Trong những năm tới, kinh tế Việt Nam vẫn có xu thế phục hồi tăng trưởng; cán cân thương mại, giao lưu quốc tế không ngừng gia tăng; đồng thời, tình trạng nhập siêu cũng tiếp tục gia tăng. Điều này đặt ra các yêu cầu cho cơ quan Hải quan phải đảm bảo việc tạo thuận lợi cho hoạt động XNK, xuất nhập cảnh, đồng thời phải tham gia phối hợp thực hiện các giải pháp kiểm soát nhập siêu, kiểm soát chặt chẽ hàng nhập khẩu trong đó tập trung kiểm soát, làm hạn chế đối với hàng hoá thuộc danh mục hàng tiêu dùng không thiết yếu.
Trong quá trình hội nhập kinh tế thế giới, Việt Nam dần trở thành mắt xích trong chuỗi cung ứng toàn cầu, giao lưu thương mại quốc tế; hình thành ngày càng nhiều các khu vực ưu đãi thuế quan, khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao. Bên cạnh đó, quá trình cũng đặt ra các yêu cầu mới cho công tác quản lý, từ
việc xây dựng thể chế tạo hành lang pháp lý, đến việc hình thành tổ chức, bộ máy, nguồn nhân lực triển khai, đổi mới cơ chế điều hành... thực hiện các cam kết, ràng buộc theo lộ trình đề ra. Bên cạnh đó, cơ sở hạ tầng đang trong quá trình quy hoạch, hoàn chỉnh với việc sắp xếp lại, nâng cấp., xây mới nhiều cảng hàng không, cảng biển, cửa khẩu, các khu công nghiệp, hệ thống giao thông đường bộ, đường biển và đường sắt,...
Việt Nam cũng đã trở thành là 1 trong số 12 thành viên của Hiệp định Đối tác kinh tế xuyên Thái Bình Dương (TPP) kể từ sau khi Hiệp định được ký kết. Điều này vừa là cơ hội nhưng đồng thời cũng là thách thức đối với cơ quan Hải quan và cộng đồng doanh nghiệp khi thực hiện theo cam kết TPP. Chúng ta tham gia vào TPP thì kim ngạch hàng hóa XNK sẽ tăng lên, thông qua cam kết về cắt giảm thuế quan đã được các nước thống nhất. Việc cam kết về đơn giản hóa thủ tục Hải quan, tạo thuận lợi cho doanh nghiệp XNK theo thông lệ quốc tế cũng được thực hiện theo quy định trong Hiệp định TPP. Cải cách thủ tục Hải quan theo quy định của TPP là cho phép người khai Hải quan yêu cầu cơ quan Hải quan xác định trước mã số, xuất xứ và trị giá hàng hóa, giúp cho doanh nghiệp chủ động xác định mặt hàng sản xuất, kinh doanh XNK dựa trên quyết định của cơ quan Hải quan ban hành. Đồng thời, thủ tục Hải quan đối với hàng hóa chuyển phát nhanh được đơn giản hóa theo đúng cam kết TPP theo hướng rút ngắn thời gian thông quan, nâng mức miễn thuế, trị giá tối thiểu cho các lô hàng. Ngoài ra, doanh nghiệp tự xác nhận xuất xứ hàng hóa XNK. Như vậy, cơ quan Hải quan sẽ phải nắm vững các quy định liên quan đến xuất xứ hàng hóa, thực hiện kiểm tra dựa trên thông tin người XNK cung cấp, không còn được xác minh xuất xứ tại cơ quan chính phủ nữa...Đây là thách thức rất lớn với cơ quan Hải quan, chịu thách thức hơn nữa với việc phải kiểm soát luồng hàng hóa không nhỏ để tránh những đối tác, quốc gia không phải là thành viên TPP lợi dụng đưa hàng hóa vào Việt Nam chuyển tải bất hợp pháp cũng như gian lận xuất xứ hàng hóa để hưởng ưu đãi. Mặt khác, khi tham gia TPP, các thủ tục hồ sơ Hải quan sẽ giảm (chỉ còn 2 giờ), thời gian kiểm tra thực tế hàng hóa thì không quá 4 giờ.
Đảm bảo an toàn cho cộng đồng đang trở nên ngày một cấp thiết. Công tác quản lý nói chung và công tác quản lý Hải quan nói riêng đang gặp nhiều khó khăn
do tình hình hàng hoá nhập khẩu có chất lượng thấp, hàng giả ngày càng xuất hiện nhiều và đa dạng. Nhiều sản phẩm trong quá trình sản xuất và sử dụng gây ảnh hưởng xấu tới môi trường, việc khai thác, buôn bán trái phép tài nguyên thiên nhiên khiến cho các nguồn tài nguyên trong nước dần cạn kiệt, khó có cơ hội phục hồi.
Trong bối cảnh nguy cơ khủng bố quốc tế ngày càng gia tăng; đe dọa sự ổn định về môi trường chính trị, kinh tế trong nước, an ninh quốc gia ngày càng được coi trọng. Tham gia sân chơi chung, chúng ta phải đáp ứng các yêu cầu của các nước về đảm bảo an ninh chống khủng bố, với hàng loạt các chương trình, sáng kiến an ninh, tạo thuận lợi do Mỹ và các nước đồng minh của Mỹ khởi xướng. Ngoài ra, chúng ta phải đảm bảo về an ninh, an toàn về kinh tế, chính trị, xã hội trong nước; hỗ trợ và thúc đẩy nền kinh tế phát triển.