Toà án nhân dân với chức năng là cơ quan xét xử các hành vi xâm phạm quyền SHTT, trong những năm qua, ngành Toà án đã tiếp nhận và xử lý một số các vụ việc liên quan đến quyền SHTT. Theo số liệu thống kê của Tòa án nhân dân tối cao, việc giải quyết các vụ án tranh chấp về quyền sở hữu trí tuệ từ năm 2000 đến năm 2005 (giai đoạn trước khi có Luật Sở hữu trí tuệ) của toàn ngành Tòa án như sau: thụ lý 93 vụ án, đã giải quyết 61 vụ án, trong đó: đình chỉ, tạm đình chỉ là 16 vụ án; hòa giải thành 12 vụ án; đưa ra xét xử 33 vụ án (bao gồm 11 vụ án tranh chấp quyền tác giả và quyền liên quan, 22 vụ án tranh chấp về quyền sở hữu công nghiệp) [35].
Từ những số liệu trên cho ta thấy, mặc dù hoạt động xâm phạm quyền SHTT diễn ra khá phổ biến trên thị trường, nhưng Toà án vẫn chưa là cơ quan mà các chủ thể quyền của những các vụ việc này lựa chọn để giải quyết các tranh chấp đó, lý do thì có rất nhiều, tuy nhiên lý do phổ biến nhất đó là thời gian để giải quyết một vụ án về SHTT thường kéo dài, gây tốn kém thời gian và chi phí cho các chủ thể, bên cạnh đó, năng lực giải quyết của các cán bộ Toà án về SHTT cũng còn nhiều hạn chế, chưa đáp ứng được yêu cầu của thực tiễn, hơn nữa sau khi có phán quyết của Toà án, thì việc thi hành các phán quyết đó cũng là một vấn đề làm đau đầu các chủ thể quyền bị xâm phạm.
Kể từ khi Luật Sở hữu trí tuệ có hiệu lực thi hành (từ ngày 01-7-2006) thì tình hình giải quyết các tranh chấp về quyền sở hữu trí tuệ tại Tòa án cũng không có sự chuyển biến đáng kể, theo số liệu thống kê của Tòa án nhân dân
tối cao từ 01-7-2006 cho đến ngày 22-6-2009 thì toàn ngành Tòa án chỉ thụ lý được 108 vụ án tranh chấp về quyền sở hữu trí tuệ (trong đó chiếm đa số là tranh chấp về quyền tác giả với 90 vụ; tranh chấp về quyền sở hữu công nghiệp chiếm 10 vụ; tranh chấp về hợp đồng sử dụng tác phẩm chiếm 5 vụ; tranh chấp về hợp đồng chuyển giao công nghệ chiếm 3 vụ). Nếu chỉ tính riêng đối với Tòa phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao tại Hà Nội thì từ ngày 01-7-2006 đến nay, Tòa phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao tại Hà Nội mới chỉ thụ lý giải quyết có 7 vụ án, nhưng thực chất chỉ là 5 vụ án, vì có 2 vụ án phải xét xử xử phúc thẩm lần 2 [35].
Từ những số liệu thống kê này cho ta thấy, mặc dù sau khi Luật SHTT được ban hành với những quy định cụ thể và những chế tài thực thi mạnh hơn, hiệu quả hơn, tuy nhiên số lượng các vụ án xâm phạm về SHTT được đưa ra giải quyết tại Toà án nhân dẫn cũng vẫn còn rất hạn chế về số lượng, so với số lượng vi phạm trên thực tế, hơn nữa, những vụ được đưa ra Toà án lại chủ yếu là các vụ khiếu kiện liên quan đến quyền tác giả, chiếm 90 trong tổng số 108 vụ mà Toà án đã thụ lý, chiếm gần 90%, trong khi đó số lượng các vụ án xâm phạm về quyền Sở hữu công nghiệp khác như Nhãn hiệu, KDCN, sáng chế… chỉ chiếm 10 trong tổng số 108 vụ, chiếm hơn 9%. Sự chênh lệch này cho thấy, năng lực giải quyết các tranh chấp về Sở hữu công nghiệp của Toà án còn rất hạn chế, các chủ thể quyền vẫn chưa tin tưởng lựa chọn cơ quan này để bảo vệ quyền và lợi ích của mình khi bị xâm phạm.
Điều này khác hẳn với xu thế phát triển, cũng như thực tiễn pháp lý tại các nước phát triển trên thế giới, nơi mà Toà án là cơ quan chính để giải quyết các vụ việc xâm phạm về SHTT, thì ở Việt Nam người dân lại có thói quen lựa chọn các biện pháp hành chính để giải quyết những hành vi xâm phạm này, cũng như các cơ quan Nhà nước có thẩm quyền giải quyết những loại tranh chấp này, đang hành chính hoá các quan hệ dân sự, các tranh chấp dân sự trong lĩnh vực SHTT ở Việt Nam.