Việc xác lập đ-ợc hệ thống mục tiêu đúng dăn có ý nghĩa vô cùng quan trọng đối với sự thành công của tổ chức. Hệ thống mục tiêu không phải đ-ợc xây dựng chỉ để sau khi kết thúc hoàn toàn khâu phân tích môi tr-ờng kinh doanh. Cũng nh- các b-ớc công việc khac trong quá trình hoạch định chiến l-ợc kinh doanh hay trong hệ thống quản lí chiến l-ợc đồng thời, việc thiết lập các mục tiêu dài hạn không phải là 1 "mắt xích" trong một chuỗi các công việc tuần tự mà nó có thể đ-ợc tiến hành đồng thời với các khâu công việc khác. Chẳng hạn ngay khi chiến l-ợc đang thực hiện thì có thể có những thay đổi trong môi tr-ờng kinh doanh đòi hỏi ban lãnh đạo của tổ chức phải có những điều chỉnh phù hợp và ban lãnh đạo có thể nghĩ tới một khả năng là điều chỉnh các mục tiêu của mình. Tất nhiên việc xây dựng các mục tiêu cần đ-ợc dựa trên cơ sở có nhiều những nguồn thông tin phân tích môi tr-ờng kinh doanh đáng tin cậy cho nên chất l-ợng công tác nghiên cứu môi tr-ờng kinh doanh ảnh h-ởng quyết định đến chất l-ợng của các mục tiêu đ-ợc đề xuất. Các mục tiêu dài hạn th-ờng đ-ợc cụ thể hoá chức năng nhiệm vụ của tổ chức nh-ng rất nhiều khi nó còn làm đ-ợc nhiều hơn thế khi mà nó buộc ban lãnh đạo cấp cao phải xem xét lại bản báo cáo nhiệm vụ hay
sứ mệnh của tổ chức mình để thích ứng với những thay đổi trong môi tr-ờng kinh doanh. Các mục tiêu ngắn hạn là th-ờng cụ thể và mang tính định l-ợng nhiều hơn các mục tiêu dài hạn.
Để xây dựng các mục tiêu chung cho toàn công ty, ban giám độc các phòng ban chức năng cần thảo ra các mục tiêu dự kiến trong phạm vi quyền hạn của mình rồi sau đó tiến hành thảo luận thống nhất quyết định. Trong khi xây dựng các mục tiêu cho chiến l-ợc kinh doanh thì các phòng liên quan trực tiếp nh- phòng kinh doanh, pháp chế Hàng hải, vật t- có vai trò quan trọng. Sau khi thống
nhất các mục tiêu của chiến l-ợc kinh doanh thì các phòng chức năng các tổng hợp thành các mục tiêu ngắn hạn hàng năm và triển khai các kế hoạch tác
nghiệp để thực hiện. Các mục tiêu cần đảm bảo ở 1 mức độ nhất định nào đó. Các mục tiêu lập ra dứt khoát không phải là để tống vào những ngăn tủ tài liệu l-u trữ để định kì lấy ra so sánh nó với kết quả thực hiện đ-ợc. Phải hết sức linh hoạt mềm dẻo trong việc nắm bắt các thông tin phản hồi và đặt câu hỏi: Liệu có phải sửa đổi gì trong hệ thống mục tiêu đã dặt ra không? Mặc dù đã thiết lập các mục tiêu chiến l-ợc dài hạn cho 2-3 năm tới hoặc lâu hơn nữa nh-ng hàng năm công ty vẫn cần xem xét lại các mục tiêu này để tiến hành điều chỉnh cần thiết.