Quản lý rủi ro là công tác nghiệp vụ mới và khó, đòi hỏi cán bộ làm công tác quản lý rủi ro phải tinh thông nghiệp vụ và giàu kinh nghiệm thực tế để có thể nắm bắt kịp thời các chính sách; thu thập, phân tích thông tin về doanh nghiệp, hàng hóa XNK; bên cạnh sự nỗ lực triển khai và những kết quả đã đạt được trong thời gian qua, việc triển khai thực hiện công tác quản lý rủi ro tại Cục Hải quan TP. Hà Nội thời gian qua vẫn còn tồn tại một số hạn chế như:
Thứ nhất, công tác xác định rủi ro mặc dù đã được thực hiện tương đối tốt, nhưng bộ tiêu chí rủi ro chủ yếu chỉ tập trung vào rủi ro xuất phát từ phía doanh nghiệp, mà chưa chú trọng đến các loại rủi ro xuất phát từ: cơ chế chính sách, từ phần mềm, hay từ cán bộ Hải quan. Điều đó có thể dẫn tới bỏ sót những rủi ro có thể xảy ra trong quá trình thực hiện thủ tục Hải quan tại cơ quan Hải quan. Ví dụ:
+ Rủi ro thay đổi quy định của Nhà nước về Hải quan: Là việc Nhà nước ban hành mới hoặc thay đổi các chính sách, quy định pháp luật về Hải quan. Từ đó có thể làm gián đoạn công tác thông quan của cơ quan Hải quan, làm chậm kế hoạch XNK hàng hóa của doanh nghiệp. Thủ tục Hải quan chậm hoàn thành thì chi phí lưu
kho bãi tại cửa khẩu, tại kho của doanh nghiệp tăng cao. Nói chung là thiệt thòi về phía doanh nghiệp nhiều hơn vì các chi phí bị đội lên (thậm chí là do chậm trễ không kịp xuất hàng nên bị trễ tàu, đối tác trả lại hàng do vi phạm hợp đồng).
+ Rủi ro phần mềm lỗi: Đây là rủi ro về việc phần mềm có thể là từ phía Hải quan (cụ thể là cả hệ thống máy chủ), có thể là về phía doanh nghiệp bị lỗi hay gặp sự cố, dẫn đến làm gián đoạn công tác thông quan của cơ quan Hải quan, làm chậm kế hoạch XNK hàng hóa của doanh nghiệp. Hậu quả cũng là thiệt hại cho doanh nghiệp XNK hàng hóa.
+ Rủi ro liên quan đến lỗi từ phía cán bộ Hải quan: rủi ro từ việc cán bộ Hải quan không có năng lực đáp ứng yêu cầu. Trình độ của cán bộ, công chức Hải quan ở mức thấp, chưa được đào tạo cơ bản, đạo đức, kỷ luật hành nghề không cao sẽ dẫn đến thực hành các nghiệp vụ với chất lượng thấp, tạo nguy cơ xuất hiện rủi ro cao. Tổ chức quản lý kém của cơ quan Hải quan cũng có xu hướng làm tăng rủi ro.
Hoặc rủi ro liên quan đến mối quan hệ không minh bạch giữa cán bộ Hải quan và doanh nghiệp.
Thứ hai, công tác phân tích và đánh giá rủi ro tại Cục Hải quan hiện nay được thực hiện còn cứng nhắc, tính thủ tục cao, chất lượng không đồng nhất. Điều đó dẫn tới hiện tượng chuyển luồng tờ khai còn lớn, phần nào gây khó khăn cho công tác quản lý, phần nào cũng gây khó khăn cho hoạt động XNK của doanh nghiệp.
Thứ ba, công tác xử lý rủi ro còn chưa thật sự sát sao, khả năng phát hiện sai phạm trong thực tế còn hạn chế. Công tác kiểm tra sau thông quan là một khâu quan trọng, không thể thiếu của QTRR nhưng chưa đạt được hiệu quả phòng, chống vi phạm pháp luật Hải quan như mong muốn, dẫn đến vẫn phải kiểm tra nhiều tại cửa khẩu. Điều này không phù hợp với chuẩn mực quốc tế về QTRR. Theo quy định của Tổ chức Hải quan Thế giới, Công ước Kyoto, đặc biệt là theo quy trình kiểm tra sau thông quan của các nước ASEAN, kiểm tra sau thông quan phải trở thành hoạt động thông thường của cơ quan Hải quan nhằm đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp, đồng thời phát hiện những sai sót của cơ quan Hải quan trong quá trình làm thủ tục thông
được như thế.