3.1 Đánh giá các thông số của các oligonucleotide thiết kế
3.1.3 Khả năng bắt cặp của hệ mồi, mẫu dò trên lythuyết
Để xác định khả năng bắt cặp đặc hiệu của các primer, mẫu dị thiết kế ở trên, chúng tơi thực hiện ClustalX với 123 trình tự gen của HBV từ NCBI. Đồng thời, chúng tôi kiểm tra độ đặc hiệu của các oligonucleotide bằng công cụ Blast trên NCBI
3.1.3.1 Khả năng bắt của mồi katG315F
Hình 3.5 : Khả năng đặc hiệu của mồi katG-315F đối với gen katG của MTB bằng công cụ ClustalX và Blast (NCBI)
Căn cứ vào hình 3.5, khả năng đặc hiệu của katG-315F đối với MTB rất cao vì các chỉ số Query coverage và Max ident lần lượt là 100%. Kết quả ClustalX cũng cho thấy trình tự mồi hồn tồn đặc hiệu với hệ gen MTB.
3.1.3.2 Khả năng bắt cặp của mồi ngược katG-315R
Hình 3.6: Khả năng đặc hiệu của mồi katG-315R đối với gen katG của MTB bằng công cụ ClustalX và Blast (NCBI)
Căn cứ vào kết quả ClustalX mồi ngược katG-315R trong hình 3.6, các
nucleotide hồn toàn tương đồng, duy chỉ có một nucleotide ở đầu 3’ của mồi là không bảo tồn. Vì đây là mồi phát hiện đột biến nên có sự sai khác tại vị trí này giữa các trình tự khơng chứa đột biến và trình tự đột biến từ ngân hàng dữ liệu gen. Các chỉ số Query coverage và Max ident trong hình 3.3 đều đạt 100% nên mồi ngược katG315R là hoàn toàn đặc hiệu với MTB.
3.1.3.3 Khả năng bắt cặp của mẫu dị Mẫu dị katG315
Hình 3.7: Khả năng đặc hiệu của Mẫu dò katG 315 đối với gen katG của MTB bằng công cụ ClustalX và Blast(NCBI)
Mẫu dị katG315 hồn tồn tương đồng với các trình tự gen MTB khi so hàng bằng phần mềm ClustalX ở hình 3.7. Khi so sánh mẫu dị katG315 với các trình tự trên NCBI thì các chỉ số đều đạt 100% như trong hình 3.7. Do đó, chúng tơi khẳng định mẫu dị katG315 là hồn tồn đặc hiệu với MTB.
3.1.3.4 Khả năng bắt cặp của mồi xi rpoB-516F
Hình 3.8: Khả năng đặc hiệu của mồi xi rpoB-516F đối với gen rpoB của MTB bằng công cụ ClustalX và Blast(NCBI)
Căn cứ vào kết quả ClustalX mồi xuôi rpoB-516F trong hình 3.8, các nucleotide hoàn toàn tương đồng, duy chỉ có một nucleotide ở đầu 3’ của mồi là khơng bảo tồn. Vì đây là mồi phát hiện đột biến nên có sự sai khác tại vị trí này giữa các trình tự khơng chứa đột biến và trình tự đột biến từ ngân hàng dữ liệu gen. Các chỉ số Query coverage và Max ident trong hình 3.8 đều đạt 100% nên mồi xi rpoB-516F là hồn tồn đặc hiệu với MTB
3.1.3.5 Khả năng bắt cặp của mồi ngược rpoB-516R
Hình 3.9 : Khả năng đặc hiệu của mồi ngược rpoB-516R đối với gen rpoB của MTB bằng công cụ ClustalX và Blast(NCBI)
3.1.3.6 Khả năng bắt cặp của mẫu dò Mẫu dò rpoB-516
Hình 3.10 :Khả năng đặc hiệu của Mẫu dị rpoB-516 đối với gen rpoB của MTB bằng công cụ ClustalX và Blast(NCBI)
Mẫu dò rpoB-516 hồn tồn tương đồng với các trình tự gen MTB khi so hàng bằng phần mềm ClustalX ở hình 3.10. Khi so sánh mẫu dị rpoB-516 với các trình tự trên NCBI thì các chỉ số đều đạt 100% như trong hình 3.10. Do đó, chúng tơi khẳng định mẫu dị rpoB516 là hồn tồn đặc hiệu với MTB.
