Trong đó M: thang DNA 1kb; giếng 1: ĐT84; giếng 2: ĐT 22
Kết quả hình 3.1 cho thấy mẫu DNA thu được có băng sáng rõ, gọn và ít bị đứt gãy. Độ tinh sạch và hàm lượng của DNA tổng số tách chiết từ 2 giống đậu tương được xác định bằng phương pháp đo trên máy quang phổ. Kết quả thu được thể hiện ở bảng 3.2.
Bảng 3.2. Giá trị mật độ quang phổ hấp thụ ở bước sóng 260nm và 280nm của hai giống đậu tương DT84 và DT22
Tên giống A260 (nm) A280 (nm) Tỷ số A260/A280
Hàm lượng DNA (ng/µl) DT84 0,225 0,121 1,86 2250 DT22 0,282 0,148 1,90 2820
Qua bảng 3.2 cho thấy tỷ số A260/A280 dao động trong khoảng 1,8 - 2,0 chứng tỏ rằng các mẫu DNA tách chiết có độ tinh sạch cao, ít bị lẫn protein có thể sử dụng để tiến hành các thí nghiệm tiếp theo. Hàm lượng DNA từ 2250 đến 2820 ng/l. Như vậy, sản phẩm tách chiết DNA tổng số đảm bảo độ sạch, chất lượng và hàm lượng cho các thí nghiệm về nhân dòng gen xác định trình tự.
3.2.2. Kết quả nhân gen IFS2 ở cây đậu tương
Sử dụng DNA tổng số làm khuôn để khuếch đại trình tự gen IFS2 bằng phản ứng PCR với cặp mồi IFS2-F và IFS2-R được thiết kế dựa trên trình tự gen IFS2 đã được công bố trên ngân hàng gen quốc tế với mã số JQ934960. Chúng tôi tiến hành phản ứng PCR với các điều kiện khác nhau và nhận thấy rằng phản ứng PCR nhân gen xảy ra tối ưu trong điều kiện nhiệt độ gắn mồi là 58oC. Sau 30 chu kỳ phản ứng, kết quả nhân gen được điện di kiểm tra trên gel agarose 0,8% cùng với DNA Marker 1kb( Hình 3.2).
Hình 3.2. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR nhân gen IFS2
của 2 mẫu đậu tương DT84 và DT22
Trong đó M: thang DNA 1kb; giếng 1: ĐT84; giếng 2: ĐT 22
Hình 3.2 cho thấy băng DNA khuếch đại sáng rõ, gọn, không bị đứt gãy, có kích thước khoảng 1600 bp phù hợp với tính toán lý thuyết khi thiết kế mồi. Kết quả này chứng tỏ phản ứng PCR thành công, có thể đã nhân được gen IFS2. Ðể có thể khẳng định đoạn DNA nhân bản được chính là gen IFS2
đậu tương, sản phẩm PCR tiếp tục tiến hành tinh sạch, tách dòng và xác định trình tự gen.
1500bp ~1600bp
3.2.3. Kết quả tinh sạch sản phẩm PCR
Thông thường sau khi chạy PCR, ngoài đoạn gen quan tâm còn có các sản phẩm phụ không mong muốn, các nucleotide dư thừa sau phản ứng, mồi, enzyme... Những chất lẫn tạp này có thể ảnh hưởng đến các kết quả của quá trình tách dòng. Vì vậy, để quá trình biến nạp đạt hiệu quả cao nhất, chúng tôi tiến hành tinh sạch sản phẩm theo quy trình và hóa chất bằng bộ kít PCR AccuPrep PCR Purification Kit (Bioneer).
Các đoạn gen sau khi tinh sạch xong sẽ được kiểm tra bằng điện di trên gel agarose 0,8% để kiểm tra chất lượng. Kết quả tinh sạch sản phẩm PCR được thể hiện ở hình 3.3.