Thỏng 4-1958, Quốc hội quyết định thành lập Toà ỏn nhõn dõn Tối cao và Viện Cụng tố nhõn dõn Trung ương, tỏch hệ thống Toà ỏn nhõn dõn và Viện cụng tố ra khỏi Bộ Tư phỏp, đó đỏnh dấu bước cải cỏch tiếp theo về tổ chức và hoạt động của toà ỏn nhõn dõn. Kể từ thời điểm này, hệ thống toà ỏn nhõn dõn khụng cũn trực thuộc Hội đồng Chớnh phủ mà chịu trỏch nhiệm và bỏo cỏo cụng tỏc trước cơ quan quyền lực nhà nước cao nhất, đú là Quốc hội.
Ngày 31-12-1959, Quốc hội thụng qua bản Hiến phỏp năm 1959, trong đú quy định hệ thống toà ỏn nhõn dõn bao gồm Toà ỏn nhõn dõn Tối cao, cỏc toà ỏn nhõn dõn địa phương, cỏc tồ ỏn qũn sự. Trong trường hợp cần xột xử những vụ ỏn đặc biệt, Quốc hội cú thể quyết định thành lập toà ỏn đặc biệt. Đồng thời, quy định cỏc nguyờn tắc cơ bản về tổ chức và hoạt động của toà ỏn như: cỏc toà ỏn nhõn dõn thực hành chế độ thẩm phỏn bầu theo quy định của phỏp luật; việc xột xử ở cỏc toà ỏn nhõn dõn cú hội thẩm nhõn dõn tham gia theo quy định của phỏp luật; khi xột xử, tồ ỏn nhõn dõn độc lập và chỉ tũn theo phỏp luật; việc xột xử tại cỏc toà ỏn nhõn dõn đều cụng khai, trừ những trường hợp đặc biệt do luật định; quyền bào chữa của người bị cỏo được bảo đảm; toà ỏn nhõn dõn bảo đảm cho cụng dõn nước Việt Nam Dõn chủ Cộng hoà thuộc cỏc dõn tộc thiểu số cú thể dựng tiếng núi và chữ viết của mỡnh
trước toà ỏn. Toà ỏn nhõn dõn Tối cao chịu trỏch nhiệm và bỏo cỏo cụng tỏc trước Quốc hội, trong thời gian Quốc hội khụng họp thỡ chịu trỏch nhiệm và bỏo cỏo cụng tỏc trước Uỷ ban thường vụ Quốc hội. Cỏc toà ỏn nhõn dõn địa phương chịu trỏch nhiệm và bỏo cỏo cụng tỏc trước hội đồng nhõn dõn địa phương. Đặc biệt, Điều 153 của Hiến phỏp quy định Toà ỏn nhõn dõn Tối cao là cơ quan xột xử cao nhất của nước Việt Nam Dõn chủ Cộng hoà; Toà ỏn nhõn dõn Tối cao giỏm đốc việc xột xử của cỏc toà ỏn nhõn dõn địa phương, tồ ỏn qũn sự và tồ ỏn đặc biệt.
