a. Tài nguyên rừng
Tài nguyên rừng của Phù Ninh đang dần dần được phục hồi và tăng trưởng khá với tổng diện tích toàn huyện là 3.251,50 ha, trong đó quỹ đất rừng sản xuất là 3.111,93 ha, rừng phòng hộ là 115,53 ha, rừng đặc dụng là 24,04 ha. Rừng của Phù Ninh chủ yếu là rừng sản xuất, chỉ có một phần nhỏ là rừng đặc dụng ở khu bảo tồn di tích lịch sử Đền Hùng.
Nằm trong vùng nguyên liệu giấy của công ty giấy Bãi Bằng, rừng của Phù Ninh thực sự là tài nguyên quan trọng, hàng năm cho ra hàng chục ngàn m3 gỗ, củi cung cấp nguyên liệu cho sản xuất giấy, xây dựng cơ bản và chất
đốt cho nhân dân. Rừng của Phù Ninh hiện đang được phát triển tốt đã góp phần bảo vệ môi trường sinh thái, giữ nước đầu nguồn, cải thiện cảnh quan cùng đồi. Hiện nay rừng và đất rừng của huyện Phù Ninh góp phần vào sự chuyển dịch cơ cấu cây trồng theo hướng nông, lâm kết hợp, tạo thêm công ăn việc làm cho hàng ngàn lao động và làm cho sản phẩm xã hội ngày càng thêm phong phú.
Tuy vậy, ý thức bảo vệ và phát triển rừng của người dân chưa cao. Rừng của Phù Ninh chủ yếu là cây nguyên liệu gỗ như bạch đàn, keo và các loại cây tạp, cây bụi. Phát triển rừng chưa mang tính chất bền vững, lâu dài mà chỉ là giải pháp tạm thời để phủ xanh đất.
b. Tài nguyên khoáng sản
Huyện Phù Ninh tuy chưa có khảo sát quy mô dưới lòng đất, nhưng trên địa bàn huyện có mỏ đá Trị Quận, trữ lượng có thể đáp ứng được nhu cầu xây dựng và công nghiệp của địa phương. Ngoài ra còn có nguồn cát sỏi dồi dào trên tuyến sông Lô ở các xã Trị Quận, Phú Mỹ, Hạ Giáp, Tiên Du. Sản lượng khai thác hàng năm của nguồn cát sỏi này khoảng 24.000 m3, giải quyết hàng trăm lao động có công ăn việc làm, đáp ứng được nhu cầu xây dựng và phát triển các cơ sở hạ tầng trong huyện.
c. Tài nguyên nhân văn
Phù Ninh là huyện được tái lập vào đầu tháng 9 năm 1999 với tổng dân số (theo số liệu thống kê năm 2004) là 105.727 người, trong đó nữ giới là 54.121 người chiếm 51,19%, nam giới là 51.606 người chiếm 48,81%. Dân số thành thị là 12.716 người chiếm 12,03%, dân số nông thôn là 93.011 người chiếm 87,97%. Dân số làm nông nghiệp là 94.211 người chiếm 89,11%, dân số phi nông nghiệp là 11.516 người chiếm 10,89%, tỷ lệ tăng dân số năm 2004 là 0,83%, mật độ dân số bình quân là 632 người/km2.
90,56%, lao động phi nông nghiệp là 4.577 người chiếm 9,44% tổng số lao động. Như vậy, Phù Ninh là nơi mật độ dân cư khá cao so với các huyện của tỉnh Phú Thọ. Nguồn nhân lực dồi dào, có trình độ, dân trí tương đối phát triển, thuận lợi cho vịêc đưa các tiến bộ khoa học và công nghiệp vào sản xuất cũng như cải cách tập quán sản xuất lạc hậu. Bên cạnh đó người dân Phù Ninh đã biết phát huy truyền thống tốt đẹp của dân tộc, giữ gìn nét đẹp của địa phương, đoàn kết gắn bó giúp đỡ lẫn nhau, xứng đáng là con cháu đất tổ Vua Hùng. Ngoài ra, hàng năm Phù Ninh còn nhiều lễ hội gắn liền với di tích lịch sử dân tộc ở các xã như Hùng Lô, Kim Đức ... Đó là dịp để nhân dân các xã giao lưu văn hoá, thăm hỏi lẫn nhau, động viên phát triển sản xuất và cùng nhau tưởng nhớ đến các vị anh hùng dân tộc, người có công với đất nước.
