Hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp trong KCN, KCX thường thải ra một lượng lớn chất thải công nghiệp, chất thải rắn, lỏng kể cả các hóa chất độc hại... Chính vì vậy, vấn đề môi trường luôn là vấn đề được quan tâm hàng đầu khi triển khai xây dựng các KCN, KCX. Nếu KCN, KCX không đáp ứng được các tiêu chuẩn chung về hệ thống xử lý chất thải sẽ dẫn đến tình trạng ơ nhiễm mơi trường nghiêm trọng, đặc biệt là ảnh hưởng đến chất lượng sinh hoạt của khu dân cư gần đó về nguồn nước, khơng khí, tiếng ồn, khói, bụi. Hiện nay, Nhà nước ta rất khuyến khích phát triển các
KCN có chung hệ thống kết cấu bảo vệ môi trường. Doanh nghiệp kinh doanh cơ sở hạ tầng cũng như các doanh nghiệp sản xuất trong KCN, KCX có trách nhiệm xây dựng mạng lưới thu gom, thốt nước, trạm xử lý nước thải đồng bộ trước khi đi vào hoạt động. Hiện nay chúng ta đã thành lập cơ quan cảnh sát môi trường thuộc Bộ Tài Nguyên và Môi Trường và qua thực tiễn hoạt động có chứng minh được hiệu quả của mình, cơ quan này đã phanh phui nhiều các sai phạm về môi trường của các doanh nghiệp như trường hợp: Công ty Vedan xả thải ra sông Thụy Vải, vừa qua là một loạt Công ty ở Phú Thọ, Lào Cai cũng bị xử phạt về vi phạm môi trường.
Tại Việt Nam, theo quy định tại điểm d Khoản 1 Điều 18 Luật Bảo vệ môi trường và Phụ lục 1 Nghị định số 21/2008/NĐ-CP ngày 28/02/2008, dự án xây dựng kết cấu hạ tầng KCN, KCX phải lập báo cáo đánh giá tác động môi trường. Báo cáo này phải được lập đồng thời với báo cáo nghiên cứu khả thi của dự án. Doanh nghiệp có thể tự mình hoặc thuê tổ chức dịch vụ tư vấn lập báo cáo đánh và chịu trách nhiệm về các số liệu, kết quả nêu trong báo cáo. Không những vậy, trách nhiệm bảo vệ môi trường của doanh nghiệp đầu tư cơ sở hạ tầng còn được ghi nhận cụ thể trong mỗi giai đoạn chuẩn bị đầu tư, thi công và hoạt động và đối với từng yếu tố ảnh hưởng môi trường như chất thải rắn, nước thải, khí thải, tiếng ồn… quy định cụ thể tại Thông tư số 08/2009/TT- BTNMT.
Theo Điều 13 Thông tư số 08/2009/TT-BTNMT, điều kiện để các dự án sản xuất, kinh doanh, dịch vụ đầu tư vào KCN được đưa vào hoạt động bao gồm:
- Đã hoàn thành việc bố trí địa điểm tạm lưu giữ và trung chuyển chất thải rắn và xác định rõ cơ sở tiếp nhận, xử lý chất thải rắn thông thường và chất thải nguy hại.
- Đầu ra nước thải của dự án sản xuất, kinh doanh, dịch vụ đã đấu nối trực tiếp vào nhà máy xử lý nước thải tập trung.
- Dự án sản xuất đã lắp đặt đầy đủ và đã kiểm tra chạy thử các thiết bị xử lý nước thải, xử lý khí thải, xử lý tiếng ồn và áp dụng biện pháp bảo vệ môi trường khác như đã cam kết trong báo cáo đánh giá tác động môi trường hoặc cam kết bảo vệ môi trường.
Ngồi ra, trong q trình hoạt động, doanh nghiệp phải đáp ứng các yêu cầu về cảnh quan môi trường, bảo vệ sức khỏe cộng đồng và người lao động; có hệ thống quan trắc mơi trường; có bộ phận chuyên môn đủ năng lực để thực hiện nhiệm vụ bảo vệ mơi trường; có biện pháp giảm thiểu và xử lý bụi, khí thải đạt tiêu chuẩn trước khi thải ra môi trường; bảo đảm khơng để rị rỉ, phát tán khí thải, hơi, khí độc hại ra mơi trường; hạn chế tiếng ồn, phát sáng, phát nhiệt gây ảnh hưởng xấu đối với môi trường xung quanh và người lao động; bảo đảm nguồn lực, trang thiết bị đáp ứng khả năng phịng ngừa và ứng phó sự cố môi trường, đặc biệt là đối với cơ sở sản xuất có sử dụng hóa chất, chất phóng xạ, chất dễ gây cháy, nổ, người lao động làm việc phải được trang bị đầy đủ bảo hộ lao động theo quy định đối với từng ngành nghề, lĩnh vực.
Thực tế hiện nay, cả nước có 257 KCN, KCX với khoảng 167 KCN đã đi vào hoạt động, trong đó có 102 KCN, KCX đã xây dựng nhà máy xử lý nước thải tập trung. Tuy nhiên, số lượng các KCN, KCX đảm bảo yêu cầu về xử lý chất thải rắn, tiếng ồn, hóa chất, xây dựng nhà máy xử lý nước thải tập trung nhằm bảo vệ môi trường đạt tỷ lệ rất thấp. Việc thu gom và vận chuyển rác thải chỉ thực hiện trong phạm vi nhà máy và việc xử lý chủ yếu bằng các lò đốt đơn giản nên rác thải khi ra khỏi nhà máy chưa đạt yêu cầu, trong đó có cả rác thải nguy hại. Nhiều doanh nghiệp như doanh nghiệp cơ khí, luyện kim, cơng nghiệp hóa chất, cơng nghiệp vật liệu xây dựng, cơng nghiệp chế biến khống sản trong KCN, KCX nồng độ bụi và khí độc hại trong khơng khí xung quanh vượt q tiêu chuẩn cho phép từ 2 - 5 lần [11]. Điều này cho thấy lượng nước thải và khí thải từ các KCN, KCX thải ra môi trường chưa qua xử lý với một khối lượng rất lớn, không chỉ làm ô nhiễm mạch nước ngầm, nước sinh hoạt mà cịn gây ơ nhiễm đến mơi trường sống xung quanh.
Trong khi đó, trong một thời gian dài, mức xử phạt hành chính trong lĩnh vực này cịn quá nhẹ, khơng mang tính răn đe đáng kể đối với doanh nghiệp. Chình vì vậy, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 117/2009/NĐ-CP ngày 31/12/2009 tăng mức phạt tối đa sẽ lên đến 500.000.000 triệu đồng gấp hơn 7 lần so với quy định cũ. Thực tiến đã chứng minh, vấn đề phát triển cơng nghiệp nóng đồng nghĩa với vấn đề mơi trường bị hủy hoại. Do đó thời gian qua, đồng thời với việc xây dựng cơ chế chính sách, Nhà nước cũng củng cố bộ máy cơ quan có thẩm quyền xử phạt vi phạm về môi trường nhằm tăng cường công tác quản lý nhà nước về môi trường đối với hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp đây có thể coi là hướng đi đúng đắn.