Thay vì trực tiếp thực hiện quản lý thị trường vốn như Ủy ban chứng khoán thì Bộ Tài chính vai trò, chức năng trong việc quản lý hoàn toàn khác. Đứng ở vị thế là cơ quan quản lý cấp cao, Bộ Tài chính sẽ là đơn vị chuyên trách tập trung xây dựng, trình Chính phủ ban hành chính sách phát triển thị trường vốn. Bên cạnh đó, Bộ Tài chính còn có vai trò quản lý đối với Sở giao dịch chứng khoán, Trung tâm Lưu ký chứng khoán thông qua việc trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án thành lập, phương thức hoạt động, mô hình tổ chức; hoặc đình chỉ hoạt động, giải thể; hoặc chuyển đổi hình thức sở hữu.
Đối với công ty chứng khoán, các tổ chức phát hành chứng khoán như Sở giao dịch chứng khoán, Bộ Tài chính có vai trò quản lý được thể hiện rõ thông qua việc cấp hoặc thu hồi Giấy phép hoạt động đối với các tổ chức này. Bên cạnh đó, Bộ Tài chính còn thực hiện kiểm tra, giám sát hoạt động của các tổ chức có liên quan đến việc phát hành, kinh doanh, cũng như cung cấp dịch vụ chứng khoán.
Qua đó, Bộ Tài chính là cơ quan Nhà nước thực hiện quản lý thị trường vốn thông qua cách thức xây dựng, ban hành và trình cơ quan có thẩm quyền phê duyệt đối với những chính sách, văn bản quy phạm pháp luật trước khi công bố và áp dụng rộng rãi. Đồng thời, trong một số trường hợp đặc biệt, Bộ Tài chính sẽ thực hiện quản lý bằng cách trực tiếp chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan và áp dụng các biện pháp cần thiết, khẩn cấp để bảo đảm các hoạt động diễn ra trên thị trường vốn được an toàn, hiệu quả, đúng quy định pháp luật.