d. Tài nguyên đất
Theo kết quả điều tra xây dựng bản đồ đất huyện Phong Châu Trung tâm điều tra quy hoạch và thiết kế nông nghiệp, Viện Quy hoạch và Thiết kế nông nghiệp năm 1990 và kết quả điều tra bổ sung, đất huyện Phù Ninh (tách từ huyện Phong Châu cũ) có thể chia thành 2 vùng lớn, vùng đất đồi núi và vùng đất bằng, thung lũng.
Vùng đất đồi núi trên nền đá mẹ và mẫu chất chủ yếu là đá biến chất, đá dăm cuội kết và phù xa cổ, chựu tác động sâu sắc của các quá trình xói mòn, rửa trôi, các quá trình tích luỹ tuyệt đối và tích luỹ tương đối Fe, Al.
Đất vùng đồng bằng, thung lũng chịu sự chi phối của các quá trình bồi tụ phù sa của con sông Lô, quá trình tích luỹ các sản phẩm bị rửa trôi từ trên cao xuống, quá trình giây.
Phù Ninh có tổng diện tích tự nhiên là 16.724,05 ha, trong đó:
- Diện tích đất nông nghiệp là 12.220,71 ha chiếm 73,07 % tổng diện tích đất tự nhiên.
- Diện tích đất phi nông nghiệp là 3.724,12 ha chiếm 22,27 % tổng diện tích đất tự nhiên.
- Diện tích đất chưa sử dụng là 779,22 ha chiếm 4,66 % tổng diện tích đất tự nhiên.
đ. Tài nguyên nước
Phù Ninh có nguồn tài nguyên nước rất phong phú đa dạng với các nguồn nước khác nhau như nước sông ngòi, nước hồ đầm, nước ngầm và nước mưa hàng năm.
Nguồn nước sông ngòi của Phù Ninh rất dồi dào. Phù Ninh là huyện có sông Lô chảy qua, trữ lượng nước rất lớn kể cả mùa đông và mùa hè. Con sông này có tổng chiều dài là 32km, chảy qua 9 xã của huyện. Đây thực sự là nguồn nước dồi dào đóng vai trò chủ yếu trong việc cung cấp nước cho đời sống nhân dân trong huyện và sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, vận chuyển và giao thông đường thuỷ, cung cấp nước cho công nghiệp, xây dựng và các nhu cầu sinh hoạt khác. Ngoài ra, nguồn nước hồ đầm của huyện Phù Ninh chiếm diện tích khá lớn,bao gồm các đầm tự nhiên, hồ đầm nhân tạo. Nguồn nước này có trữ lượng hàng triệu mét khối. Đây là nguồn nước quan trọng để cung cấp cho sản xuất nông nghiệp và nhu cầu sinh hoạt của nhiều xã. Tuy nhiên, do sự phát triển của công nghiệp một số nhà máy gần thị trấn Phong Châu đã và đang đe doạ gây ô nhiễm và cần có các biện pháp xử lý chất thải tốt hơn để bảo vệ các nguồn nước.
Nguồn nước ngầm: trên thực tế tại Phù Ninh, nước ngầm đã được khai thác và sử dụng khá nhiều. Chủ yếu nước ngầm được khai thác sử dụng cho công nghiệp của các nhà máy và được lấy từ các giếng khoan, giếng đào. Đây cũng là nguồn nước để cung cấp nước sinh hoạt cho mỗi nhà dân. Nước ngầm Phù Ninh tương đối dễ khai thác và chất lượng tốt, mặc dù chất thải của cá nhà máy chưa được xử lý tốt nhưng chưa có dấu hiệu bị ô nhiễm đến nguồn nước ngầm. Nó là nguồn tài nguyên rất quý, cần được bảo vệ, giữ gìn và khai thác sử dụng có hiệu quả.
khoảng 170 triệu m3. Đây thực sự là nguồn nước lớn cho sản xuất nông lâm nghiệp, bổ sung cho các sông, ngòi, hồ, đầm, nguồn nước ngầm và các sinh hoạt khác của của nhân dân.