Cơ cấu tổ chức bộ máy của Quỹ ĐTPT Tiền Giang được quyết định bởi các chức năng, nhiệm vụ mà nó đảm nhiệm. Với bản chất hoạt động là một định chế chuyên thực hiện chức năng đầu tư tài chính, vừa nhằm phục vụ cho các mục tiêu về phát triển hệ thống kết cấu hạ tầng KT – XH trên địa bàn tỉnh, vừa nhằm mục tiêu sinh lời để bảo tồn và phát triển vốn. Vì vậy, mơ hình tổ chức bộ máy của Quỹ ĐTPT Tiền Giang cần được xây dựng phù hợp với yêu cầu hoạt động trong từng giai đoạn.
Hiện tại, Quỹ ĐTPT Tiền Giang đang từng bước chuyển hướng hoạt động theo mơ hình doanh nghiệp. Để tạo sự chuyển biến mạnh mẽ hơn trong giai đoạn 2011 - 2020 thì trước tiên bộ máy hoạt động phải tách bạch hơn với đầy đủ các bộ phận nghiệp vụ theo mô hình tổ chức và hoạt động của hệ thống Quỹ ĐTPT địa phương trên toàn quốc nhằm thể hiện tính chuyên nghiệp, mở rộng và nâng hoạt động lên tầm cao hơn.
Về nhân sự bộ máy của Quỹ cần được tuyển chọn kỹ để đảm bảo mục tiêu tinh giản và hiệu quả. Ngoài ra để đáp ứng u cầu về thơng tin, có thể hình thành thêm bộ phận cơng nghệ thơng tin để thực hiện chức năng quản lý hệ thống mạng nội bộ, nghiên cứu ứng dụng công nghệ thông tin trong việc
quản lý các hoạt động, nhất là các phần mềm về quản trị tài chính, quản trị dự án đầu tư và truy cập thơng tin về tình hình thị trường tài chính, tiền tệ trong nước và quốc tế.
Đối với chính quyền tỉnh Tiền Giang cần định hướng cho Quỹ ĐTPT Tiền Giang phải có kế hoạch từng bước chuyển hướng hoạt động theo mơ hình cơng ty mẹ, công ty con. Công ty mẹ quản lý và điều hành các công ty con chủ yếu bằng cơ chế tài chính theo hướng tạo mối liên kết về vốn để vừa phát huy tính độc lập của các công ty thành viên vừa tăng cường được sức mạnh tổng hợp của toàn bộ các công ty con trực thuộc.
Mối quan hệ giữa công ty mẹ và công ty con được phân định rõ ràng để vừa đảm bảo tập trung được mọi nguồn lực, tính thống nhất trong việc thực hiện mục tiêu chiến lược chung của công ty, vừa bảo đảm quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm, năng động trong kinh doanh của mọi đơn vị thành viên. Các đơn vị thành viên có thể gồm cơng ty TNHH một thành viên (100% vốn của
Quỹ ĐTPT), công ty TNHH hai thành viên trở lên, công ty CP. Công ty mẹ
quản lý và điều hành các doanh nghiệp thành viên thông qua các đại diện của mình trong Hội đồng quản trị (hoặc Hội đồng thành viên) của các công ty thành viên đó theo tỷ lệ vốn góp của tổng cơng ty và điều lệ tổ chức và hoạt động của công ty thành viên.
Việc hoạt động theo mơ hình cơng ty mẹ, cơng ty con sẽ tạo điều kiện đổi mới cơ chế tổ chức quản lý, chuyển từ liên kết hành chính sang cơ chế “đầu tư tài chính” là chủ yếu, tạo sự liên kết bền chặt, xác định rõ quyền lợi, trách nhiệm về vốn và lợi ích kinh tế giữa cơng ty mẹ và công ty con, tạo điều kiện để cơng ty mẹ tích tụ, tập trung vốn. Cơng ty mẹ và công ty con đều là những pháp nhân độc lập, bình đẳng. Cơng ty mẹ chi phối hoạt động công ty con bằng quyền của chủ sở hữu theo quy định của pháp luật và theo điều lệ của cơng ty con. Ngồi quyền đó ra, cơng ty mẹ không được tuỳ tiện can thiệp
vào hoạt động kinh doanh cũng như cơng tác quản lý tài chính của cơng ty con. Các mối quan hệ giữa công ty mẹ và công ty con cũng như giữa các công ty con với nhau như quan hệ mua – bán, vay – cho vay, thuê – cho thuê,... đều thông qua hợp đồng như các tổ chức kinh tế khác.
Về cơ bản, mơ hình tổ chức và hoạt động như trên sẽ cho phép Quỹ ĐTPT Tiền Giang vừa thực hiện mục tiêu phát triển kết cấu hạ tầng KT – XH theo chiến lược phát triển của tỉnh, vừa huy động được các nguồn lực tài chính từ các tổ chức, cá nhân khác trong nền kinh tế để thực hiện mục tiêu này.
Xét về chiến lược dài hạn, sau khi kết cấu hạ tầng kinh tế của tỉnh đã hoàn chỉnh đáp ứng được yêu cầu phát triển lâu dài của địa phương, chính quyền tỉnh cần định hướng chuyển dần hoạt động của Quỹ ĐTPT Tiền Giang thành Quỹ đầu tư với đúng bản chất của nó. Hay nói cách khác, Quỹ ĐTPT Tiền Giang có thể chuyển hướng ra khỏi thị trường ban đầu của mình để kết hợp với các nhà đầu tư khác trên địa bàn, tức là hoạt động với tư cách như các định chế tài chính phi ngân hàng, phát hành trái phiếu để ĐTPT kết cấu hạ tầng toàn tỉnh Tiền Giang đến năm 2020, đặc biệt giai đoạn 2011 – 2015 là tập trung đẩy mạnh đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng đô thị thành phố Mỹ Tho – đơ thị có lịch sử là Mỹ Tho đại phố từ năm 1679 ngày càng phát triển.