Vườn Quốc gia Phou Khao Khouay đa dạng trong cấu trúc quần thể, giàu có về nguồn tài nguyên động thực vật, trong đó có nhiều loại đặ hữu, quý hiếm và có giá trị kinh tế rất cao. Tuy nhiên vốn rừng và nguồn tài nguyên sinh vật phong phú đó đã và đang bị đe dọa nghiêm trọng. Vì vậy, vấn đề bảo vệ rừng, bảo vệ tính đa dạng về nguồn gen và giữ thế ổn định các dạng tài nguyên đã trở thành cấp bách không chỉ đối với VQG Phou Khao Khouay mà là vấn đề của toàn xã hội.
Từ kết quả điều tra thực tế, đề tài đã xác định có 5 mối đe dọa chính đến tài nguyên thực vật ở VQG Phou Khao Khouay. Các mối đe dọa được liệt kê bao gồm: (1) Khai thác lâm sản ngoài gỗ bữa bãi, (2) Đốt nương làm rẫy của người dân địa phương, (3) Cháy rừng, (4) Động vật ăn cỏ thả rông, (5), (6) Rừng bị khai thác gỗ cạn kiệt.
4.5.1.1. Khai thác gỗ
Chặt phá rừng trái phép xảy ra phổ biến ở Thulakhom và Kanthany. Chính những con đường mòn có trong khu vực này lại đóng vai trò thúc đẩy những hoạt động trái phép này. Thông thường, chỉ có người dân tôn trọng pháp luật mới cung cấp cho cán bộ quản lý những thông tin và nơi diễn ra hoạt động này.
4.5.1.2. Khai thác lâm sản ngoài gỗ bừa bãi
Ngoài việc khai thác gỗ, những người dân ở hầu hết các bản đều có thể thu gom tre, mây, nấm và những lâm sản khác bất cứ lúc nào. Việc không có sự phân công trách nhiệm cho từng vùng và sự quan tâm thiết thực đến giá trị của rừng đã dẫn đến một số tài nguyên rừng có thể bị cạn kiệt và không có khả năng phục hồi.
4.5.1.3. Phá rừng làm nương rẫy
Việc canh tác lúa nương là hoạt động sản xuất nông nghiệp chính của cộng đồng dân cư trong vùng đất hoang. Đó cũng chính là công việc chính của bản Lao Sung qua nhiều thế hệ. Trước sức ép dân số ngày càng tăng và nhu cầu sản xuất, diện tích đất nương rẫy ngày càng mở rộng vào sâu trong Vườn Quốc gia gây cản trở và khó khăn trong quản lý tài nguyên của khu vực.
4.5.1.4. Cháy rừng
Sự tàn phá trực tiếp của con người đến môi trường xung quanh Vương Quốc gia đã làm ảnh hưởng mạnh mẽ đến đất canh tác. Càng ngày càng có nhiều sự biến mất của hàng loạt các thảm thực vật do cháy rừng cùng với sự biến mất của các loài sinh vật quý hiếm trong VQG.
Tình trạng nguy hiểm này xảy ra cùng nhiều lý do: sự tàn phá rừng để làm nương, sự phát triển của những đồng cỏ cho vật nuôi, nướng thịt thú trong rừng, những mẩu thuốc bỏ rơi,...Trong đó, tập quán đốt nương làm rẫy với canh tác nương làm rẫy là hình thức hoạt động sản xuất chủ yếu và cũng là cách sử dụng đất cổ truyền của người địa phương. Trong hoạt động nương rẫy, người ta chặt bớt cây cối, làm rẫy tỉa ngô, trồng lúa,...sau 3/4 vụ trồng trọt thì bỏ hóa đất cho cây cối mọc lại để độ phì đất được phục hồi quay trở lại tiếp tục canh tác. Do điều kiện đại hình có độ dốc cao nên khả năng tích nước kém, không cho phép thực hiện những phương thức canh tác ruộng nước trên quy mô lớn nên người dân địa phương áp dụng chủ yếu phương thức canh tác nương rẫy. Tuy nhiên, cũng cần thấy rằng đây là phương thức canh tác không bền vững, nó làm cho đất ngày càng thoái hóa và điều kiện sống ngày một khó khăn hơn. Tập quán đốt cỏ chăn nuôi của người dân địa phương ở những nơi như trên đỉnh và sườn cao (khi rừng bị đốt nương làm rẫy hoặc bị khai thác cạn kiệt) làm cho đất khô cằn, khả năng phục hồi rừng của cây rừng là chậm hơn. Đến cuối mùa đông, chúng bị cháy do người dân
đốt lửa để cỏ non mọc lên vào mùa xuân cho gia súc ăn. Quá trình này tiếp diễn từ năm này qua năm khác trở thành tập quán của người dân và cứ thế ngăn cản quá trình phục hồi rừng, duy trì trạng thái trảng cỏ trên đồi cao.
4.5.1.5. Động vật ăn cỏ thả rông
Hình thức chăn nuôi phổ biến ở đây là thả rông gia súc. Tập quán chăn thả tự nhiên những đàn trâu, bò, ngựa,...diễn ra rất lâu đời ở khu vực này. Chỉ có ¾ tháng của ngày mùa là trâu bò phải kéo cày hoặc chuyển trở ngô, lúa, còn lại 8/9 tháng trong năm đàn gia súc tự do đi lại kiếm ăn. Chúng dẫm đạp cây cối, phá hủy đất đai làm cho nhiều khu rừng đã biến thành những trảng cỏ nghèo nàn, đất đai bị xói mòn lở, trai cứng. Thói quen chăn nuôi theo lối thả rông, không chuồng trại, không có rào dậu để bảo vệ, ngăn giữ, không có thức ăn cung cấp, không được chăm sóc và chống dịch bệnh, dẫn đến giá trị sinh lợi kém. Đồng thời nguồn phân bị rơi vãi vừa lãng phí, vừa gây ô nhiễm môi trường. Một số bán đã có quy hoạch bãi chăn thả để tránh tình trạng phá hoại cây cối. Nhìn chung, sự xuất hiện của số lượng lớn động vật thả rông như trâu, bò và một phần không nhỏ là dê cũng góp phần vào việc duy trì, nới rộng những đồng cỏ rộng lớn. Sự tác động này hiện tại chiếm ưu thế ở phần phía tây của cao nguyên. Trong khi đó những đồng cỏ cho động vật thì thiếu trầm trọng. Việc đốt những đồng cỏ cũng là nguyên nhân góp phần vào việc trì hoãn sự phát triển của những thảm cỏ non.