Trong những năm trƣớc, việc phân tích vi sinh vật nói chung và vi khuẩn nói riêng trong phịng thí nghiệm thƣờng sử dụng các kỹ thuật nuôi cấy thông thƣờng với
nhiều bƣớc kỹ thuật phức tạp và thời gian kéo dài. Bƣớc đầu là thu thập các mẫu thực phẩm sau đó tiến hành phân lập trên các mơi trƣờng đặc hiệu để kiểm tra sự có mặt của vi khuẩn. Các vi khuẩn phân lập lại tiếp tục đƣợc kiểm tra bằng các phản ứng hóa học đặc trƣng cho từng loại và so sánh với bảng kết quả sinh hóa định danh vi khuẩn (bảng sinh hóa bao gồm các đặc điểm sinh hóa đặc trƣng nhất để phân biệt các loài vi sinh vật gây bệnh) [9]. Quy trình này thƣờng tốn rất nhiều thời gian, cơng sức và phụ thuộc vào kinh nghiệm của các kỹ thuật viên mới cho kết quả chính xác [72]. Tuy vậy đây vẫn là một phƣơng pháp sáng giá, một cơng cụ hữu ích trong việc xác định sự có mặt của một số vi khuẩn trong thực phẩm mà phần lớn các phòng kiểm nghiệm thực phẩm trong nƣớc sử dụng. Việc phát hiện các vi sinh vật trong thực phẩm và thức ăn chăn nuôi theo tiêu chuẩn Việt Nam vẫn đang đƣợc thực hiện theo phƣơng pháp này [25].
Hiện nay, các thử nghiệm sinh hóa truyền thống để định danh vi sinh vật đã có thể đƣợc thực hiện đơn giản hơn ở dạng đĩa giấy, que giấy. Ngoài ra cịn có các bộ kit cho phép thực hiện hàng loạt thử nghiệm hóa sinh theo một quy trình hai lựa chọn để định danh vi sinh vật. Bộ kit này đang dần đƣợc phổ biến với ƣu điểm xác định định hƣớng phân biệt các chủng vi sinh vật, kiểm tra chuyên sâu về phân loại vi sinh vật đồng thời các bƣớc tiến hành thƣờng đơn giản, tiết kiệm thời gian, công sức hơn so với phƣơng pháp nuôi cấy thông thƣờng. Các bộ test thƣờng sử dụng là API, Rosco, …Tuy vậy mỗi bộ kit chỉ cho phép định danh đƣợc một số vi sinh vật, chi phí thử nghiệm đắt tiền [23].
Kỹ thuật màng phim khô (petrifilm)
Đây là kỹ thuật mới với sự góp sức của các mơi trƣờng sẵn dƣới dạng petrifilm nhằm hỗ trợ cho phƣơng pháp nuôi cấy truyền thống. Mẫu thực phẩm đƣợc cấy truyền trên màng phim đã tái tạo độ ẩm thích hợp và tạo thành gel. Sau đó màng phim đƣợc đƣa vào tủ cấy để quần thể vi sinh vật phát triển, tiếp theo tiến hành kỹ thuật nhuộm
màu để xác định chủng vi sinh. Kỹ thuật màng phim khơ có thuận lợi khơng mất cơng chuẩn bị mơi trƣờng, thao tác thuận tiện tiết kiệm dung tích ni cấy.