Tính đến quý II/2010, hầu hết các KCN đều có hệ thống xử lý nƣớc thải, nhƣng mới chỉ có KCN Khai Quang là đƣa hệ thống giai đoạn I và sử dụng. Do hầu hết các KCN trong tỉnh đều chƣa có hệ thống thu gom chất và xử lý chất thải tập trung nên việc quản lý, quan trắc chất lƣợng nƣớc thải ở các khu vực này gặp rất nhiều khó khăn; đồng thời cũng cũng gây ra tình trạng ô nhiễm nguồn nƣớc ở một số nơi nhƣ: KCN Khai Quang, KCN Bình Xuyên. Phần lớn nƣớc thải từ các cơ sở sản xuất chỉ đƣợc xử lý sơ bộ hoặc không qua xử lý, đổ thải trực tiếp vào nguồn tiếp nhận.
Vấn đề xử lý nƣớc thải của các cơ sở sản xuất phụ thuộc vào năng lực tài chính của dự án và ý thức trách nhiệm của chủ đầu tƣ. Nhìn chung các dự án đầu tƣ đã quan tâm đến công tác bảo vệ môi trƣờng, đặc biệt là những tập đoàn kinh tế lớn đến từ Nhật nhƣ công ty Honda Việt Nam, công ty sản xuất phanh Nissin Việt Nam… Tuy nhiên, cũng có nhiều dự án chƣa quan tâm đến công tác bảo vệ môi trƣờng, đầu tƣ xử lý chất thải không đạt yêu cầu, thậm chí có những dự án không đầu tƣ hệ thống xử lý nƣớc thải, khí thải và chất thải rắn nhƣ: Công ty TNHH Bình Xuyên, Nhà máy ống thép Việt Đức, Công ty Pin – Cao su Xuân Hoà, Công ty TNHH Dệt len Latian Vĩnh Phúc, … gây ra ô nhiễm môi trƣờng và tình trạng đơn thƣ khiếu kiện ngày càng tăng và kéo dài.
Theo kết quả quan trắc của Trung tâm Tài nguyên và Bảo vệ môi trƣờng Vĩnh Phúc cho thấy: môi trƣờng nƣớc mặt ở các KCN ô nhiễm khá nghiêm trọng vƣợt quá tiêu chuẩn cho phép từ 1,15 đến 5,9 lần. Quan trắc hơn 10 nguồn nƣớc thải của các KCN nhƣ Bình Xuyên, Khai Quang… cho thấy hầu hết các chất độc hại trong nguồn nƣớc của các cơ sở sản xuất đều vƣợt quá tiêu chuẩn cho phép. Mẫu nƣớc thải tại cống chung cuối KCN Bình Xuyên trƣớc khi ra hồ điều hoà và ra sông Cà Lồ có 4/16 thống số vƣợt quá tiêu chuẩn cho phép từ 1,9 đến 5,77 lần, KCN Khai Quang các thông số nhƣ mùi hôi, chất rắng lơ lửng vƣợt 1,07 lần tiêu chuẩn cho phép. Mặt nƣớc chủ yếu bị ô nhiễm bởi các chất hữu cơ (COD và BOD5), NH3, Coliform và một số kim loại nặng… [49]