Trờn cơ sở Hiến phỏp năm 1959, ngày 14-7-1960, Quốc hội khoỏ II, kỳ họp thứ nhất đó thụng qua Luật tổ chức Tồ ỏn nhõn dõn năm 1960, trong đú cụ thể hoỏ cỏc quy định của Hiến phỏp năm 1959 về tổ chức và hoạt động của toà ỏn nhõn dõn. Theo đú, cỏc toà ỏn nhõn dõn địa phương được quy định bao gồm Toà ỏn nhõn dõn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và toà ỏn nhõn dõn ở cỏc khu vực tự trị. Để kiện toàn tổ chức và hoạt động của toà ỏn nhõn dõn cỏc cấp, tăng cường tớnh chất nhõn dõn và bảo đảm việc xột xử được chớnh xỏc, đỳng phỏp luật, ngày 23-3-1961, Uỷ ban thường vụ Quốc hội đó thụng qua Phỏp lệnh về tổ chức toà ỏn nhõn dõn quy định cụ thể về tổ chức của cỏc toà ỏn. Về thẩm quyền, Toà ỏn nhõn dõn Tối cao xột xử sơ, chung thẩm cỏc vụ ỏn lớn, trọng điểm; phỳc thẩm cỏc vụ ỏn sơ thẩm của Toà ỏn nhõn dõn cấp tỉnh bị khỏng cỏo; giỏm đốc thẩm, tỏi thẩm cỏc bản ỏn, quyết định đó cú hiệu lực phỏp luật của cỏc toà ỏn cấp dưới bị khỏng nghị theo quy định của phỏp luật. Đặc biệt, Hội đồng toàn thể Thẩm phỏn Toà ỏn nhõn dõn Tối cao cú nhiệm vụ duyệt lại cỏc bản ỏn tử hỡnh của toà ỏn nhõn dõn cỏc cấp, căn cứ vào Điều 9 của Luật tổ chức Toà ỏn nhõn dõn năm 1960.
Đối với Toà ỏn nhõn dõn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương ngoài chức năng, nhiệm vụ xột xử cỏc vụ ỏn, Toà ỏn nhõn dõn cấp tỉnh thời kỳ này cũn được giao thực hiện việc xõy dựng tổ chức tư phỏp ở địa phương, huấn luyện thư ký cho cỏc toà ỏn địa phương, huấn luyện cỏn bộ tư phỏp cho thị trấn
và xó, tổ chức việc tuyờn truyền giỏo dục phỏp luật trong nhõn dõn (Điều 9 Phỏp lệnh năm 1961).
Đối với Toà ỏn nhõn dõn huyện, thành phố thuộc tỉnh, thị xó hoặc đơn vị hành chớnh tương đương, về cơ cấu tổ chức gồm cú Chỏnh ỏn, Thẩm phỏn, nếu cần thiết cú Phú Chỏnh ỏn (do Hội đồng nhõn dõn cung cấp bầu ra và miễn nhiệm với nhiệm kỳ 3 năm). Về thẩm quyền, Toà ỏn nhõn dõn cấp huyện hoà giải những việc tranh chấp về dõn sự; phõn xử những việc hỡnh sự nhỏ khụng phải mở phiờn toà; xột xử sơ thẩm những vụ ỏn dõn sự; sơ thẩm những vụ ỏn hỡnh sự cú thể phạt tự từ 2 năm trở xuống. Ngoài ra, toà ỏn nhõn dõn cấp này cũn cú nhiệm vụ xõy dựng tổ chức tư phỏp và hướng dẫn cụng tỏc hồ giải ở cỏc thị trấn và xó, tuyờn truyền giỏo dục phỏp luật trong nhõn dõn.
Đối với cỏc Toà ỏn nhõn dõn ở cỏc khu vực tự trị, theo Điều lệ ngày 9-4-1963 của Hội đồng nhõn dõn khu tự trị Tõy Bắc về tổ chức của toà ỏn nhõn dõn cỏc cấp trong khu tự trị Tõy Bắc (được Uỷ ban thường vụ Quốc hội phờ chuẩn tại Quyết định số 185-TVQH ngày 9-7-1963) và Điều lệ của Hội đồng nhõn dõn khu tự trị Việt Bắc về tổ chức của toà ỏn nhõn dõn cỏc cấp trong khu tự trị Việt Bắc (được Uỷ ban thường vụ Quốc hội phờ chuẩn tại Quyết định số 157-TVQH ngày 2-3-1963), thỡ cỏc toà ỏn nhõn dõn ở cỏc khu tự trị này gồm cú: Toà ỏn nhõn dõn khu, cỏc Toà ỏn nhõn dõn tỉnh và cỏc Toà ỏn nhõn dõn thành phố thuộc tỉnh, thị xó và huyện. Ngồi chức năng, nhiệm vụ xột xử cỏc vụ ỏn thuộc thẩm quyền của mỡnh, Toà ỏn nhõn dõn khu cú nhiệm vụ xõy dựng tổ chức tư phỏp trong khu, tổ chức việc tuyờn truyền, giỏo dục phỏp luật trong nhõn dõn; huấn luyện nghiệp vụ cho thẩm phỏn và thư ký toà ỏn, gúp phần đào tạo cỏn bộ địa phương theo chớnh sỏch dõn tộc của Nhà nước.
