Chương 2 : NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.3. Vật liệu nghiên cứu
2.3.1. Mồi phản ứng PCR
Mồi thực hiện phản ứng khuếch đại đoạn gen rbcL và ITS2 được thiết kế dựa trên nghiên cứu của tác giả Shilin Chen, Levin Kress & Erickson [18]. Thông tin của các cặp mồi được liệt kê trong bảng sau:
Bảng 2.2. Trình tự mồi phản ứng PCR
Tên mồi Trình tự (5’ – 3’) Kích thước dự kiến
ITS2-S2F ITS2-S3R
ATG CGA TAC TTG GTG TGA AT GAC GCT TCT CCA GAC TAC AAT
500 bp
rbcL-F rbcL-R
ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT AAA GC GTA AAA TCA AGT CCA CCR* CG
700 bp (R*: A hoặc G)
2.3.2. Thiết bị và hóa chất nghiên cứu
2.3.2. 1. Thiết bị
Bảng 2.3. Danh mục thiết bị được sử dụng STT Tên thiết bị Nguồn gốc xuất xứ STT Tên thiết bị Nguồn gốc xuất xứ
1 Bộ điện di Scie – plas Ltd – UK
2 Bể ổn nhiệt Techne – OSI
3 Cân điện tử TE 214S – Startorius Germany
4 Máy cất nước Canada Bio Water system –Pall Co.UK 5 Máy chụp gel Gel Logic 1500 – Kodak – USD
6 Máy đo pH F – 51 BW – Horiba – Japan
7 Máy lắc S3000 – Jeotech- Korea
8 Máy ly tâm Eppendorf – CHLB Đức
9 Máy PCR Amplied Biosystems USA/Singapore
10 Máy spindown E- centrifuge – Wealtex – Taiwan/USA 11 Máy Vortex Vortex Genius 3 – IKA Genmany/ China 12 Nồi hấp khử trùng HV – 110 – Hirayama – Japan
13 Tủ an toàn sinh học cấp 2 Nu – 425 – 400E – Nuaire – USA 14 Tủ lạnh -200C, -800C Super freezer Eco 130 – Ficchetti – Italy
2.3.2.2. Hóa chất sử dụng
Các hóa chất chuyên dụng sử dụng cho phân tích sinh học phân tử đều ở dạng tinh khiết, thành phần hóa chất được liệt kê trong bảng 2.4
Bảng 2.4. Danh mục hóa chất sử dụng STT Hóa chất Hãng STT Hóa chất Hãng
1 Proteinase K Thermo scientific
2 Rnase Thermo scientific
3 Ethanol Merck
4 Chloroform Merck
5 Isoamin alcohol Merck
6 Tris Base Merck
7 Acid Acetic Merck
8 EDTA Merck
9 Loading Dye Merck
10 Agarose Bio neer
11 Ethidium bromide Merck
12 Enzyme DdeI Thermo scientific
13 Cặp mồi nhân gen GH Thermo scientific
14 Taq polymerase 1U/µl Thermo scientific
15 Buffer Taq polymerase Thermo scientific
16 Buffer Tango Fermentas
17 dNTP: nucleotide tự do Thermo scientific