5. Những đóng góp mới của luận ân
2.4. Phương phâp nghiín cứu
2.4.5. Phương phâp xâc định chỉ thị liín kết với tính trạng hăm lượng
lượng chất khô
Chỉ thi ̣ phđn tử ADN liín kết với tính trạng hàm lượng: chđ́t khô, được xác đi ̣nh sử dụng phđ̀n mí̀m MAPMAKER/EXP3.0b và MAPMAKER/QTL 1.1. do Lincoln et al., (1993) [68] xđy dựng và thường xuyín được cđ ̣p nhđ ̣t, sử dụng đí̉ phđn tích, xác đi ̣nh QTL và chỉ thi ̣ liín kí́t trong lđ ̣p bản đồ phđn tử.
Phđ̀ n mí̀ m MAPMAKER/EXP3.0b chuyín sử du ̣ng đí̉ xđy dựng bản đồ liín kí́t của các chỉ thi ̣ phđn tử ADN dựa trín phđn tích/nhđ ̣n da ̣ng kiểu gen của quđ̀n thí̉ phđn ly (F2, F3, Fn. v.v.).
Ghi nhận dữ liệu nhận dạng ADN ở câc cđy F2, ghi nhận kiểu gen lă: nếu kiểu nhận dạng giống kiểu gen của giống bí đỏ SĐK3630 ghi nhận lă A, giống kiểu gen của giống bí đỏ SĐK8571 ghi nhận lă B, dị hợp tử (trung gian giữa SĐK8571 vă SĐK3630 ghi nhận lă H, không có dữ liệu ký hiệu lă “-”.
tính trạng hăm lượng chất khô thông qua kiểu hình được nhập vă xử lý bằng phần mềm Windows QTL Cartographer Version 2.5_011 (WinQTLCart 2.5_011). Viị́c xác đi ̣nh các QTL được dựa trín chỉ số LOD (Logarithm of the odds ratio) là chỉ số cho biết khả năng QTL có mặt tại một vị trí trín bản đồ liín kí́t.
Giâ trị LOD được tính theo công thức:
LOD= 2: khả năng có QTL gấp 100 lần so với không có QTL; LOD= 3: khả năng có QTL gấp 1000 lần so với không có QTL
Trong nghiín cứu năy, mỗi vị trí được xâc định có mặt QTL hăm lượng chất khô khi giâ trị LOD ở vi ̣ trí đó ≥ 2,0. Giâ trị LOD căng lớn thì càng khẳng định chắc chắ n sự có mặt của QTL tại vùng NST tương ứng.
Giá tri ̣ R2 % cũng rđ́t quan tro ̣ng trong nghiín cứu QTL. Giâ trị này cho bií́t sự ảnh hưởng của QTL đến tính trạng tương ứng. R2 % chính lă phần trăm tâc động lín kiểu hình của mỗi tính trạng do QTL kií̉m soát.
Giâ trị “Hiệu ứng cộng thím” (Additive effective) trong nghiín cứu QTL được hiểu lă hiệu quả cộng thím văo biểu hiện tính trạng khi có mặt QTL tại vị trí nghiín cứu.