Cơ cấu tổ chức của VNA được diễn tả bằng sơ đồ dưới đây:
Trong sơ đồ trên:
Hình 2.1: Sơ đồ tổ chức của VNA
Nguồn: Báo cáo thường niên năm 2019 của VNA
Đại hội đồng cổ đông là cơ quan quyết định cao nhất của TCTHKVN, bao gồm tất cả các cổ đông có quyền biểu quyết, hoạt động thông qua cuộc họp Đại hội đồng cổ đông thường niên, Đại hội đồng cổ đông bất thường và thông qua việc lấy ý kiến bằng văn bản.
Ban Kiểm soát là cơ quan do Đại hồi đồng cổ đông bầu ra, thay mặt các cổ đông để kiểm soát, đánh giá một cách độc lập, khách quan và trung thực mọi hoạt động kinh doanh, quản trị và điều hành VNA, thực trạng tài chính của VNA và chịu trách nhiệm trước Đại hội đồng cổ đông trong thực hiện nhiệm vụ được giao.
Hội đồng quản trị là cơ quan quản lý của VNA, có toàn quyền nhân danh hãng để quyết định, thực hiện các quyền và nghĩa vụ của VNA không thuộc thẩm quyền Đại hội đồng cổ đông.
Tổng giám đốc là Người đại diện theo pháp luật của VNA và là người điều hành hoạt động hàng ngày của VNA.
Bộ máy giúp việc chung cho Hội đồng quản trị và Tổng giám đốc: là các Phó Tổng giám đốc, Kế toán trưởng, văn phòng, các ban chuyên môn, nghiệp vụ và các cơ quan tương đương của Tổng công ty có chức năng tham mưu, giúp việc cho Hội đồng quản trị và Tổng giám đốc trong quản lý, điều hành công việc.
Cơ cấu tổ chức bộ máy hoạt đông của VNA bao gồm: Trụ sở chính đặt tại Hà Nội với 17 Ban/ Văn phòng; 31 chi nhánh, văn phòng đại diện nước ngoài; 11 đơn vị trực thuộc trong nước. Ngoài ra VNA góp vốn đầu tư vào 15 Công ty con và 5 Công ty liên kết. (Vietnam Airlines, Báo cáo thường niên 2019, 2020)