Blancheton bổ sung các chất hữu cơ giàu nitơ vào nguồn nước để làm giầu vi khuẩn nitrit hóa và thực vật phù du, tạo thành những bông tụ là nguồn thức ăn bổ sung
cho ấu trùng tôm [30]. Đây cũng là tiền đề cho các nghiên cứu sử dụng nhóm vi khuẩn probiotic.
Theo Nair et al., vi khuẩn lactic acid và một số nhóm vi khuẩn khác có khả năng tiết ra chất ức chế các vi khuẩn gây bệnh như Aeromonas hydrophila và Vibrio parahaemolyticus [82].
Theo nghiên cứu của Foster, đã bổ sung vi khuẩn probiotic Bacillus subtilis, các enzym được làm khô và nghiền nhỏ để phân hủy lượng bùn tích tụ dưới đáy đầm [49]. Maeda và Liao sử dụng vi khuẩn phân lập từ đất PM-4 cho vào môi trường ương, nhận thấy có ảnh hưởng tốt đối với tỷ lệ sống của ấu trùng tôm Penaeus
monodon, do chúng có thể ức chế mầm bệnh [77].
Dòng PM-4 được cấy hàng ngày trong 7 ngày liền vào vào bể ương ghẹ 200 m3 (Portunus trituberculatus), kết quả mật độ Vibrio tỷ lệ nghịch với mật độ PM-4. Tỷ lệ sống trung bình của 7 lần thử nghiệm với PM-4 là 27,2%, tỷ lệ sống của 6 trên 9 lần thử nghiệm không có PM-4 là 6,8% [78, 83].
Qiao Zhenguo et al., nghiên cứu 3 chủng vi khuẩn quang hợp sử dụng cho nuôi tôm thẻ Trung Quốc (Penaeus chinensis) dùng cải thiện chất lượng môi trường nước [91].
Năm 1995, Garriques và Arevalo đã tóm lược quy trình sản xuất và sử dụng những vi khuẩn probiotic Vibrio alginolyticus để điều khiển hệ vi khuẩn trong việc sản xuất giống tôm Penaeus vannamei ở Ecuador. Chủng vi khuẩn giúp làm tăng tốc độ sinh trưởng và tỷ lệ sống của ấu trùng tôm một cách đặc biệt, do sự cạnh tranh với những vi khuẩn gây bệnh tiềm tàng. Vì vậy đã giảm nhu cầu sử dụng thuốc kháng sinh và những chất hóa học phòng trị bệnh [55].
Những kết quả tương tự về tác dụng của Bacillus subtilis C- 3102 (FERM BP- 1096) cũng đã chứng minh về việc tăng cân và tăng hiệu quả nuôi trồng cá, gia cầm, gia súc [124]. Theo nghiên cứu của Logan và Bartlett việc bổ sung một số lượng nhất định các chủng vi khuẩn Bacillus lentimorbus, Bacillus stearothermophilus vào hồ nuôi thủy sản tập trung có tác dụng làm tăng sản lượng cá đến 25% [76] .
Garriques và Arevalo (1995) đưa dòng Vibrio alginolyticus vào bể ương ấu trùng tôm (Litopenaeus vannamei) mỗi ngàỵ Tỷ lệ sống trung bình và trọng lượng thân cao nhất trong bể có thêm vi khuẩn hữu ích so với bể xử lý bằng kháng sinh oxytetracyline và đối chứng. Số bể có bổ sung vi khuẩn Vibrio alginolyticus, không
thấy xuất hiện vi khuẩn gây bệnh V. parahaemolyticus, trong khi các nghiệm thức còn lại có khoảng 10% mẫu có mặt vi khuẩn này [55].
Griffith cho rằng nhờ đưa men vi sinh vào trong bể ương tôm giống ở Ecuador nên các trại nuôi tôm giống giảm thời gian nghỉ để làm vệ sinh các bể nuôi, sản lượng tôm giống tăng 35% và giảm sử dụng các chất diệt khuẩn đến 94% [60].
Năm 1996, Boyd đã công bố việc thử nghiệm thành công chế phẩm vi sinh gồm các chủng Bacillus subtilis, Nitrobacter, Pseudomonas, Aerobacter, Cellumonas, và
Rhodopseudomonas. Chế phẩm này làm giảm lượng tảo lam, giảm lượng nitrat, nitrit,
và amoni, photpho hạ, tăng nồng độ oxy hòa tan, tốc độ phân giải các chất hữu cơ tăng dẫn đến tăng hiệu quả nuôi trồng hải sản [33].
Ở Châu Á đã có nhiều nghiên cứu sử dụng các men sinh trong nuôi tôm, đặc biệt ở Thái Lan. Jiravanichpaisal et al., đã sử dụng Lactobacillus sp. trong nuôi tôm sú (Penaeus monodon) [66]. Rengpipat và Rukpratanporn cho rằng Bacillus S11 là vi khuẩn hữu ích có thể bổ sung vào dung dịch giàu hóa Artemia trước khi cho ấu trùng tôm sú ăn [96]. Kết quả tôm ít bệnh hơn và phát triển nhanh hơn, đạt tỉ lệ sống 100% khi gây cảm nhiễm với V. harveyi, trong khi kết quả đối chứng chỉ đạt 26% [96].
Sử dụng Bacillus trong nuôi tôm thịt ở Indonesia sẽ an toàn trong 160 ngày, các trại không sử dụng Bacillus hầu như gặp thất bại, bệnh vi khuẩn phát sáng do Vibrio thường làm tôm chết trước 80 ngày [80].
Dòng BY-9 được cấy với mật độ 106 CFU/ml vào bể ương ấu trùng tôm sú làm giảm mật độ Vibrio và cho tỷ lệ sống cao hơn đối chứng [109].
Nghiên cứu của Wang Xiang- Hong et al., cũng cho biết một số vi khuẩn hữu ích có thể kích thích hoặc ức chế sự phát triển của tảọ Tác giả còn cho biết thêm những vi khuẩn có lợi trong nước sẽ loại trừ nhanh NH3, H2S, vật chất hữu cơ có hạị Ngoài ra, chúng còn có thể cân bằng pH trong ao nuôi [120].