Quốc gia
* Cơ cấu tổ chức và hệ thống chính sách bất hợp lý:
Sự thiếu vắng của cơ cấu tổ chức và sự bất hợp lý của các chính sách đã tạo điều kiện cho những nhà quản lý hành động theo ý riêng của họ, nhiều chính sách quan trọng của việc bảo vệ rừng đã bị các nhà quản lý bỏ qua. Những chính sách khác thì còn mập mờ chưa rõ ràng đối với đội ngũ bảo vệ
và người dân địa phương. Cơ cấu tổ chức quản lý hợp lý sẽ giúp cho các nhà quản lý bảo vệ tài nguyên thiên nhiên của VQG tốt hơn.
* Sự kém hiểu biết của các nhà chức trách đối với VQG:
Ban quản lý Vườn Quốc gia Phou Khao Khouay bao gồm kiểm lâm và bộ đội, nhưng đội ngũ kiểm lâm còn quá non trẻ, ít kinh nghiệm thực tế. Hơn nữa, ở một số vị trí chủ chốt thì lại do các sĩ quan quân đội nắm giữ, họ ít có sự hiểu biết về VQG. Điều này đã dẫn đến tình trạng quản lý lỏng lẻo không chỉ ảnh hưởng đến VQG mà cón ảnh hưởng tới tâm lý của người dân địa phương. Các hành động khai thác bất hợp pháp của một vài cá nhân trong đội ngũ Ban quản lý cần phải được chấm dứt, vì nó sẽ gây tác động xấu tới VQG và gây nên tình trạng mất lòng tin với người dân sinh sống trong đó.
Hạn chế về mặt tổ chức: một vài hạn chế về cơ sở hạ tầng, nguồn nhân lực, trang thiết bị, đặc biệt là phương tiện giao thông và ngân sách đã làm cho việc bảo vệ tài nguyên trong VQG không đạt hiệu quả cao. Hầu hết đội ngũ nhân viên đều có động lực, nhận thức được vai trò của và cơ chế liên kết cần được tăng cường. Sự hiện diện của các đơn vị quân đội là nguồn lực chính đầy tiềm năng và có thể đáp ứng một cách rất hữu ích các yêu cầu của Vườn Quốc gia.
Sự tác động vào nguồn tài nguyên thiên nhiên trong VQG:
Mối liên hệ giữa sự chuyển đổi canh tác và phát triển chăn nuôi đang diễn ra ở vùng ven sông tác động tới sản lượng canh tác trong khu vực là không thể không đề cập đến. Thêm vào đó, sự thiếu việc làm, đặc biệt cho mùa khô càng thúc đẩy hơn nữa sự phụ thuộc của người dân trong khu vực vào nguồn tài nguyên thiên nhiên của VQG. Trước sự phụ thuộc tất yếu này, Ban quản lý VQG phải đẩy mạnh hơn nữa các hoạt động tư vấn đối với cộng đồng dân cư trong khu vực, nhằm đạt được một thỏa hiệp có giá trị vè hiệu quả sử dụng nguồn tài nguyên thiên nhiên trong khu bảo tồn.
Nhìn chung, mặc dù có nhiều mối đe dọa khác nhau đến tài nguyên rừng của VQG Phou Khao Khouay nhưng trữ lượng rừng ở đây vẫn còn khá lớn, là môi trường sinh sống của nhiều loài thực vật đặc biệt là các loài thực vật cho LSNG.