Thứ nhất: Quy mơ vốn cịn nhỏ so với các ngân hàng trong khu vực.
Trong những năm gần đây, mặc dù tăng nhanh về vốn và tổng tài sản, tuy nhiên quy mô của các ngân hàng Việt Nam vẫn nhỏ so với các nước trong khu vực. Hiện hai chỉ tiêu tổng tài sản và vốn chủ của các 8 ngân hàng đang niêm yết tại Việt Nam lần lượt là 166.844 tỷ đồng và 12.574 tỷ đồng, thấp hơn mức trung bình của các nước trong khu vực như Thái Lan, Ấn Độ, Inđônêsia, Trung Quốc.
Thứ hai: Tốc độ tăng trưởng tín dụng ln cao hơn tốc độ tăng trưởng huy
động, kỳ hạn nguồn và cho vay chệnh lệch quá lớn.
Việt Nam có độ tăng trưởng tín dụng cao trong những năm gần đây, tỷ lệ cho vay/huy động năm 2010 lên đến 130,7%. Tỷ lệ tăng trưởng tín dụng giai đoạn 2000-2010 là hơn 32%, trong khi tỷ lệ tăng trưởng huy động giai đoạn này là 29% điều này gia tăng rủi ro thanh khoản cho các ngân hàng.
Một nguyên nhân khác ngây rủi ro thanh khoản là có sự chênh nhau lớn giữa kỳ hạn nguồn và cho vay trong một thời gian dài. Theo quy định, ngân hàng chỉ được dùng 30% vốn huy động ngắn hạn để cho vay trung – dài hạn nhưng thực tế hầu hết các tổ chức tín dụng đều vượt xa con số này. Nhiều ngân hàng cho vay tới 60 - 70%, thậm chí là 100%.
Thứ ba: Khó đánh giá chính xác chất lượng tín dụng.
Do tăng trưởng tín dụng tăng cao, cụ thể: năm 2007: 2009: 2010 lần lượt là 53,89%: 37,73%: 27,65%. Cộng với quản lý tín dụng khơng tốt đã dẫn đến nợ xấu luôn là vấn đề lớn của hệ thống ngân hàng trong thời gian gần đây. Việc khó đánh giá chính xác nợ xấu có hai lý do: Một là, do sự khác biệt trong cách phân
loại nợ theo tiêu chuẩn Việt Nam (VAS) và theo tiêu chuẩn quốc tế (IAS). Hai là, một số ngân hàng biến nghiệp vụ gia hạn nợ, nó vốn là một nghiệp vụ bình thường của ngân hàng, thành một hình thức để giảm tỷ lệ nợ xấu do gia hạn nợ không được xem là nợ xấu.
Cách thức phân loại nợ theo VAS thì việc phân loại nợ dựa vào định lượng mà thiếu đi phần định tính như tình hình tài chính, kết quả sản xuất kinh doanh. Điều này dẫn đến việc phân loại nợ không phản ánh thực chất các khoản nợ. Đồng thời các ngân hàng chỉ xếp phần nợ đến hạn không trả được vào nợ quá hạn, trong khi phần còn lại của khoản nợ vẫn là nợ đủ tiêu chuẩn. Trong khi theo tiêu chuẩn quốc tế nếu phần nợ đến hạn khơng trả được nợ thì tồn bộ khoản nợ phải sếp vào nợ quá hạn. Cụ thể: theo công bố của NHNN đến tháng 06/2011 nợ quá hạn khoảng 3%, tăng so với mức 2,5% vào cuối năm 2009, chưa tính đến con số của Vinashin chiếm khoảng 0,7% tổng dư nợ toàn ngành, theo đánh giá của NHNN thì con số trên vẫn trong tầm kiểm sốt. Tuy nhiên, theo tính tốn của tổ chức xếp hạng tín nhiệm Fitch Ratings thì tỷ lệ nợ xấu của tồn hệ thống là 13%, đây là con số đáng lo ngại.
Thứ tư: Cơ cấu thu nhập chưa đa dạng, chủ yếu phụ thuộc vào hoạt động tín dụng.
Thu nhập từ tín dụng vẫn chiếm một tỷ trọng lớn trong tổng thu nhập của hầu hết các ngân hàng thương mại trong nước, năm 2010 tỷ trọng thu nhập từ tín dụng của 10 ngân hàng hàng đầu Việt Nam là 76,8%. Đối với một số ngân hàng có quy mơ nhỏ, tỷ trọng này thậm chí cịn lớn hơn 90%, cụ thể: NH Liên Việt 92,2%. Do nguồn thu không đa dạng, chủ yếu dựa vào tín dụng nên thu nhập của các ngân hàng bị ảnh hưởng đáng kể khi tín dụng bị thắt chặt.