Hàng năm, căn cứ vào kết quả hoạt động tài chính, sau khi trang trải các khoản chi phí, thực hiện đầy đủ nghĩa vụ với NSNN theo quy định (thuế và các khoản phải nộp khác), số chênh lệch thu lớn hơn chi do Thủ trưởng đơn vị quyết định trích lập các quỹ, sau khi thống nhất với tổ chức Công đoàn, theo thứ tự sau:
- Quỹ dự phòng ổn định thu nhập, mức trích vào quỹ này là do Thủ trưởng đơn vị quyết định, nhằm mục đích đảm bảo thu nhập tương đối ổn định cho người lao động trong trường hợp nguồn thu bị giảm sút, không đảm bảo kế hoạch đề ra.
- Quỹ khen thưởng và Quỹ phúc lợi, không vượt quá 3 tháng lương thực tế bình quân trong năm của đơn vị. Quỹ này dùng để chi khen thưởng cho các tập thể và cá nhân người lao động, chi các hoạt động phúc lợi tập thể. Thủ trưởng quyết định việc sử dụng và mức chi Quỹ khen thưởng, Quỹ phúc lợi sau khi đã thống nhất với tổ chức Công đoàn.
- Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp. Sau khi đã trích lập 3 quỹ trên. Quỹ này được sử dụng nhằm tái đầu tư cơ sở vật chất, đổi mới trang thiết bị, hỗ trợ đào tạo, bồi dưỡng nâng cao trình độ chuyên môn. Trong phạm vi nguồn của quỹ, Thủ trưởng đơn vị quyết định việc sử dụng vào các mục đích trên theo quy định.
Trường đại học không được trích lập các quỹ trên, từ các nguồn kinh phí sau:
- Kinh phí nghiên cứu khoa học đề tài cấp Nhà nước, cấp bộ, ngành. - Chương trình mục tiêu quốc gia
- Tiền mua sắm, sửa chữa tài sản được xác định trong phần thu phí, lệ phí được để lại đơn vị theo quy định.
- Vốn đầu tư xây dựng cơ bản, mua sắm trang thiết bị, sửa chữa lớn tài sản.
- Vốn đối ứng các dự án, vốn viện trợ, vốn vay
- Kinh phí ngân sách Nhà nước cấp để thực hiện tinh giản biên chế - Kinh phí ngân sách Nhà nước cấp thực hiện các nhiệm vụ đột xuất - Kinh phí của các nhiệm vụ phải chuyển tiếp sang năm sau thực hiện.