Khi thành lập, Agribank được tổ chức và hoạt động theo mô hình tổng công ty, là doanh nghiệp nhà nước hạng đặc biệt có thời hạn hoạt động là 99 năm và là một trong 5 NHTM Nhà nước của Việt Nam. Agribank hoạt động theo Luật các tổ chức tín dụng và chịu sự quản lý trực tiếp của NHNN Việt
Nam. Đến ngày 30/01/2011, Ngân hàng Nhà nước có quyết định 214/QĐ- NHNN chính thức chuyển đổi Agribank từ mô hình tổng công ty sang mô hình công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước làm chủ sở hữu.
Bộ máy tổ chức của Agribank khi mới thành lập gồm 03 Sở giao dịch; 78 chi nhánh cấp I, 508 chi nhánh cấp II, 694 chi nhánh cấp III và ngân hàng lưu động với 22.131 cán bộ. Đến nay, Agribank là ngân hàng có hệ thống mạng lưới chi nhánh rộng nhất Việt Nam, với Trụ sở chính tại số 18, Trần Hữu Dực, Mỹ Đình I, Từ Liêm, Hà Nội; 02 văn phòng đại diện là Văn phòng đại diện miền Trung (đóng tại Đà nẵng); Văn phòng đại diện miền Nam (đóng tại Thành phố Hồ Chí Minh); 01 chi nhánh tại nước ngoài (Chi nhánh tại Campuchia); 01 Ngân hàng liên doanh (Ngân hàng liên doanh Việt - Thái: Vinasiam); có 145 chi nhánh loại 1, 2; gần 2.400 chi nhánh loại 3 và phòng giao dịch tại 63 tỉnh thành và 8 công ty trực thuộc. Đến 31/12/2012, Agribank có gần 42.000 cán bộ công nhân viên trong đó trên 70% cán bộ có trình độ từ đại học trở lên.
Sơ đồ 2.1. Hệ thống tổ chức của Agribank
Nguồn : Tổng quan năm 2012 của Agribank
Những năm qua hệ thống Agribank có những đóng góp to lớn vào quá trình phát triển kinh tế, với phương châm “đi vay để cho vay” Agribank chú trọng đẩy mạnh tốc độ huy động vốn cả VNĐ và ngoại tệ nhàn rỗi trong xã hội tạo điều kiện để thay đổi cơ cấu nguồn vốn, đáp ứng yêu cầu kinh doanh của các doanh nghiệp và sự phát triển của nền kinh tế.
Cùng với mở rộng và phát triển mạng lưới phục vụ kinh doanh, Agribank đã và đang kiện toàn lại bộ máy tổ chức và điều hành theo hướng trẻ hoá đội ngũ lãnh đạo và cán bộ quản lý, tinh giảm bộ máy, nâng cao hiệu quả, hiệu năng quản lý, đầu tư công nghệ thông tin nhằm xây dựng một hệ thống ngân hàng theo phương châm “Phát triển - An toàn - Hiệu quả’’.
Sơ đồ 2.2. Cơ cấu tổ chức bộ máy và điều hành của Trụ sở chính
Nguồn : Báo cáo thường niên năm 2012 của Agribank
Agribank được tổ chức theo mô hình 2 cấp; cấp quản trị điều hành và cấp trực tiếp kinh doanh. Tại Trụ sở chính gồm có Hội đồng thành viên, Ban Tổng Giám đốc và các đầu mối tham mưu là các Ủy Ban, Ban, Trung tâm và các đơn vị tương đương. Mạng lưới hoạt động của Agribank bao gồm: Sở
giao dịch, chi nhánh, văn phòng đại diện, đơn vị sự nghiệp, phòng giao dịch, quỹ tiết kiệm, công ty con, công ty liên kết...