Trong bối cảnh hoạt động xâm phạm quyền SHTT tại cửa khẩu ngày càng phức tạp, đa dạng và tinh vi cả về phương thức vào thủ đoạn, công tác đấu tranh bảo vệ quyền SHTT, chống hàng giả còn tương đối mới mẻ với Hải quan Việt nam, hoạt động thực thi quyền SHTT của Hải quan trong thời gian qua đã xuất hiện nhiều khó khăn, những khó khăn này tập trung ở hai nội dung:
Thứ nhất: Cơ sở pháp lý của việc thực thi, hệ thống Pháp luật về SHTT
Việt nam quy định về công tác thực thi, bảo hộ quyền SHTT đã phù hợp với quy định của TRIPS, tuy nhiên trong thực tiễn cần phải có những hướng dẫn cụ thể về các nội dung, để việc áp dụng pháp luật được thống nhất và hiệu quả
Thứ hai: Về công tác thực thi, Cơ quan Hải quan chưa có nhiều kinh
nghiệm trong công tác khai thác, thu thập, phân tích thông tin và áp dụng quản lý rủi ro vào đấu tranh chống hàng giả, hàng nhái có liên quan đến hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. Doanh nghiệp thì vẫn chưa “mặn mà” phối hợp với cơ quan Hải quan như: hoạt động trao đổi thông tin, sự phối hợp giữa Hải quan với các chủ sở hữu quyền SHTT trong việc cung cấp thông tin liên quan đến hàng hoá, người nhập khẩu, xuất khẩu vi phạm, hỗ trợ về mặt kinh phí,
thiết bị trong việc xử lý hàng hóa xâm phạm quyền SHTT, hàng giả, động viên kịp thời những cá nhân bắt giữ hàng hoá xâm phạm còn hạn chế. Một số một chủ sở hữu, đại diện pháp lý của chủ sở hữu quyền SHTT còn chưa hiểu rõ về hoạt động, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan Hải quan. Các doanh nghiệp, hiệp hội và các đại diện thương mại chưa chủ động liên hệ trực tiếp với Hải quan để đặt vấn đề yêu cầu cơ quan này nghiên cứu, hỗ trợ và phối hợp trong công tác đấu tranh phát hiện hàng xâm phạm quyền SHTT, hàng giả của chính mình. Kiến thức về lĩnh vực SHTT của doanh nghiệp còn hạn chế, dẫn đến việc yêu cầu cơ quan Hải quan bảo vệ quyền SHTT không chính xác, ảnh hưởng đến quyền và lợi ích của các doanh nghiệp khác và cũng làm thiệt hại đến chính những quyền và lợi ích của họ.