Cơ cấu sử dụng đất của đảo có biến động, phụ thuộc vào nhiều yếu tố khác nhau, phản ánh quá trình chuyển đổi cơ cấu kinh tế của địa phương. Địa phương đã sử dụng tối đa quỹ đất hiện có để phát triển nơng nghiệp, tuy nhiên tỷ lệ giữa các loại hình sử dụng đất cịn chênh lệch khá lớn và chưa hợp lý. Diện tích dành cho mục đích Diện tích đất lâm nghiệp quá nhỏ trong khi diện tích đất trống đồi núi trọc cịn nhiều. Nhằm tiến tới phát triển kinh tế xã hội một cách bền vừng, cần phải tiến hành công tác trồng cây gây rừng, phủ xanh đất trống đồi núi trọc, giảm diện tích đất canh tác nơng nghiệp, tăng diện tích đất chuyên dụng.
3.2.3. Khai thác cát san hô
Để tăng chất lượng và năng suất cho cây hành, tỏi, người dân Lý Sơn thường phủ lên đất canh tác một lớp cát biển khoảng 5 cm. Từ năm 2008 đến nay, sau khi có thương hiệu, giá hành và tỏi Lý Sơn cũng tăng lên đáng kể, nhờ đó thu nhập của nơng dân huyện đảo Lý Sơn đã có phần được cải thiện, bình qn từ 12 triệu đồng đến gần 15 triệu đồng/người/năm.
Cũng từ đây, nảy sinh ra nghề khai thác cát biển để phục vụ sản xuất thu hút khá đông lao động tham gia. Trung bình mỗi ngày một lao động theo nghề này cũng cho thu nhập trên dưới 500.000 đồng, đây là khoản thu nhập không nhỏ đối với người dân huyện đảo. Tồn huyện, hiện có gần 20 xuồng, bè cùng hàng trăm lao động đang ngày đêm tham gia khai thác cát biển, mỗi ngày có vài trăm mét khối cát biển được đưa vào bờ, chủ yếu là ven xã đảo An Hải.
Hiện nay, để hành nghề khai thác nguồn cát biển phục vụ cho việc trồng hành, tỏi, mỗi chủ bè phải trang bị một xuồng hoặc bè lớn có thể chứa được từ 10 m3 đến 15 m3. Trên xuồng, bè trang bị động cơ diesel (cơng suất từ 20 -30 CV) có gắn hệ thống vòi rồng loại lớn để hút cát. Để khai thác nguồn cát biển đạt hiệu quả, mỗi xuồng, bè cần ít nhất từ 2 đến 3 lao động.
Việc khai thác nguồn cát biển ồ ạt của người dân để phục vụ việc sản xuất cây hành, tỏi trên đảo Lý Sơn trong thời gian qua đã kéo theo nhiều hệ lụy, sóng
đã cuốn trơi trên 4 ha đất ở, đất sản xuất nơng nghiệp tại phía Bắc và phía Nam của đảo. Nhiều khu vực sóng biển xâm thực sâu vào đất liền từ 10 đến 20 m. Nếu tiếp tục khai thác cát ven bờ thì khả năng xâm thực của biển sẽ xảy ra với cường độ ngày một lớn.
Bên cạnh đó, việc khai thác cát xung quanh đảo để trồng hành tỏi và các cây lương thực khác đã kiến cho nguồn cát san hô bị cạn kiệt, dẫn đến hiện tượng xâm thực của biển. Việc khai thác cát xung quanh đảo cũng gây thiệt hại lớn đến môi trường sống của các lồi sinh vật, sạn san hơ, cỏ biển.