Sự phát triển về quy mô và đa dạng loài trong NTTS đã đem lại sự tăng trưởng vượt bậc về sản lượng nuôi trồng trên thế giới nói chung và Việt Nam nói riêng. Sản lượng nuôi tăng cao là do thay đổi phương thức nuôi, chủ yếu nuôi theo hình thức thâm canh hoặc công nghiệp. Mật độ vật nuôi tăng cao trong mô hình nuôi thâm canh/công nghiệp sẽ dẫn đến môi trường bị ô nhiễm và chất lượng môi trường trở nên khó kiểm soát, vật nuôi dễ bị rơi vào trạng thái “stress”, các vấn đề liên quan đến bệnh và sự suy giảm chất lượng môi trường thường xuyên xảy rạ Để phòng trừ, chữa bệnh, các loại thuốc và hóa dược được đưa vào sử dụng. Thuốc và hóa dược sử dụng không đúng liều lượng và phác đồ điều trị, tình trạng lạm dụng thuốc kháng sinh ngày càng phổ biến nên hiện tượng kháng kháng sinh của nhiều chủng vi khuẩn đang là vấn đề hết sức nan giảị Bên cạnh đó, kháng sinh còn tồn tại trong cơ thể tạo thành dư lượng thuốc kháng sinh, làm chất lượng giống kém, tốc độ tăng trưởng của cua giống thấp dẫn đến việc nuôi cua thương phẩm có hiệu quả kinh tế thấp. Vì vậy, việc sản xuất giống, nuôi thương phẩm các loài thủy hải sản có chất lượng, nâng cao tỷ lệ sống đang gặp nhiều khó khăn.
Yasuda và Taga chỉ ra rằng vi khuẩn không chỉ hữu hiệu cho thực phẩm mà còn là chất ức chế vi khuẩn gây bệnh trên cá và là chất hoạt hóa quá trình tái tạo dinh dưỡng [125]. Xu hướng mới hiện nay được áp dụng với nhiều đối tượng nuôi biển là sử dụng chế phẩm probiotic gồm các nhóm vi khuẩn có ích, giúp hạn chế khả năng bị vi khuẩn gây bệnh xâm nhiễm và cải thiện chất lượng môi trường nước [25, 56, 65].