- Gây biến mốc: Nấm mốc là tên chung để chỉ các loại nấm có cấu trúc hình sợi. Chúng thuộc loại thực vật hạ đẳng không có bào tử, không có diệp lục, không có khả năng tổng hợp chất hữu cơ từ khí CO2 mà sử dụng trực tiếp chất hữu cơ để sinh sống (Nguyễn Lân Dũng và cộng sự, 1972). Nấm mốc sẵn có ở khắp nơi trong tự nhiên. Trong môi trường yếm khí và có đường làm thức ăn, nấm mốc phát triển rất mạnh, không đòi hỏi nghiêm khắc về nhiệt độ. Theo Trần Cẩm Vân và Bạch P hong Lan (1995) pH thích hợp với nấm mốc nói chung từ 1,2-3,0. Nguyễn Lân Dũng và cộng sự (1972) cho rằng đa số nấm hoại sinh phát triển tốt ở nhiệt độ 28-30oC, ở những nhiệt độ cao hơn thì phát triển kém hoặc có khi không mọc.
Ở tầng trên của sản phẩm ủ xi lô thường có nấm mốc gây hại phát triển. Sự sản sinh của nấm mốc làm sản phẩm bị biến màu, mùi và mất chất dinh dưỡng (do sự phân giải của các hợp chất chứa nitơ) thậm chí gây độc cho vật nuôi. Để hạn chế nấm mốc phá hoại trong quá trình ủ xi lô cần nén chặt nguyên liệu, hạn chế không khí lọt vào, thời gian xếp nén giữa các tầng nguyên liệu không nên để quá lâu, nấm mốc dễ xâm nhập. Thiết bị ủ xi lô phải thật kín, cố gắng xếp đầy nguyên liệu tới miệng và hạn chế tối đa khoảng trống tiếp xúc với tầng nguyên liệu trên cùng, tốt nhất là cho dung dịch ngập nguyên liệu.
- Gây mùi thối: Chủ yếu do sự phát triển của trực khuẩn butyric yếm khí xâm nhập vào sản phẩm ủ xi lô. Trực khuẩn butyric có nhiều trong đất, có khả năng cố định nitơ trong đất, thích hợp với nhiệt độ 30- 40oC và pH từ 6,0-7,0, đòi hỏi yếm khí. Trong môi trường ủ xi lô, trực khuẩn butyric gặp điều kiện thuận lợi sẽ phát triển, phân giải rỉ đường và acid lactic, không sinh độc, không gây bệnh nhưng acid butyric có mùi thối. Để tránh sự phá hoại của trực khuẩn butyric cần tạo điều kiện thuận lợi để khuẩn lactic phát triển mạnh, sản sinh nhiều acid lactic làm pH đạt từ 3,0-4,5 khi đó khuẩn butyric không có điều kiện phát triển.
- Điều kiện ủ xi lô không đảm bảo: Hàm lượng nước cao sẽ làm cho acid lactic sinh ra bị pha loãng dẫn đến thời gian giảm pH trong bình ủ xi lô bị kéo dài. Vì vậy, các vi khuẩn gây thối sẽ có điều kiện phát triển mạnh làm cho quá trình ủ xi lô bị hư hỏng. Hàm lượng rỉ đường bổ sung vào bình ủ xi lô thiếu sẽ không có đủ cơ chất cho vi khuẩn lactic phát triển, khi đó chúng sẽ phát triển chậm lại, pH sẽ không hạ thấp được gây thối nguyên liệu ủ xi lô. Lượng vi khuẩn lactic ban đầu quá ít sẽ dẫn đến vi khuẩn lactic phát triển chậm, lượng acid sinh ra ít không ức chế được vi khuẩn gây thối làm cho nguyên liệu ủ xi lô hư hỏng.