết, lập hồ sơ chứng lý tại trụ sở người nộp thuế gồm các nội dung sau:
- Kiểm tra sổ sách, chứng từ và các hồ sơ liên quan đến nội dung kiểm tra thuế.
- Kiểm tra chi tiết các nghiệp vụ kinh tế phát sinh: đối chiếu số liệu hạch tốn, số liệu tính, kê khai, thu nộp thuế và hạch toán thực tế của doanh nghiệp với các chuẩn mực Nhà nước quy định (quy định luật, pháp lệnh thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành; các cơ chế tài chính và chuẩn mực kế tốn Nhà nước ban hành, luật kế toán...).
- Thực hiện lập hồ sơ chứng lý kiểm tra. Hồ sơ chứng lý được coi là tài liệu gốc để lập biên bản kiểm tra, gồm: Các biên bản ghi nhận kết quả đối chiếu; các bản sao chụp các tài liệu có liên quan kể cả các bức ảnh, đoạn băng ghi lại những việc làm sai của doanh nghiệp (phân tán kho quỹ, cất giấu chứng từ, tài liệu...).
- Trường hợp cần thiết phải giám định tài liệu, cần lập biên bản thu giữ tài liệu ghi rõ tình trạng của tài liệu đó (kể cả hiện vật nếu có) để yêu cầu cơ quan có trách nhiệm giám định [24].