Khác với loại hình Kiểm toán độc lập hay Kiểm toán Nhà nước, chủ
yếu gồm 3 bước trên, Kiểm toán nội bộ NHTW các nước thực hiện thêm bước thứ 4 đó là theo dõi việc thực hiện kiến nghị sau kiểm toán. Bởi Kiểm toán nội bộ xác định rủi ro mà các tổ chức của Ngân hàng Trung ương đang gặp phải và đảm bảo rằng rủi ro này được kiểm soát đầy đủ. Kiểm toán nội bộ
không phải là yếu tố bổ sung, cũng không phải là yếu tố thay thế cho công tác kiểm soát của người quản lý các hoạt động của Ngân hàng Trung ương. Trách nhiệm đảm bảo cho các hoạt động của Ngân hàng Trung ương hoạt động an toàn, hiệu quả, tránh những rủi ro thất thoát là trách nhiệm của người quản lý các cấp, trách nhiệm của nhân viên liên quan đến các hoạt động nghiệp vụ. Kiểm toán nội bộ có tính tư vấn, trợ giúp cho các nhà quản lý nhằm đánh giá hệ thống kiểm soát, chỉ ra những điểm hạn chế trong hệ thống kiểm soát, chỉ
ra những rủi ro có thể xảy ra trong các hoạt động nghiệp vụ cho các nhà quản lý, các nhân viên nghiệp vụ để có những giải pháp tăng cường hệ thống kiểm soát nội bộđể hạn chế rủi ro thấp nhất. Kiểm toán nội bộ thông qua hoạt động của mình có những đề xuất, kiến nghị với các cấp quản lý, các nhân viên về
cải tiến bộ máy, cải tiến chính sách, các quy trình nghiệp vụ nhằm nâng cao tính hiệu quả, tính an toàn cho các hoạt động nghiệp vụ của Ngân hàng Trung
ương. Chính vì vậy theo dõi chỉnh sửa kiến nghị là một bước không thể thiếu của hoạt động kiểm toán nội bộ. Việc theo dõi thực hiện kiến nghị sau kiểm toán thường được thực hiện sát sao và đôn đốc thường xuyên. Ngay trong báo cáo kiểm toán đã yêu cầu các đơn vị phải nhanh chóng thực hiện chấn chỉnh, khắc phục tồn tại theo kiến nghị và có báo cáo gửi lại Ban lãnh đạo NHTW,
Thống đốc (qua Vụ Kiểm toán nội bộ). Trường hợp đơn vị chậm trễ thì Vụ
KTNB thường xuyên đôn đốc và theo dõi tình hình thực hiện. Không những thế, Đoàn kiểm toán lần sau hoặc có thể thành lập 01 Đoàn kiểm toán thực hiện phúc tra việc thực hiện kiến nghị sau kiểm toán của Đoàn kiểm toán trước.