- Hồ sơ tài liệu vừa thiếu vừa biến động, đặc biệt là các loại tài liệu sổ sách, bản đồ trước Luật đất đai 2003 đã bị hư hỏng hoặc thất lạc nhiều, việc lập bản đồ địa chính bằng công nghệ số còn chậm.
- Công tác quản lý hồ sơ địa chính còn lỏng lẻo, chưa được tiến hành một cách đồng bộ và hoàn chỉnh, chưa có phòng lưu trữ hồ riêng và đúng quy cách. Vì vậy, hồ sơ nhanh bị xuống cấp, hư hỏng do đó chưa đáp ứng được những thông tin cần thiết phục vụ cho công tác quản lý đất đai cũng như cấp GCN QSD Đ
- Đội ngủ cán bộ địa chính phường, xã vừa thiếu cả về số lượng và chất lượng. - Lề lối làm việc, trách nhiệm thái độ phục vụ nhân dân cũng như sự phối hợp trong công việc của một số cán bộ địa chính từ thành phố đến cơ sở chưa tạo được sự tin tưởng của nhân dân, vẫn xảy ra hiện tượng nhũng nhiễu nhân dân của một số cán bộ chuyên môn.
- Sự phối hợp thực hiện giữa các cơ quan khác nhau liên quan đến việc xử lý hồ sơ xin cấp GCN QSDĐ như: Phường, xã, Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất, Chi Cục Thuế và Kho Bạc Nhà nước... còn thực hiện chưa ăn khớp nhịp nhàng, cụ thể :
+ Việc xác định của địa phương về nguồn gốc, thời điểm sử dụng đất, tình trạng tranh chấp đất đai và sự phù hợp với quy hoạch đất chậm.
+ Không chấp nhận việc ký vào đơn của công dân với nhiều lý do.
+ Thời gian ký nhận hồ sơ lâu, không đảm bảo thời gian quy định trong quy trình cấp GCN QSDĐ.
+ Với Chi Cục Thuế: theo qui định khi nhận được phiếu chuyển thông tin địa chính của văn phòng đăng ký QSD đất, Chi Cục Thuế có trách nhiệm thực hiện xác định các khoản nghĩa vụ tài chính với thời gian là 3 ngày làm việc nhưng thực tế thời gian tính thuế tại Chi Cục Thuế lại không đúng quy định làm chậm tiến trình cấp GCN QSDĐ.
- Mặc dù công tác phổ biến, tuyên truyền pháp luật về đất đai đã được quan tâm nhưng việc thực hiện thì chưa sâu sát đến từng người dân cũng như mới tuyên truyền phổ biến về nội dung của luật chứ chưa hướng dẫn cụ thể cho người dân về các trình tự thủ tục. Do đó khi người dân đi làm thủ tục thì gặp nhiều khó khăn do không biết phải làm những thủ tục gì, ở đâu.
- Cơ chế một cửa đến nay vân chưa thực sự là " một cửa" vì thực tế người dân khi đi làm thủ tục vẫn phải đi lại nhiều lần, đến nhiều nơi khác nhau.
- Nhiều trường hợp còn khó khăn về tài chính nên người sử dụng đất không đi đăng ký xin cấp GCN QSDĐ, một số hộ có đi đăng ký nhưng khi nhận được thông báo nộp nghĩa vụ tài chính thì lại kéo dài thời gian nộp biên lai thu để lập thủ tục trình ký GCN QSDĐ, làm chậm trễ thời gian thực hiện cấp giấy chứng nhận.
- Chỉ tiêu đặt ra là trong năm 2008 phải hoàn thành công tác cấp GCN QSDĐ nông nghiệp cho 06 phường, xã thì đến nay mới hoàn thành được 02 xã.
- Vẫn xảy ra nhiều sai sót trong vấn đề cấp GCN QSDĐ.
- Kinh phí đầu tư cho công tác cấp giấy còn hạn chế. Nhất là trong việc cấp GCN QSDĐ nông nghiệp sau chuyển đổi vì phải lập quy hoạch, đo đạc, chỉnhlý lại nbản đồ và quy đinh mỗi thửa đất cấp một giấy chứng nhận. do đó kinh phí và khối lượng công việc tăng lên rất nhiều.
- Số lượng hộ còn tồn đọng do cấp đất sai thẩm quyền chưa được xem xét để cấp GCN QSDĐ còn nhiều.
- Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất mới được thành lập 01 năm nên chưa có nhiều kinh nghiệm trong công việc. Đồng thời số lượng cán bộ chuyên môn còn thiếu, văn phòng có 05 người trong đó 01 giám đốc phụ trách chung, 01 thư ký tổng hợp kiêm thủ quỷ, một kế toán còn lại 02 cán bộ chuyên trách xử lý hồ sơ, vẽ bìa lại phải kiêm nhiệm những công việc khác như thống kê, kiểm kê nên dẫn đến tiến độ công việc thường bị chậm so với mục tiêu đề ra.