Một trong những nội dung quan trọng về sự lãnh đạo của Đảng với tổ chức Cơng đồn là lãnh đạo về tổ chức. Đảng cho rằng, muốn làm tốt công tác vận động quần chúng công nhân, vấn đề cơ bản nhất là phải ra sức xây dựng tổ chức Cơng đồn vững mạnh, làm cho cơng đồn thật sự là người đại diện cho quyền làm chủ của giai cấp công nhân, là sợi dây chuyền nối liền Đảng với quần chúng công nhân và người lao động.
Trong quá trình đấu tranh cách mạng, được Đảng quan tâm tổ chức và lãnh đạo, tổ chức Cơng đồn nước ta ngày càng phát triển, trưởng thành. Hiện nay, hệ thống tổ chức của Cơng đồn từng bước được củng cố và kiện toàn, phù hợp với đặc điểm và yêu cầu của tình hình mới. Sự phân công, phân nhiệm, việc xác định chức năng, nhiệm vụ, đổi mới phương thức công tác từng bước được thực hiện và chấn chỉnh.
Trong tiến trình đổi mới và phát triển nền kinh tế đất nước cùng với sự chuyển dịch và thay đổi cơ cấu các thành phần kinh tế, do tác động mạnh mẽ của tiến trình cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nước, sự tồn tại và phát triển của các thành phần kinh tế ngoài nhà nước đã tạo nên sự chuyển biến sâu sắc về số lượng, cơ cấu, chất lượng đội ngũ cơng nhân, lao động. Sự thay đổi đó địi hỏi tổ chức Cơng đồn phải đặt ra nhiệm vụ khơng ngừng củng cố và hồn thiện hệ thống tổ chức, nâng cao chất lượng hoạt động nhằm đáp ứng và phù hợp với yêu cầu nhiệm vụ mới.
Đổi mới bộ mày, cơ cấu tổ chức cũng là một trong những nội dung lãnh đạo của Thành ủy đối với Thường vụ Liên đoàn lao động thành phố Hà Nội. Tại buổi làm việc của Ban Thường vụ Thành ủy Hà Nội với Đảng đoàn và Ban Thường vụ Liên đoàn Lao động thành phố Hà Nội ngày 14 - 2 - 2001, Thành ủy chỉ đạo các cấp cơng đồn thành phố cần phải xây dựng và củng cố tổ chức, nhất là công đồn cơ sở; hoạt động của cơng đồn cần hướng về cơ sở, phát triển các tổ chức cơng đồn trong các thành phần kinh tế. Để thực hiện nhiệm vụ đó, tại buổi làm việc ngày 31 - 10 - 2001, Thành ủy chỉ đạo các cấp cơng đồn cần có giải pháp tích cực tăng cường hơn nữa xây dựng tổ chức và chỉ đạo các hoạt động của cơng đồn khu vực kinh tế ngoài quốc doanh; chăm lo củng cố xây dựng tổ chức cơng đồn vững mạnh; tích cực tham gia xây dựng Đảng, xây dựng chính quyền, tích cực tham gia đấu tranh chống tiêu cực.
Để chuẩn bị Đại hội Cơng đồn Thành phố Hà Nội lần thứ XIII, tiến tới Đại hội đại biểu cơng đồn tồn quốc, tạo bước phát triển mới trong phong trào công nhân, viên chức, lao động, tiếp tục khẳng định vị trí, vai trị giai cấp cơng nhân, tổ chức cơng đồn thủ đơ trong sự nghiệp cơng nghiệp hóa, hiện đại hóa, ngày 12 - 7 - 2002, Ban chấp hành Trung ương Đảng đã có Chỉ thị 14-CT/TW về lãnh đạo đại hội cơng đồn các cấp tiến tới Đại hội lần thứ IX Cơng đồn Việt Nam. Thực hiện chỉ thị này, ngày 29 - 7 - 2002, Thành ủy Hà Nội đã có Chỉ thị số 13 - CT/TU về tăng cường sự lãnh đạo của Đảng dối với
Đại hội Cơng đồn các cấp tiến tới Đại hội cơng đồn thành phố lần thứ XIII. Chỉ thị yêu cầu các cấp ủy đảng quan tâm lãnh đạo tốt đại hội cơng đồn các cấp, nhất là đại hội cơng đồn cơ sở. Chỉ đạo Ban chấp hành cơng đồn các cấp chuẩn bị kỹ nội dung báo cáo trình đại hội. Báo cáo tổng kết cơng tác cơng đồn trong nhiệm kỳ cần đánh giá đúng thực trạng tình hình phong trào công nhân, viên chức, lao động, hoạt động cơng đồn những năm đổi mới; làm rõ vị trí, vai trị của giai cấp cơng nhân; khẳng định những việc đã làm được, nêu rõ những việc chưa làm được, rút ra nguyên nhân và những bài học kinh nghiệm, nhất là đề ra được những chủ trương, biện pháp cụ thể, thiết thực, sát với nhiệm vụ chính trị ở mỗi cấp, nhằm nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động cơng tác cơng đồn, đóng góp tích cực vào việc hồn thành những mục tiêu, nhiệm vụ kinh tế - xã hội của địa phương và thành phố, chăm lo đời sống vật chất, tinh thần cơng nhân, viên chức, lao động.
