- Năm 1999, tác giả Trần Văn Nhị và Đỗ Thị Tố Uyên đã đưa ra kết quả nghiên cứu về xử lý nước thải làng nghề Phú Đô bằng vi khuẩn quang hợp. Phương pháp này các tác giả đã sử dụng 10 chủng vi khuẩn quang hợp từ tập đoàn chủng giống của Viện công nghệ sinh học, đã nuôi các vi khuẩn này ở điều kiện kỵ khí ngồi ánh sáng. Sau 4-5 ngày nuôi cấy, sinh khối của các chủng đạt cực đại, phương pháp này loại bỏ COD khoảng 85- 90%. Tuy nhiên, ứng dụng công nghệ này vào thực tế sẽ rất khó khăn vì tốn nhiều kinh phí, khó tạo ra điều kiện yếm khí lại vẫn phải có ánh sáng để vi khuẩn quang hợp tồn tại và sinh trưởng.
- Năm 1999, Lê Gia Hy và nhóm nghiên cứu đã nghiên cứu xử lý nước thải làng nghề Phú Đơ bằng bùn hoạt tính. Tác giả đã nghiên cứu tạo bùn hoạt tính từ 3 loại: Bùn hoạt tính tự nhiên thu được bằng cách lấy mẫu nước thải ở Phú Đô để lắng, loại bỏ phần nước trong. Bùn hoạt tính nhân tạo thu được bằng cách nhân giống trên môi trường nước thải Phú Đô. Bùn hỗn hợp nhân được từ phương pháp nuôi tạo bùn như trên, nhưng môi trường nhân giống là mẫu nước thải hỗn hợp từ Phú Đơ, Tơ Lịch, Hồ Tây. Sau đó các tác giả tiến hành phân tích thành phần và số lượng vi sinh vật trong 3 loại bùn hoạt tính trên. Kết quả cho thấy số lượng vi sinh vật ở hai mẫu bùn hoạt tính nhân tạo và hỗn hợp cao hơn nhiều so với bùn tự nhiên. Tiếp đó các tác giả cũng đã thử nghiệm khả năng xử lý nước thải Phú Đô bằng 3 loại bùn hoạt tính trên thì thấy xử lý bằng bùn hoạt tính hỗn hợp và nhân tạo có hiệu quả cao hơn so với bùn tự nhiên.
- Năm 2009, tác giả Hà Minh Ngọc, trường Đại học Khoa học Tự nhiện Hà Nội đã tiến hành nghiên cứu xử lý nước thải làng nghề chế biến lương thực bằng phương pháp lọc sinh học ngập nước. Kết quả xử lý nước thải cho làng nghề chế biến lương thực của xã Minh Khai, huyện Hoài Đức, tỉnh Hà Tây bằng hệ thống lọc sinh học kị khí và hiếu khí cho thấy các chỉ tiêu đều đạt TCVN 5945-1995.
- Năm 2012, tác giả Nguyễn Minh Phương và nhóm nghiên cứu thuộc viện Cơng nghệ sinh học- Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam đã nghiên cứu bước đầu ứng dụng vi sinh vật và tảo lam Spirulina đột biến để làm sạch nước thải và sản xuất nguồn nguyên liệu chất dẻo sinh học dùng cho công nghiệp ở làng nghề bún Phú Đô. Kết quả cho thấy mẫu nước sau khi được xử lý bằng bùn hoạt tính và chủng tảo lam spirulina platensis có hiệu quả xử lý COD, BOD5, Nts, Pts cao, các thông số đều đạt QCVN 24:2009/BTNMT loại B.