Thứ nhất, trên thực tế, sự giao thoa trong một số hoạt động của Sở giao dịch chứng khoán Hà Nội và Sở giao dịch chứng khoán Hồ Chí Minh đã làm giảm đi tốc độ phát triển của thị trường vốn. Chẳng hạn như việc phát triển các sản phẩm trên thị trường đều được hai Sở tổ chức, vận hành dẫn đến có sự trùng lặp và chưa có sự đồng bộ về cơ chế, phương thức giao dịch, kỹ thuật giao dịch; trong khi pháp luật chứng khoán đã thống nhất các tiêu chí và điều kiện niêm yết.
Thứ hai, xét về góc độ hạ tầng công nghệ thông tin thì đây là yếu tố mang tính xương sống của sự phát triển thị trường vốn, nhưng mỗi Sở lại có kết cấu riêng và đòi hỏi các thành viên trong thị trường tự duy trì hệ thống độc lập. Từ đó, đối với hệ thống công nghệ thông tin cần có sự đầu tư cũng như cơ chế quản lý được thống nhất chung cho toàn thị trường vốn. Đồng thời, đảm bảo duy trì chi phí vận hành được phân bổ hợp lý và giúp tiết kiệm chi phí ngân sách quốc gia. Cũng như công tác quản lý các thành viên tại các Sở giao dịch chứng khoán sẽ được quy về một đầu mối, có sự thống nhất và phối hợp giữa các bên với nhau.
Thứ ba, so với mô hình tổ chức trước đây thì quy mô quản lý thị trường vốn khá là bị phân tán, đồng nghĩa với việc chưa có sự thống nhất và thiếu các chỉ số đại diện diễn tả tình trạng “sức khỏe” của thị trường vốn Việt Nam. Từ đó, để xây dựng cũng như đưa ra các chỉ số đại diện cho cả nền kinh tế Việt Nam, Chính phủ đã thành lập Sở giao dịch chứng khoán Việt Nam vào cuối năm 2021. Sự ra đời của Sở giao dịch chứng khoán Việt Nam được đánh giá cao trong công tác quản lý, do có sự thống nhất trong mô hình tổ chức, cơ chế, chính sách, tư duy phát triển và tập trung phát triển hạ tầng công nghệ thông tin phục vụ thị trường vốn mang tính hệ thống. Từ sự ra đời của cơ quan này sẽ góp phần thống nhất các mảng thị trường hiện còn phân tán, từ đó thu hút dòng tiền từ vốn đầu tư trong nước, ngoài nước và góp phần tăng quy mô cũng như vị thế, nâng hạng trên thị trường quốc tế.