Ý đồ cơ bản của nhà làm luật trong việc quy định khắt khe phƣơng thức thanh toán hàng nhập khẩu là nhằm kiểm tra, giám sát quy trình thực hiện thanh toán theo hợp đồng. Tuy nhiên bản thân các quy định này khi áp dụng làm nảy sinh những bất cập với điều kiện tự do thƣơng mại trong giao lƣu quốc tế. Theo pháp luật hiện nay, ngƣời nhập khẩu phải thanh toán 100% giá trị lô hàng qua ngân hàng. Thanh toán qua ngân hàng là chuyển tiền từ ngân hàng bên nhập khẩu sang ngân hàng bên xuất khẩu để thanh toán tiền hàng hoá cho bên xuất khẩu theo các hình thức thanh tốn phù hợp thoả thuận trong hợp đồng và quy định của ngân hàng. Trong thực tiễn nhập khẩu ở nƣớc ta việc thanh tốn tiền hàng diễn ra theo nhiều hình thức. Ví dụ: khấu trừ vào khoản tiền vay nợ giữa hai bên, chuyển tiền vào tài khoản vãng lai tại việt nam của phía xuất khẩu, uỷ quyền cho ngƣời thứ ba nhận thanh tốn. Liệu những hình thức thanh tốn này khi thực hiện quan ngân hàng có đƣợc hải quan chấp nhận hay khơng? Phải thấy rằng quan hệ buôn bán giữa ngƣời nhập khẩu thƣờng có tính chất lâu dài, ổn định. Vì vậy, họ có thể thoả thuận thanh tốn lơ hàng thơng qua nhiều cách thức khác nhau.
Mặt khác, pháp luật liên quan đến trị giá tính thuế nhập khẩu cũng khơng giải quyết đƣợc triệt để việc thực hiện mục đích kiểm tra, giám sát thông qua ngân hàng. Doanh nghiệp nhập khẩu sẽ phải nộp những loại giấy tờ gì để chứng minh việc thanh toán. Chứng từ thanh toán tiền là giấy báo có của ngân hàng bên xuất khẩu về số tiền đã nhận từ tài khoản của ngân hàng bên nhập khẩu hay chỉ cần một giấy nhận của ngân hàng bên nhập khẩu? Đối với trƣờng hợp doanh nghiệp thoả thuận thanh tốn sau thời gian nhận hàng thì việc doanh nghiệp sẽ hoàn thiện bộ hồ sơ nhập khẩu với cơ quan hải quan sau khi đã hoàn tất thủ tục nhập khẩu liêu có cịn mang ý nghĩa kiểm tra giám sát không? Đấy là những vấn đề thực tiễn đang cần sự giải đáp của Nhà nƣớc bằng các quy phạm pháp luật cụ thể.