3.1.3.7 Khả năng bắt cặp của mồi xuôi emb 306F1
Căn cứ vào kết quả ClustalX mồi xuôi emb 306F1 trong hình 3.11, các nucleotide hoàn toàn tương đồng, duy chỉ có một nucleotide ở đầu 3’ của mồi là không bảo tồn. Vì đây là mồi phát hiện đột biến nên có sự sai khác tại vị trí này giữa các trình tự khơng chứa đột biến và trình tự đột biến từ ngân hàng dữ liệu gen. Các chỉ số Query coverage và Max ident trong hình 3.11 đều đạt 100% nên mồi xi emb 306F1 là hồn toàn đặc hiệu với MTB
3.1.3.8 Khả năng bắt cặp của mồi ngược emb 306R12
Hình 3.12: Khả năng đặc hiệu của mồi xuôi emb 306R12 đối với gen emb của MTB bằng công cụ ClustalX và Blast(NCBI)
Dựa vào kết quả ClustalX chúng tơi thấy trình tự mồi đặc hiệu với MTB, kết quả các chỉ số Query coverage và Max ident đều đạt 100% vì vậy mồi ngược hồn toàn đặc hiệu với MTB.
3.1.3.9 Khả năng bắt cặp của Mẫu dò emb 306-12
Mẫu dò emb306-12 hồn tồn tương đồng với các trình tự gen MTB khi so hàng bằng phần mềm ClustalX ở hình 3.13. Khi so sánh mẫu dị emb306-12 với các trình tự trên NCBI thì các chỉ số đều đạt 100% như trong hình 3.13. Do đó, chúng tơi khẳng định mẫu dị emb306-12 là hồn tồn đặc hiệu với MTB
3.1.3.10 Khả năng bắt cặp của mồi xuôi emb 306-F345
Hình 3.14: Khả năng đặc hiệu của mồi xi emb 306-F345 đối với gen emb của MTB bằng công cụ ClustalX và Blast(NCBI)
Mồi xi emb306-F345 hồn tồn tương đồng với các trình tự gen MTB khi so hàng bằng phần mềm ClustalX ở hình 3.14. Khi so sánh mồi xi emb306-F345 với các trình tự trên NCBI thì các chỉ số đều đạt 100% như trong hình 3.7. Do đó, chúng tơi khẳng định mồi xi emb306-F345 là hồn tồn đặc hiệu với MTB.
3.1.3.11 Khả năng bắt cặp của mồi ngược emb 306R3
Căn cứ vào kết quả ClustalX mồi xuôi emb 306-R3 trong hình 3.15, các nucleotide hồn tồn tương đồng, duy chỉ có một nucleotide ở đầu 3’ của mồi là khơng bảo tồn. Vì đây là mồi phát hiện đột biến nên có sự sai khác tại vị trí này giữa các trình tự khơng chứa đột biến và trình tự đột biến từ ngân hàng dữ liệu gen. Các chỉ số Query coverage và Max ident trong hình 3.11 đều đạt 100% nên mồi xi emb306-R3 là hồn tồn đặc hiệu với MTB.
3.1.3.11 Khả năng bắt cặp của Mẫu dị emb 306-345
Hình 3.16: Khả năng đặc hiệu của Mẫu dò 306-345 đối với gen emb của MTB bằng công cụ ClustalX và Blast(NCBI)
Mẫu dị emb306-345 hồn tồn tương đồng với các trình tự gen MTB khi so hàng bằng phần mềm ClustalX ở hình 3.16. Khi so sánh mẫu dị emb306-345 với các trình tự trên NCBI thì các chỉ số đều đạt 100% như trong hình 3.13. Do đó, chúng tơi khẳng định mẫu dị emb306-345 là hồn tồn đặc hiệu với MTB.