Việc lựa chọn khỏng sinh điều trị VLGM do vi khuẩn tựy thuộc loại vi khuẩn gõy bệnh.
Khi chưa cú kết quả xột nghiệm vi sinh vật, nờn chọn một loại khỏng sinh phổ rộng cú tỏc dụng trờn cả vi khuẩn Gram (+) và Gram ( - ) hoặc sử dụng một khỏng sinh diệt vi khuẩn Gram (+) phối hợp với một loại khỏc diệt vi khuẩn Gram (-). Tuy nhiờn, sự kết hợp này nhiều khi khụng đủ để diệt được vi khuẩn trờn giỏc mạc, cần những loại thuốc cú phổ tỏc dụng rộng hơn và cú nồng độ cao hơn như Fluoroquinolones.
Nếu cú kết quả xột nghiệm vi sinh vật, thỡ dựa vào đú để chọn khỏng sinh cho phự hợp.
Davis S.D và Hyndiuk R.A [63] dựng kết hợp 2 khỏng sinh nồng độ cao là Cephalosporin (Cefazolin) và Aminoglycosid (tobramycin) để điều trị VLGM do vi khuẩn, tỷ lệ thành cụng là 86.2%. Cũng theo tỏc giả này điều trị VLGM do vi khuẩn bằng Ciprofloxacin tỷ lệ thành cụng là 91.6%.
Tốt nhất dựa vào kết quả của khỏng sinh đồ để đưa ra sự lựa chọn thuốc tối ưu cho điều trị. Ở Việt nam Đinh thị Khỏnh (1986) đó sử dụng Dekamycin trong điều trị VLGM do trực khuẩn mủ xanh cho 13 bệnh nhõn, tỷ lệ khỏi là 76.9% [12]. Gần đõy cú nhiều tỏc giả nghiờn cứu tỏc dụng của một số khỏng sinh khi điều trị VLGM do vi khuẩn với những khỏng sinh phổ rộng Moxifloxacin (Vigamox), Tobramycin... mang lại kết quả tốt [23], [28]
Hiện nay tỡnh trạng khỏng khỏng sinh của vi khuẩn gõy bệnh ngày càng phổ biến, bỏo cỏo tỡnh hỡnh đề khỏng khỏng sinh của vi khuẩn tại viện Mắt Trung ương năm 2006 cho thấy: tỷ lệ đề khỏng của tụ cầu vàng với ciprofloxacin là 41.7%, với tobramycin là 36.4%, với tetracyclin là 72.2%... của trực khuẩn mủ xanh với tetracyclin là 100%, với gentamycin là 37%...