Mặc dù đã chuyển sang nền kinh tế thị trường và mở cửa, hội nhập kinh tế quốc tế nhưng thực trạng về điều kiện thể chế hành chính từ TW đến các địa phương trong đó có huyện Quế Sơn (tỉnh Quảng Nam) chưa hoàn toàn minh bạch; bộ máy vận hành hệ thống hành chính sức ỳ còn lớn cùng với sự chi phối của cơ chế xin - cho đang còn tồn tại, kéo theo tình trạng cửa quyền, quan liêu, tham nhũng vẫn còn phổ biến,... Vấn đề công khai, minh bạch các TTHC tiếp tục được đặt ra để tạo cơ sở tăng cường khả năng giám sát của nhân dân, các tổ chức, cá nhân đối với quá trình thực thi chính sách CCTTHC trong các cơ quan HCNN các cấp.
Quan hệ phối hợp trong giải quyết hồ sơ giữa các cấp trên địa bàn Quế Sơn hiện vẫn còn tồn tại nhiều thiếu sót, chưa tập trung thống nhất vào một đầu mối, ý thức cộng đồng trách nhiệm giữa các cơ quan HCNN chưa cao, còn tình trạng đùn đẩy trách nhiệm diễn ra, vai trò người đứng đầu cơ quan HCNN của nhiều cơ quan, đơn vị trong giải trình trách nhiệm bị hạn chế. Đồng thời, cơ chế phối hợp giải quyết công việc giữa tổ tiếp nhận và trả hồ sơ và cán bộ chuyên môn chưa chặt chẽ; ngay cả sự phối hợp giữa các phòng, ban thuộc huyện chưa tạo được sự thống nhất đồng bộ trong việc tiếp nhận, giải quyết, trả kết quả hồ sơ hành chính, dẫn đến việc giải quyết, trả kết quả hồ sơ hành chính trên địa bàn huyện còn trể hẹn[35;tr.08]. Mặt khác, sự phân cấp còn bị chi phối của tính cục bộ giữa các cơ quan HCNN các cấp với phần lớn quyền hạn vẫn tập trung vào các cơ quan HCNN cấp tỉnh và cấp huyện khiến cho UBND các xã, thị trấn của Quế Sơn thiếu tính chủ động và trông chờ, lệ thuộc vào cơ quan HCNN cấp trên, nên khi triển khai thực hiện nhiệm vụ