Thực hiện nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/04/2006 và sau này là nghị định 16/2015 ngày 14/2/2015 của chính phủ; thông tư hướng dẫn số 71/2006/TTBTC ngày 09/08/2006 của Bộ Tài chính quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập, Bệnh viện Bãi Cháy đã thực hiện xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ, sắp xếp bộ máy, tuyển dụng cán bộ, chi trả thu nhập trong năm cho người lao động và trích lập sử dụng các quỹ (đặc biệt là quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp) để phát triển bệnh viện. Cụ thể
+ Về thực hiện nhiệm vụ bệnh viện đã thể chế hóa tất các các hoạt động dưới hình thức văn bản quy định về chức năng, nhiệm vụ, trách nhiệm, quyền hạn, quan hệ và lề lối làm việc trong các bệnh viện
+ Về tài chính: bệnh viện có thể góp vốn liên doanh, liên kết với các tổ chức cá nhân trong và ngoài nước để tổ chức hoạt động dịch vụ, được vay vốn của các tổ chức tín dụng cũng như được phép huy động vốn của cán bộ viên chức trong đơn vị để đầu tư mở rộng, nâng cao hoạt động sự nghiệp. Đặc biệt bệnh viện được toàn quyền quyết định mức thu nhập tăng thêm cho cán bộ viên chức trong năm sau khi thực hiện trích lập quỹ theo quy định.
Ngoài ra, hoạt động quản lý tài chính bệnh viện còn được điều chỉnh bởi các văn bản pháp lý sau:
Nghị định số 62/2009/NĐ-CP quy định về mức hưởng BHYT đối với người tham gia BHYT.
Thông tư liên tịch Số: 09/2009/TTLT-BYT-BTC hướng dẫn thực hiện bảo hiểm y tế.
Tiêu chuẩn, định mức sử dụng xe ô tô trong các cơ quan HCSN và DNNN thực hiện theo Quyết định số: 122/1999/QĐ-TTg, ngày 10/5/1999 của Thủ tướng Chính phủ và Quyết định số: 208/1999/QĐ-TTg, ngày 26/10/1999 của Thủ tướng Chính phủ “sửa đổi”.
Tiêu chuẩn, định mức về nhà làm việc; tại các cơ quan Nhà nước, đơn vị sự nghiệp thực hiện theo quy định tại Quyết định số: 147/1999/QĐ-TTg, ngày 05/7/1999 của Thủ tướng Chính phủ.
Chế độ chi tiêu tiếp khách nước ngoài vào làm việc tại Việt Nam và chi tiêu tổ chức các hội nghị, hội thảo quốc tế tại Việt Nam và chi tiêu tiếp khách trong nước thực hiện theo quy định tại Thông tư số: 97/2010/TT-BTC, ngày 06/7/2010 của Bộ Tài chính.
Thông tư số: 23/2005/TT-BYT ngày 25 tháng 8 năm 2005 hướng dẫn thực hiện việc chi trả trợ cấp chức vụ của Bộ Y tế ban hành.
Thông tư số: 05/2005/TT-BNV, ngày 05 tháng 01 năm 2005 hướng dẫn thực hiện việc chi trả phụ cấp trách nhiệm của Bộ Nội vụ ban hành.
Thông tư liên tịch số: 08/2005/TTLT-BNV-BTC, ngày 05/01/2005 hướng dẫn thực hiện việc chi trả phụ cấp làm thêm giờ của Bộ Nội vụ – Bộ Tài chính hướng dẫn.
Thông tư số: 07/2005/TT-BNV, ngày 05 tháng 01 năm 2005 hướng dẫn thực hiện việc chi trả phụ cấp độc hại, nguy hiểm của Bộ Nội vụ và Công văn số: 6608/BYT- TCCB, ngày 22 tháng 8 năm 2005 của Bộ Y tế ban hành.
Thông tư liên tịch số: 09/2003/TTLT-BYT-BTC-BNV, ngày 29/9/2003 hướng dẫn thực hiện việc chi trả phụ cấp phẫu thuật, thủ thuật của Bộ Y tế – Bộ Tài chính – Bộ Nội vụ.
Nghị định số 56/2011/NĐ-CP ngày 04 thng 7 năm 2011 của Thủ tướng Chính phủ Quy định chế độ ưu đi theo nghề đối với công chức, viên chức công chức tại các cơ sở y tế công lập.
2.3.2. Công tác kế hoạch
Bệnh viện Bãi Cháy thực hiện lập kế hoạch thu chi tài chính hàng năm nhằm bảo đảm cho các khoản thu chi tài chính được đảm bảo. Căn cứ vào quy mô hoạt động, số lượng cán bộ công nhân viên, số giường bệnh, cơ sở vật chất và các hoạt động dịch vụ năm báo cáo bệnh viện dự kiến nguồn thu năm kế hoạch. Hiện nay, bệnh viện cũng đã thực hiện xây dựng kế hoạch hàng năm sát với thực tế nhằm đảm bảo hoạt động thường xuyên và thực hiện tốt nhiệm vụ được giao.
2.3.3. Quy chế chi tiêu nội bộ
Hiện nay, bệnh viện đã thực hiện xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ để huy động nguồn thu và kiểm soát chi tiêu sao cho hiệu quả. Nội dung của quy chế quy định định mức, tiêu chuẩn các khoản chi về tiền lương, phụ cấp cho người lao động, định mức chi cho công tác quản lý, chi nghiệp vụ chuyên môn, chi mua sắm sửa chữa và trích lập các quỹ. Ngoài ra, bệnh viện cũng xây dựng rất nhiều nội dung chi tiêu cụ thể khác trong quy chế chi tiêu nội bộ theo quy định hiện hành của nhà nước.
2.3.4. Hạch toán, kế toán
Công tác hạch toán kế toán trong bệnh viện được thực hiện theo Thông tư 107/2017/TT-BTC ngày 10/10/2017 về hướng dẫn chế độ kế toán Hành chính sự nghiệp. Đồng thời bệnh viện cũng đã nghiêm túc thực hiện luật NSNN số 83/2015/QH13 ngày 26/6/2015 của Quốc hội.
2.3.5. Công tác thanh tra, kiểm tra
Hiện nay, công tác thanh tra, kiểm tra tại bệnh viện được thực hiện thường xuyên và đột xuất cụ thể như sau:
- Kiểm tra, thanh tra thường xuyên:
+ Bệnh viện đã thành lập ban thanh tra nhân dân có nhiệm vụ thanh tra kiểm tra tất cả các mảng hoạt động tại bệnh viện trong đó có thanh tra kiểm tra nội bộ định kỳ về tài chính.
+ Hàng ngày, kho bạc nhà nước là nơi kiểm soát tất cả các hoạt động thu chi tài chính có nguồn gốc NSNN của bệnh viện thông qua quy chế chi tiêu nội bộ của bệnh viện.
- Kiểm tra, thanh tra đột xuất: Ngoài các hoạt động kiểm tra, thanh tra thường xuyên được thực hiện như trên, công tác kiểm tra, thanh tra đối với quản lý tài chính các bệnh viện còn có các đoàn thanh tra đột xuất như: Kiểm toán Nhà nước, thanh tra Bộ Y tế. Nhìn chung công tác thanh tra, kiểm tra các hoạt động tài chính của bệnh viện được nhà nước quan tâm và thực hiện thường xuyên nhằm hướng các hoạt động tài chính của bệnh viện thực hiện theo quy định và làm lành mạnh hoá hoạt động tài chính của bệnh viện.