• Phương pháp nhuộm Gram
Nguyên tắc:
Dựa vào sự khác biệt giữa thành tế bào vi khuẩn Gram (+) và Gram (-). Vi khuẩn Gram (+) có peptidoglican hoạt động như một hàng rào thẩm thấu ngăn cản sự thất thoát của tinh thể tím [Kiều Hữu Ảnh (2006), Giáo trình vi sinh vật học
phần 1, Nxb Đại học Quốc gia Hà Nội, tr 81-82.]. Phương pháp tiến hành:
- Làm vết bôi: Nhỏ 1 giọt nước cất lên lam kính. Dùng que cấy vô trùng lấy một ít sinh khối vi khuẩn (sau khi cấy 24h) hòa đều vào giọt nước và giàn thành lớp mỏng. Sau đó, cố định vết bôi bằng cách hơ nhẹ trên ngọn lửa đèn cồn
- Nhuộm tiêu bản bằng tím kết tinh trong vòng 1 phút. - Nhuộm bổ sung lugol trong 30 giây.
- Tẩy cồn.
- Rửa nước, hong khô.
- Nhuộn tiếp bằng Safranin trong 20s, rửa nước, làm khô. - Quan sát tiêu bản dưới kính hiển vi với vật kính dầu 100X.
Kết quả: Vi khuẩn Gram (+) bắt màu xanh tím, vi khuẩn Gram (-) bắt màu đỏ hồng.
• Chụp ảnh trên kính hiển vi điện tử quét
• Chuẩn bị mẫu vi khuẩn: Các mẫu vi khuẩn được nuôi cấy trên đĩa thạch LB không quá 24 giờ ở 37°C.
• Gắn mẫu vi khuẩn lên lamen, hơ nhẹ trên ngọn lửa đèn cồn để cố định mẫu. • Gắn mẫu lên đế mạ phủ mẫu vàng trên máy JFC-1200 trong 5 phút ở 30mA. • Soi và chụp ảnh trên kính hiển vi điện tử quét JSM-5421LV (Nhật Bản) tại
phòng Chụp hiển vi điện tử quét - Trung Tâm Khoa Học Vật Liệu - Khoa Vật lý - Trường Đại học Khoa học Tự nhiên.
• Giải trình tự gen 16S ARNr
• Mẫu vi sinh vật được gửi đến công ty Macrogen - Hàn Quốc để tiến hành giải trình tự gen 16S ARNr.
• Kết quả phân tích trình tự được so sánh với các loài trong ngân hàng gen quốc tế bằng phương pháp Clustal X.
• Sau đó xây dựng cây phát sinh chủng loại bằng phần mềm Tree phylogenetic.