Sau khi thống nhất đất nước, Quốc hội đã thông qua Hiến pháp năm 1980, Luật Tổ chức Toà án nhân dân năm 1981. Tiếp đó, BLTTHS năm 1988 đã cụ thể hoá các quy định về tổ chức và hoạt động của Toà án bằng cách quy định một cách hệ thống các vấn đề cơ bản của tố tụng hình sự, trong đó có hoạt động của Thẩm phán. Một số nguyên tắc của tố tụng hình sự được quy định trong Bộ luật liên quan trực tiếp tới hoạt động của Thẩm phán, đó là nguyên tắc Toà án xét xử công khai, xét xử tập thể và quyết định theo đa số, chế độ xét xử có Hội thẩm tham gia, khi xét xử Thẩm phán và Hội thẩm độc lập và chỉ tuân theo pháp luật. Điều 1 Luật tổ chức Toà án nhân dân năm 1981 quy định "Trong phạm vi chức năng của mình, Toà án nhân dân có nhiệm vụ bảo vệ pháp chế XHCN và quyền làm chủ tập thể của nhân dân lao động,..".
Như vậy quyền và nghĩa vụ của Thẩm phán trong giai đoạn này đã được mở
rộng, cụ thể hơn, cao cả và nặng nề hơn.[15, tr84].
BLTTHS năm 1988 quy định cụ thể các quyền và nhiệm vụ của Thẩm phán khi giải quyết một vụ án hình sự trong giai đoạn chuẩn bị xét xử, tại phiên toà và sau khi xét xử.
Trong giai đoạn chuẩn bị xét xử, Thẩm phán có nhiệm vụ:
- Nghiên cứu hồ sơ để xem xét những vấn đề cần chứng minh trong vụ án, việc định tội danh có đúng hay không.
- Giải quyết khiếu nại và yêu cầu của người tham gia tố tụng
- Tiến hành những việc khác để mở phiên toà như triệu tập người tham gia phiên toà, trích xuất bị cáo đang bị tạm giam,..
Trong thời hạn chuẩn bị xét xử, Thẩm phán phải ra một trong số các quyết định sau: quyết định đưa vụ án ra xét xử, quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung, tạm đình chỉ vụ án, đình chỉ vụ án. Trước đây theo Bản hướng
dẫn của TANDTC về trình tự sơ thẩm hình sự (kèm theo Thông tư số 16 - TATC ngày 27/9/1974) thì trong những trường hợp cần yêu cầu điều tra bổ sung hoặc cần thay đổi biện pháp ngăn chặn, tạm đình chỉ hoặc đình chỉ tố tụng thì Toà án phải họp trù bị với Viện kiểm sát rồi mới ra quyết định. Nay BLTTHS năm 1988 không quy định họp trù bị là một thủ tục bắt buộc cho nên đây chỉ là việc phối kết hợp giữa các cơ quan tố tụng. Theo Thông tư liên ngành số 01- TT/LN ngày 08 -12- 1988 của TANDTC và Viện kiểm sát nhân dân tối cao hướng dẫn thi hành một số quy định trong Bộ luật tố tụng hình sự thì những trường hợp cần trao đổi là:
- Khi Toà án thấy cần trả hồ sơ để Viện kiểm sát điều tra bổ sung, đổi tội danh nặng hơn hoặc áp dụng khung hình phạt nặng hơn.
- Khi Toà án thấy cần đình chỉ hoặc tạm đình chỉ vụ án. - Khi cần nhập hoặc tách vụ án.
- Khi cần chuyển vụ án cho Toà án khác giải quyết. - Khi chuẩn bị xét xử vụ án điểm hoặc vụ án phức tạp. - Các trường hợp cần thiết khác.
Như vậy so với quy định trước đây, sự độc lập trong việc giải quyết vụ án hình sự đã rõ và cụ thể hơn, chặt chẽ hơn.
Về trình tự tố tụng xét xử tại phiên toà không có nhiều thay đổi so với Bản hướng dẫn năm 1974. Đây là giai đoạn quan trọng nhất của trình tự tố tụng. Việc xét xử phải đảm bảo nguyên tắc công khai, liên tục, trực tiếp và bằng lời nói, có Hội thẩm tham gia, xét xử tập thể và quyết định theo đa số. Theo khoản 2 điều 181 BLTTHS năm 1988thì: Chủ toạ hỏi trước rồi đến các
Hội thẩm,, sau đó đến Kiểm sát viên, người bào chữa. Thực tế cho thấy, thời
kỳ này, vai trò của Thẩm phán và HĐXX rất quan trọng. Tại phiên toà, Thẩm phán vừa là người làm sáng tỏ nội dung vụ án, vừa là người buộc tội vừa là
người gỡ tội. Vai trò của Kiểm sát viên tại phiên toà mờ nhạt. Phần tranh luận được quy định riêng tại chương XX, song việc tranh luận còn nặng về hình thức. Mục đích của việc tranh luận là để cho những người tham gia tranh luận phân tích, đánh giá việc phạm tội một cách toàn diện. Nhưng hiệu quả thực tế của việc tranh luận tại các phiên toà là không cao, chỉ mang tính hình thức. Kết thúc phần tranh luận, HĐXX vào phòng nghị án và ra tuyên án. Tất cá các giai đoạn này điều được quy định cụ thể tại các điều 196, điều 197, điều 198, điều 199 và điều 200 BLTTHS 1988.
Với vị trí và vai trò của Toà án trong tố tụng hình sự như đã nêu trên, pháp luật đã giành cho Thẩm phán những quyền năng pháp lý đặc biệt đồng thời cũng là những trách nhiệm nặng nề trước pháp luật. Ngoài ra, pháp luật tố tụng hình sự còn quy định các điều kiện bảo đảm cho Thẩm phán có thể hoàn thành được vai trò và chức năng của mình trong tố tụng hình sự. Đó là các quy định cụ thể trong BLTTHS năm 1988 như: Khi xét xử Thẩm phán và Hội thẩm độc lập và chỉ tuân theo pháp luật (Điều 17); Toà án xét xử tập thể và quyết định theo đa số (Điều 18); Việc xét xử của Toà án được tiến hành công khai, mọi người đều có quyền tham dự (Điều 19); Xét xử trực tiếp, bằng lời nói và liên tục (Điều 159); Trong trường hợp vụ án có tính chất nghiêm trọng, phức tạp thì HĐXX có thể gồm hai Thẩm phán và ba Hội thẩm (Điều 160);...
Các nhiệm vụ, quyền hạn và nghĩa vụ của Thẩm phán trong tố tụng hình sự được xác định trên cơ sở chức năng của nó. Chúng phải phù hợp với nhau thì Thẩm phán mới thực hiện tốt chức năng xét xử trong tố tụng hình sự.
Phân tích các quy định của BLTTHS năm 1988 về nhiệm vụ, quyền hạn và nghĩa vụ của Toà án trong tố tụng hình sự, có thể thấy rằng ngoài nhiệm vụ xét xử Thẩm phán còn có nhiệm vụ buộc tội. Cho nên giai đoạn này vai trò của Thẩm phán rất lớn. Tuy nhiên, cũng có hạn chế đôi khi Thẩm phán
lại làm thay công việc của Kiểm sát viên. Do vậy, mục tiêu vô tư khách quan của Thẩm phán tại phiên toà bị ảnh hưởng vì mất sự cân bằng giữa bên buộc tội và bên bào chữa.