Ngoài việc thực hiện các công việc chuyên môn, định kỳ các cá nhân và Chi nhánh đều phải thực hiện báo cáo về tiến độ công việc, đánh giá kết quả hoạt động thường kỳ. Các cán bộ KTNB là những người đã từng làm nghiệp vụ chuyển sang do vậy đều có trình độ phù hợp để làm công tác kiểm tra, kiểm soát. Ngoài ra, bộ phận kiểm tra, kiểm soát nội bộ cũng được cử cán bộ tham gia đào tạo về nghiệp vụ tín dụng, nghiệp vụ KSNB, KTNB.
Một KSNB hữu hiệu luôn cần được giám sát đi đôi với vận hành. Ban kiểm soát tại VBSP cùng Ban kiểm tra kiểm soát nội bộ tập trung hoàn thiện bộ máy, rà soát, sửa đổi các quy định, hướng dẫn để sửa chữa những lỗ hổng trong KSNB nhằm tránh gặp rủi ro lặp lại. Bộ phận kiểm tra, kiểm soát nội bộ cũng chú trọng triển khai công tác kiểm tra, kiểm toán, giám sát đảm bảo đồng vốn tín dụng được thụ hưởng bởi đúng với các đối tượng chính sách theo quy định thông qua những chương trình kiểm tra toàn diện, kiểm tra chuyên đề của nội bộ phối hợp với chính quyền địa phương và các TCCT-XH thực hiện theo kế hoạch hàng năm. Ngoài việc giám sát từ xa thông qua các báo cáo nội bộ, các Đoàn kiểm tra còn thực hiện kiểm tra tại chỗ qua các hồ sơ giấy tờ, đối chiếu đến từng tổ TK&VV, từng khách hàng vay. Căn cứ vào kết quả kiểm tra, Đoàn kiểm tra đưa ra những đề xuất, kiến nghị các đơn vị chỉnh sửa sai sót, lỗi trong tác nghiệp, có biện pháp xử lý khi phát hiện ra gian lận. Mặt khác, thông qua kiểm tra thực tế, Đoàn kiểm tra có những kiến nghị, đề xuất hoàn thiện những lỗ hổng, những bấp cập trong cơ chế, văn bản quản trị điều hành nhằm có những chỉnh sửa kịp thời để hạn chế các rủi ro phát sinh lặp lại. Đối với những sai sót lớn hay có tính chất gian lận, Đoàn Kiểm tra cũng có những phương án đề xuất xử lý làm gương, răn đe, giảm những vi phạm lặp lại trong hệ thống. Sau khi có những kiến nghị, Đoàn Kiểm tra cần phải lưu hồ sơ kiểm toán và theo dõi thực hiện việc sửa chữa
những sai sót và thực hiện kiến nghị sau kiểm toán của đơn vị.
Công nghệ thông tin có một vai trò quan trọng trong KSNB nghiệp vụ tín dụng. Đây cũng chính là một phần của bộ phận kiểm tra, kiểm soát nội bộ trong việc kiểm soát các quá trình cho vay, thu nợ do có sự phân chia quyền hạn, phê duyệt trên hệ thống phần mềm, đưa ra các cảnh báo nếu có sai sót gặp phải để người dùng xem xét và sửa lỗi ngay mới có thể thực hiện được các bước tiếp theo.
Theo cơ cấu tổ chức và hoạt động của bộ phận kiểm tra, kiểm soát nội bộ tại VBSP thì ngoài Ban Kiểm soát trực thuộc HĐQT, còn có ban Kiểm tra KSNB trực thuộc BĐH do Tổng giám đốc phụ trách, được tổ chức từ Hội sở chính đến Sở giao dịch, Chi nhánh, Phòng giao dịch nhằm đảm bảo an toàn, thông suốt và đúng pháp luật. Đây là bộ phận hoạt động độc lập, thực hiện kiểm tra nhằm đánh giá hoạt động nói chung và hoạt động tín dụng nói riêng để đưa ra những kiến nghị sửa chữa những tồn tại hay hoàn thiện KSNB phù hợp. Các cán bộ thuộc bộ phận này đều không kiêm nhiệm những nhiệm vụ khác. Tuy nhiên, theo kết quả khảo sát về “Bộ phận kiểm tra, kiểm soát nội bộ tại VBSP hoạt động độc lập với BLĐ, BGĐ” lại nhận được 70,59% ý kiến “Hoàn toàn không đồng ý và không đồng ý” (trong đó, tất cả cán bộ, lãnh đạo bộ phận kiểm tra, kiểm soát ý kiến “Hoàn toàn không đồng ý và không đồng ý”) là do đối với việc bình xét, lương thưởng của cán bộ kiểm tra, KSNB tại Chi nhánh, Phòng giao dịch lại đều do Chi nhánh, PGD phụ trách đánh giá và chi trả. Như vậy, bộ phận kiểm tra, kiểm soát đã nhận thấy rằng vẫn tồn tại sự không độc lập của cán bộ kiểm tra, KSNB với BGĐ tại Chi nhánh.
Bên cạnh đó, theo khảo sát 96,08% ý kiến rằng cán bộ KTNB không được tham gia đầy đủ các khóa đào tạo liên quan đến chính sách, nghiệp vụ tín dụng. Các khóa đào tạo này mới chỉ chú trọng đào tạo tới các cán bộ, lãnh đạo thuộc bộ phận tín dụng, bộ phận kiểm tra, kiểm soát chỉ được cử một vài cán bộ tham dự. Đây là hạn chế khiến cán bộ KTNB đôi khi không được nắm rõ hay cập nhật các quy định, quy trình, chính sách mới khi nghiệp vụ tín dụng có sự thay đổi.
Do giới hạn về thời gian và số lượng Chi nhánh lớn, nhân lực hạn chế nên các cuộc kiểm tra, kiểm toán định kỳ của Hội sở chính chỉ đảm bảo kiểm tra luân phiên các Chi nhánh trong thời gian nhất định, chưa thể thực hiện kiểm tra các Chi nhánh ít nhất mỗi năm 01 lần. Tuy nhiên, đây cũng là một hạn chế nhất định đối với một mạng lưới hoạt động lớn trong tổ chức do cần phải cân nhắc thực hiện kiểm tra toàn bộ các Chi nhánh mỗi năm 01 lần giữa chi phí và lợi ích mang lại.
Hiện nay, nhiệm vụ chủ yếu của bộ phận kiểm tra, kiểm soát nội bộ vẫn chỉ dừng lại ở việc kiểm toán tuân thủ về việc chấp hành pháp luật, chính sách, quy định, quy chế, quy trình, hướng dẫn của HĐQT, BLĐ để đưa ra nhận xét yêu cầu khắc phục, kiến nghị hoàn thiện. Loại hình kiểm toán hoạt động vẫn chưa được đưa vào áp dụng trong hình thức kiểm toán tại VBSP. Việc giám sát KSNB tại VBSP vẫn còn thực hiện theo lối mòn, chưa có sự cập nhật linh hoạt theo sự phát triển của nghiệp vụ tín dụng VBSP. Hướng dẫn về công tác kiểm tra, KSNB được áp dụng gần 12 năm theo văn bản số 1956/NHCS-KTNB ngày 10/10/2007 hướng dẫn phương pháp, quy trình kiểm tra, KSNB trong hệ thống