Để kiểm tra khả năng đồng hóa các hợp chất hữu cơ điển hình của các chủng vi khuẩn, chúng tôi tiến hành thử với Kit thử API 20NE cho vi khuẩn Gram (-) và Kit thử API 50CHB cho vi khuẩn (+) của hãng BioMérieus. Hóa chất và thuốc thử được cung cấp cùng với bộ kit tương ứng.
Các bước tiến hành được tóm tắt như sau:
Tiến hành với Kit API 20NE
• Chuẩn bị mẫu vi khuẩn mới nuôi, không quá 24 giờ
• Sau khi nuôi cấy tiến hành bổ sung vi khuẩn vào nước cất khử trùng sao cho OD600nm đạt giá trị 0,132
• Bổ sung 0,2ml dịch vi khuẩn đã pha loãng vào các giếng từ NO3 đến PNPG, bổ sung thêm dầu khoáng vào các ống kí hiệu GLU, ADH, URE
• Thêm 0,2ml dịch vào các ống API AUX, trộn nhẹ cho đều, rồi bổ sung 0,2ml dịch này vào các ống còn lại từ GLU đến PAC.
• Đóng hộp, ủ trong 24 giờ.
• Sau 24h kiểm tra NO3- bằng thuốc thử NIT 1 và NIT 2, nếu phản ứng dương tính, sau 5 phút dịch trong ống sẽ chuyển thành màu hồng đỏ, nếu âm tính sẽ không có màu. Nếu phản ứng âm tính thì cần kiểm tra việc sản xuất nito bằng cách bổ sung thêm 2-3mg Zn2+. Sau 5 phút nếu dịch trong ống không màu thì là phản ứng dương tính, nếu chuyển sang màu hồng là âm tính.
• Kiểm tra TRP bằng cách thêm 1 giọt thuốc thử JAMES, phản ứng dương tính sẽ cho màu hồng ngay tức khắc.
• ESC kết quả dương tính cho màu đen, âm tính cho màu vàng. • GEL dương tính cho màu đen bị khuếch tán.
• Kiểm tra khả năng đồng hóa các hợp chất còn lại bằng cách dựa vào độ đục, phản ứng dương tính cho độ đục cao.
• Kết quả ghi lại và được phân tích với phần mềm của hãng BioMérieus. Tiến hành với Kit API 50CH.
• Lấy một vài khuẩn lạc nhất định cho vào ống API 50CHB/E sao cho OD600 của dung dịch trong ống đạt 0,451.
• Thêm 0,2ml dung dịch trên vào các giếng.
• Đóng hộp, ủ ở 290C ± 20C sau 24 giờ và 48 giờ đọc kết quả. Phản ứng dương tính làm chất chỉ thị màu đỏ trong giếng chuyển thành màu vàng. Riêng phản ứng Esculin cho kết quả dương tính nếu màu đỏ chuyển thành màu đen. Nguyên tắc của sự đổi màu chất chỉ thị đó là trong suốt quá trình ủ, các cacbonhydrate được chuyển hóa thành acid dẫn đến làm giảm pH từ đó đổi màu chất chỉ thị.