Hiện nay, hoạt động khai thác gỗ diễn ra trên diện rộng. Sự tác động lên tài nguyên rừng tương đối lớn do hầu hết người dân đều cần gỗ để làm nhà, đóng các đồ dùng sinh hoạt và bán để có thu nhập. Nhu cầu gỗ cho mục đích thương mại rất lớn trong khi đời sống của người dân địa phương còn nghèo, một bộ phận lớn thanh niên thiếu việc làm vào các tháng nông nhàn và lợi ích kinh tế từ việc khai thác gỗ cao hơn hẳn so với làm các công việc khác. Do đó, bất chấp pháp luật, việc khai thác và vận chuyển diễn ra ngày cành tinh vi như dùng cưa xăng khai thác vào ban đêm, lợi dụng lũ lụt để đóng gỗ thành bè vận chuyển trên hồ hay xẻ nhỏ gỗ có giá trị rồi vận chuyển xe máy. Mặc dù lực lượng bảo vệ rừng đã tăng cường tuần tra, kiểm soát, nhưng hoạt động này của người dân địa phương vẫn diễn ra ảnh hưởng đến tài nguyên rừng KBTTN Kẻ Gỗ.
Các loài được người dân khai thác do nhu cầu gỗ trên thị trường bao gồm: Giổi, Vàng tâm, Re gừng,…. Các loài được người dân khai thác để làm nhà, đóng đồ gồm: Táu mặt quỷ, Sến mật, Vù hương,... Dù khai thác cho mục đích thương mại hay sử dụng thì phương thức chính là khai thác chọn do trong rừng còn ít cây gỗ lớn.
Hoạt động khai thác gỗ thường diễn ra mạnh vào thời điểm nông nhàn và chủ yếu do nam giới tiến hành. Các lán trại khai thác được dựng lên dọc
vực có sẵn đường vận xuất gỗ của các lâm trường trước đây và hệ thống sông suối dầy đặc.
Khi chặt hạ cây gỗ lớn sẽ kéo theo nhiều cây nhỏ khác đổ theo, rồi việc chặt cây dựng lán trại, sử dụng cưa xăng sẽ gây ra những tiếng ồn rất lớn, song song với việc khai thác gỗ là các hoạt động bẫy bắt động vật để làm thực phẩm. Bởi thế việc khai thác gỗ sẽ làm ảnh hưởng rất lớn tới các loài động vật, phá vỡ cấu trúc rừng làm cho sinh cảnh của các loài chim lớn sống trên tán cây và làm tổ trong hốc cây như Hồng hoàng bị thu hẹp. Ngoài ra hoạt động khai thác gỗ còn gây nhiễu loạn nơi sống.