Về cỏc Tồ ỏn qũn sự, theo Quyết định số 165 ngày 21-12-1961 của Bộ tổng tham mưu Quõn đội nhõn dõn Việt Nam quy định tạm thời tổ chức
biờn chế của ngành tồ ỏn qũn sự thỡ hệ thống Tồ ỏn qũn sự thời kỳ này bao gồm: Tồ ỏn qũn sự trung ương và cỏc tồ ỏn qũn sự ở cấp qũn khu, qũn binh chủng, sự đồn trực thuộc Bộ Quốc phũng và tương đương.
Như vậy, ngành tũa ỏn nhõn dõn đó tăng cường đấu tranh trấn ỏp bọn
phản cỏch mạng, trừng trị kịp thời và nghiờm khắc mọi hoạt động phản cỏch mạng, đặc biệt là đối với cỏc hoạt động giỏn điệp, biệt kớch, hoạt động tổ chức phản cỏch mạng, hoạt động chiến tranh tõm lý, phỏt huy đến mức cao nhất tỏc dụng chớnh trị của việc xột xử, gúp phần tiờu diệt bọn phản cỏch mạng ở miền Bắc, đồng thời nờu cao tớnh ưu việt của chế độ xó hội chủ nghĩa, gõy ảnh hưởng chớnh trị tốt đối với miền nam.
Bờn cạnh việc đấu tranh trấn ỏp bọn phản cỏch mạng, tũa ỏn nhõn dõn đúng vai trũ quan trọng trong việc trừng trị những hành vi xõm phạm tài sản xó hội chủ nghĩa, vi phạm cỏc nguyờn tắc, chớnh sỏch, chế độ, thể lệ quản lý kinh tế tài chớnh, quản lý thị trường cũng như trong việc trừng trị cỏc hành vi xõm phạm trật tự trị an và an tồn xó hội, vi phạm cỏc chớnh sỏch lớn của thời chiến.
Ngay sau khi đại thắng mựa xuõn năm 1975, thống nhất đất nước, tũa ỏn thụng qua hoạt động xột xử đó vạch trần thủ đoạn và ý thức phạm tội của cỏc bị cỏo, tỏ rừ thỏi độ kiờn quyết trấn ỏp cỏc hoạt động phản cỏch mạng, trừng trị nghiờm khắc bọn lưu manh cụn đồ hung hón và những phần tử thoỏi húa, biến chất. Việc xột xử đó cú tỏc dụng giỏo dục và phũng ngừa rất tốt, phục vụ kịp thời cỏc cuộc vận động lớn của Đảng và Nhà nước như bảo vệ an ninh Tổ quốc, bảo vệ tài sản xó hội chủ nghĩa, bảo vệ trật tự cụng cộng và an tồn xó hội, xõy dựng cuộc sống mới, con người mới...
Song song với tũa ỏn nhõn dõn, cỏc Tũa ỏn qũn sự cũng đó đúng vai trũ quan trọng trong đấu tranh phũng và chống tội phạm. Căn cứ vào nhiệm vụ chớnh trị của quõn đội trong từng giai đoạn, từng năm hoạt động của tũa ỏn quõn sự gúp phần giữ gỡn an ninh, trật tự xó hội, giữ gỡn kỷ luật và sức mạnh
chiến đấu của quõn đội trong chiến đấu cũng như trong xõy dựng hũa bỡnh. Giỳp cho cỏn bộ, chiến sỹ và nhõn dõn nhận thức rừ hơn về kỷ luật của quõn đội và phỏp luật của nhà nước, nõng cao ý thức tự giỏc chấp hành, gúp phần làm giảm cỏc hiện tượng tiờu cực trong quõn đội.