Cụ thể hóa Chỉ thị trên, ngày 25 - 12 - 2002, Ban Thường vụ Thành ủy Hà Nội đã làm việc với Đảng đoàn, Ban Thường vụ Liên đoàn Lao động thành phố và nhấn mạnh: “Tổ chức tốt Đại hội Cơng đồn các cấp, Đại hội đại biểu lần thứ XIII cơng đồn Thủ đơ, tạo khí thế thi đua sơi nổi trong cơng nhân viên chức lao động thiết thực chào mừng đại hội cơng đồn” [43, tr.2].
Để tạo cơ sở pháp lý cho sự lãnh đạo của Đảng đối với tổ chức Cơng đồn nói riêng và các tổ chức chính trị - xã hội Thủ đơ nói chung, ngày 21 - 12 - 2004, Thành ủy đã có Quy định số 3088-QĐ/TU về chế độ làm việc, mối quan hệ công tác của đảng ủy với hội đồng nhân dân, ủy ban nhân dân, Mặt trận Tổ quốc và các đồn thể chính trị - xã hội ở xã, phường, thị trấn. Trong đó, Điều 2 quy định chế độ làm việc:
Đảng ủy trực tiếp lãnh đạo, chỉ đạo hoạt động của Hội đồng nhân dân, ủy ban nhân dân, Mặt trận tổ quốc và các đồn thể chính trị - xã hội. Định kỳ hoặc đột xuất đảng ủy yêu cầu Thường thực Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân, Ủy ban Mặt trận tổ chức và
ban chấp hành các đồn thể chính trị - xã hội ở xã, phường, thị trấn báo cáo các mặt công tác theo quy định [45, tr.1]
Điều 3 quy định:
Đảng ủy xã, phường, thị trấn thường xuyên kiểm tra hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân, Mặt trận tổ quốc và các đoàn thể chính trị - xã hội trong việc thực hiện các chỉ thị, nghị quyết của cấp mình và cấp trên. Thường trực Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân, Ủy ban Mặt trận tổ quốc và Ban chấp hành các đồn thể chính trị - xã hội có trách nhiệm báo cáo bằng văn bản những nội quy theo yêu cầu của đảng ủy [45, tr.2].
Về mối quan hệ công tác giữa Đảng ủy với các đoàn thế xã hội, Điều 6 quy định:
Đảng ủy lãnh đạo Mặt trận tổ quốc và các đồn thể chính trị - xã hội bằng nghị quyết, chương trình, kế hoạch, đề án cơng tác; bằng cơng tác cán bộ, cơng tác kiểm tra và bằng sự gương mẫu, tích cực của cán bộ, đảng viên trong các tổ chức đó. Ủy ban Mặt trận tổ quốc, Ban chấp hành các đồn thể chính trị - xã hội có trách nhiệm cụ thể hóa các chủ trương, nghị quyết của cấp ủy các cấp thành các chương trình cơng tác; vận động đồn viên, hội viên và các tầng lớp nhân dân thực hiện thắng lợi nhiệm vụ chính trị của địa phương, đề xuất, kiến nghị về sự lãnh đạo và chỉ đạo của đảng ủy đối với các tổ chức thành viên trong hệ thống chính trị ở cơ sở [45, tr.3].
Định kỳ (3 tháng, 6 tháng, 1 năm) hoặc đột xuất khi có yêu cầu, Ban Thường vụ đảng ủy xã, phường, thị trấn làm việc với Thường trực Mặt trận Tổ quốc, Ban chấp hành các đồn thể chính trị - xã hội để nắm tình hình, kết quả hoạt động và kịp thời cho ý kiến chỉ đạo, giải quyết những khó khăn, vướng mắc theo đề xuất, kiến nghị của từng đoàn thể…[45, tr.4]
Tại buổi làm việc với tập thể Ban Thường vụ Liên đoàn Lao động Thành phố về tình hình cơng tác cơng đồn Thủ đơ, ngày 15 - 8 - 2005, Thành ủy đã chỉ đạo Liên đồn Lao động thành phố, tổ chức cơng đoàn các cấp chủ động phát huy cao hơn nữa vai trị của tổ chức Cơng đồn. Trong đó nhấn mạnh: “Tiếp tục đẩy mạnh phát triển tổ chức cơng đồn trong các thành phần kinh tế, nhất là trong các doanh nghiệp ngoài nhà nước” [46, tr.2].